В начале января Эйзенхауэр перенес свою резиденцию в Реймс на северо-востоке Франции. Он разместился в кирпичном школьном здании, которое вскоре станет знаменитым на весь мир. Форсировав Рейн, его войска быстро продвигались на восток, почти не встречая сопротивления. Перед Эйзенхауэром встал нелегкий вопрос о главном направлении дальнейшего наступления. Имея в виду договоренность о распределении зон оккупации, он рассматривал дилемму, следует ли направлять основные силы на Берлинское направление, если затем придется отдать эту территорию советскому союзнику. В конце концов возобладали практические соображения. 28 марта Эйзенхауэр направил послание Сталину, в котором сообщал, что надеется на скорую встречу с советскими войсками в районе Дрездена, то есть значительно южнее Берлина. В ответной телеграмме Сталин одобрил место встречи.
По мере продвижения союзных войск перед Эйзенхауэром раскрывалась страшная картина массовых убийств заключенных концлагерей, истребления еврейского населения, нечеловеческих мук военнопленных и гражданских лиц, угнанных на каторжные работы. По приказу главнокомандующего начался сбор документов о преступлениях нацизма. Он приказал также направлять немецких военнопленных и штатских на принудительные работы по захоронению трупов узников концлагерей. Для гражданских это было условием получения бесплатной еды.
Четвертого мая в ставку Эйзенхауэра прибыли германские представители, сообщившие о готовности нового рейхсканцлера гросс-адмирала Карла Дёница (Гитлер покончил с собой 30 апреля) подписать документ о безоговорочной капитуляции Германии. С текстом был ознакомлен начальник советской военной миссии в Париже генерал-майор И. А. Суслопаров, который немедленно отправился в Реймс, запросив срочные инструкции из Москвы. Ответ задерживался, и Суслопаров решил на свой страх и риск подписать акт.
В ночь на 7 мая 1945 г. в штаб-квартире Эйзенхауэра в Реймсе был подписан Акт о безоговорочной капитуляции Германии. С германской стороны его подписал генерал-полковник Альфред Йодль. Сталин, однако, был крайне недоволен тем, что подписание акта о капитуляции произошло на французской территории, в штабе Эйзенхауэра. По требованию Сталина Акт о безоговорочной капитуляции был подписан повторно, в берлинском пригороде Карлсхорсте. Новый документ почти дословно повторял текст от 7 мая, в него были внесены лишь редакционные исправления. Но подписали его высокопоставленные лица: от имени Германии — генерал-фельдмаршал Вильгельм Кейтель, генерал-полковник авиации Ганс Юрген Штумпф и генерал-адмирал Ганс Георг фон Фридебург, от имени СССР — маршал Г. К. Жуков, от имени западных союзников — маршал Королевских ВВС Артур Теддер и др. Эйзенхауэр был недоволен фактом повторного подписания и в Берлин не полетел.
По окончании военных действий Эйзенхауэр был назначен командующим американским военным контингентом в Европе и военным губернатором американской зоны оккупации, охватывавшей юго-западную часть Германии. 15 мая он перенес свой штаб во Франкфурт-на-Майне. Теперь, когда он командовал только американскими силами, Дуайт вынужден был расстаться с Кей, которая была британской подданной. Позже Кей опубликовала мемуары о своих отношениях с Дуайтом.
Эйзенхауэр участвовал в Потсдамской конференции глав союзных держав. В ее кулуарах он впервые услышал об атомной бомбе, но о конкретных планах ее использования ему не сообщили. Об атомной бомбардировке городов Японии он узнал из радиопередачи.
Эйзенхауэр стремился установить деловые отношения с главноначальствующим советской зоны оккупации маршалом Г. К. Жуковым. Состоялось несколько их встреч. Сохранилась фотография, на которой оба полководца едут в одной машине вдоль приветствующей их толпы. Дуайт широко улыбается, дружески машет рукой собравшимся. Жуков мрачен и неулыбчив, смотрит прямо перед собой. 10 июня 1945 г. Жуков вручил Эйзенхауэру высший советский военный орден Победы. Вскоре после этого по личному приглашению Сталина Эйзенхауэр побывал в Москве, присутствовал на параде физкультурников и несколько раз беседовал со Сталиным.