Между тем приближалось время возвращаться на родину. В конце октября ушел в отставку Дж. Маршалл и на его место был назначен Эйзенхауэр. 30 ноября было объявлено о его новой должности. Перед Дуайтом встали совершенно новые задачи, важнейшей из которых была демобилизация. По закону о реадаптации военнослужащих демобилизуемые получили широкие права, но между нормами и их реализацией была немалая дистанция. Постоянно возникали конфликты демобилизованных с местными чиновниками, в штаб поступало огромное число жалоб. От подчиненных начальник штаба требовал строгой проверки фактов, содержавшихся в жалобах. Эйзенхауэру пришлось вплотную заняться проблемой атомного оружия. При его участии был разработан план, предусматривавший, что США передадут контроль над атомным оружием ООН, но не сразу, а через определенное время, после создания международного органа по контролю за атомной энергией. План был представлен на рассмотрение ООН в июне 1946 г., хотя Дуайт скептически относился к возможности его принятия Советским Союзом. Действительно, Сталин план отверг, посчитав его попыткой сохранить американскую монополию на атомное оружие и поставить под свой контроль советские разработки.
Вместе с тем начальник штаба полностью поддерживал в своих выступлениях доктрину Трумэна, план Маршалла, все более вовлекаясь в тенета холодной войны. Правда, он отнюдь не считал неизбежной новую мировую войну. Он писал своему бывшему помощнику послу в СССР Уолтеру Смиту: «Глубокое заблуждение забывать хотя бы на одну секунду могущество и силу нашей великой республики» — и подчеркивал, что, если США будут твердо стоять на ногах, им нечего бояться. Эйзенхауэр принимал самое деятельное участие в подготовке закона о национальной безопасности. Он вошел в Совет национальной безопасности и регулярно встречался с президентом Трумэном, высказываясь по актуальным вопросам строительства вооруженных сил.
Осенью 1947 г. Дуайт начал готовиться к отставке, ибо договорился с Трумэном, что его пребывание на посту начальника штаба продлится не более двух лет. Согласно положению, пятизвездный генерал, даже не занимавший никакого поста, до конца жизни считался пребывающим на военной службе с получением полного жалованья. В беседах с близкими он высказал мысль, что хорошо было бы сочетать отдых с какой-либо работой, доставляющей интеллектуальное удовольствие. Такая работа представилась, когда Эйзенхауэру предложили стать президентом Колумбийского университета в Нью-Йорке. В феврале 1948 г. он передал пост начальника штаба генералу Омару Брэдли, а в июне приступил к исполнению новых обязанностей. Одновременно он работал над своей первой книгой мемуаров «Крестовый поход в Европу», которая вышла в том же году и стала бестселлером.
Эйзенхауэр надеялся на легкую работу по формальному руководству Колумбийским университетом. Но его нрав был таков, что дни оказались загруженными до предела. Однако пятизвездный генерал не смог наладить контакт с университетской профессурой. Он привык к определенному уровню порядка и пытался добиться его от всех сотрудников, в том числе знаменитых ученых, лауреатов Нобелевской премии. Для некоторых из них опоздать на лекцию или не прийти на нее вообще было обычным делом. Президента же это приводило в бешенство, и он строго выговаривал виновным. В ответ над ним стали острить, называли обидными словами, а подчас просто игнорировали. Один из биографов Эйзенхауэра, Питер Лайон, констатировал: «Для него попытка стать университетским президентом была абсурдом. Это было неправильно со всех сторон. Это было хуже, чем ошибкой. Это было жестокостью».
В условиях начавшейся холодной войны к Эйзенхауэру не раз обращались с призывом различные деятели — вновь послужить отечеству. Когда в апреле 1949 г. была создана НАТО, начались консультации по поводу кандидатуры на пост командующего объединенными вооруженными силами. В октябре 1950 г. Трумэн предложил Эйзенхауэру занять этот пост. Тот ответил: «Я солдат и готов выполнить любые приказы моего начальства». 15 декабря было опубликовано сообщение о его назначении. Разместив свой штаб в Париже, генерал приступил к созданию объединенных вооруженных сил. Прежде всего по договоренности с главами правительств было решено создавать не интегральную армию, а сохранить в каждой стране свои войска, но поставленные теперь под общее командование. В то же время он убеждал высших государственных деятелей и военных Западной Европы, что США «не могут быть современным Римом, гарантирующим незыблемость дальних рубежей нашими легионами», что американцы должны будут возвратиться на родину, а европейским государствам предстоит самостоятельно оберегать свои границы.