В 1937 г. досрочно освободилось место в Палате представителей от Техаса, и Джонсон выдвинул свою кандидатуру, получив поддержку в городе Остине, центре избирательного округа, в котором проводились выборы. Он баллотировался под лозунгами «нового курса» и считался активным сторонником Рузвельта. Избрание в Конгресс явилось началом парламентской деятельности. Пять раз Джонсон избирался в Палату представителей, став одним из самых надежных проводников политики Рузвельта. Вскоре президент узнал о деятельности молодого конгрессмена и стал использовать его для проведения своих законодательных инициатив. Рузвельт несколько раз принимал Джонсона в Белом доме. Когда президенту необходима была информация о ситуации в Техасе, он обычно прибегал к услугам Джонсона. Линдон работал в ряде комитетов палаты, даже в Комитете по ВМФ, хотя не имел ни малейшего представления о морских делах. По другим вопросам он проявлял бóльшую компетентность, способствуя, в частности, выделению средств на строительные проекты в Техасе, электрификацию сельских районов и т. д. В отличие от многих других демократов, он полностью поддержал попытку Рузвельта реформировать Верховный суд и сожалел, что она завершилась лишь компромиссом.
Консерваторы обвиняли Джонсона в социалистических симпатиях. Их инвективы были беспочвенны: конгрессмен выступал за сохранение и развитие большого бизнеса, считал естественным и необходимым, чтобы предприниматели получали заслуженную прибыль. В то же время он полагал, что государство должно контролировать частное предпринимательство, направляя усилия на помощь части населения, которая не была в состоянии обеспечить себе прожиточный минимум.
В 1940 г. кандидатура Джонсона была выдвинута в Сенат. Он конкурировал с губернатором Техаса Ли О’Дэниэлом и выборы проиграл — ему не хватило несколько десятых процента. Понимая, что США неизбежно вступят в конце концов во Вторую мировую войну, Джонсон в июне 1940 г. стал членом военно-морского резерва и сочетал работу в Конгрессе с военной подготовкой. Когда же США действительно вступили в войну в декабре 1941 г., он обратился в Департамент ВМФ с просьбой о назначении на флот, но его решили использовать в качестве чиновника. Считая конгрессмена теперь компетентным в проблемах военного флота, департамент поручил ему инспектирование верфей в Техасе и на западном побережье.
Весной 1942 г. Джонсон был включен в комиссию по проверке ситуации в юго-западной части Тихого океана. Любопытно, что имя его было названо Рузвельтом, который явно считал Джонсона своим деятельным союзником. Выполняя поручение, Линдон несколько раз совершал полеты на боевых самолетах в районах военных действий, чтобы своими глазами увидеть, как вели себя команды экипажей, каковы боевые качества самолетов, как осуществлялось боевое взаимодействие. Он даже оказался под огнем противника, что было оценено Дугласом МакАртуром, представившим его к ордену Серебряной звезды. Джонсон оказался единственным членом инспекции, получившим боевой орден. Правда, он оказался неблагодарным по отношению к МакАртуру. Вернувшись в Вашингтон, он доложил президенту и руководству Конгресса о серьезных недостатках в организации ВМС на Тихом океане и о значительной вине в этом самого МакАртура. Президенту Рузвельту была представлена подробная программа улучшения положения в регионе, в которой была подчеркнута необходимость значительно бóльшей координации усилий «между различными командованиями и разными театрами военных действий».
После этой миссии авторитет Джонсона в Палате представителей резко повысился. Он возглавил Комитет по ВМФ, который в определенной мере напоминал теперь «комитет Трумэна» в Сенате, расследовавший случаи злоупотреблений и неэффективности в военной промышленности. Джонсон на какое-то время даже отступил от своих установок опоры на низшие слои населения. По его инициативе был подготовлен проект закона, который предусматривал призыв в вооруженные силы допускавших прогулы рабочих оборонных предприятий. Это предложение встретило отпор профсоюзных боссов, которым удалось заблокировать даже внесение проекта на рассмотрение палаты.
Оставаясь в Конгрессе, Линдон до июля 1942 г. считался находившимся в действующих вооруженных силах. Он получил новые медали, хотя это были награды фактически не за воинскую службу, а за содействие ВМФ в его боевых операциях. В военно-морском резерве Джонсон пребывал до 1964 г., и ушел в отставку в звании коммодора, уже будучи президентом.