Общественное положение Клинтона (правда, в основном после его отставки) осложняли и некоторые случаи помилования им осужденных, которые рассматривались не только оппозицией, но и некоторыми кругами Демократической партии как необоснованные и в то же время осуществленные по сугубо личным соображениям. Среди них особенно выделялось помилование финансового мошенника Марка Рича, укрывшегося в Швейцарии и заочно осужденного за финансовые махинации и крупнейшее в истории США уклонение от уплаты налогов (его долг государству составил 48 млн долларов). Как оказалось, родной брат Хиллари Хью Родэм ходатайствовал перед Клинтоном о помиловании Рича, причем утверждалось (но не было доказано), что он получил от мошенника крупную сумму. Было в то же время доказано, что семья Рича дарила Клинтонам всяческие «сувениры», которые, как утверждала первая леди, с помилованием никак не были связаны. Более того, жена Рича внесла крупные суммы в различные фонды, связанные с семьей Клинтон.
К счастью для Клинтонов, президентские выборы 1996 г. проходили до скандальных разоблачений и угрозы импичмента. На этих выборах он был переизбран, получив 49,2 % голосов и победив сенатора-республиканца Боба Доула, который набрал 40,7 % голосов. При этом республиканцы сохранили большинство в обеих палатах Конгресса.
Еще со времени промежуточных выборов 1994 г., когда республиканцы добились победы в Конгрессе, на первый план в политических дискуссиях и компромиссах с президентом выдвинулся Ньют Гингрич. Являвшийся членом Палаты представителей от штата Джорджия с 1979 г. Гингрич, по профессии историк, в 1995 г. стал спикером палаты и основным оппонентом президента, причем явно более успешным. В конце 1995 г. между Клинтоном и Гингричем возникла серьезная полемика по вопросу о бюджете. По инициативе спикера палата отклонила предложение Белого дома об увеличении социальных расходов. Клинтон наложил вето на принятый закон о бюджете. Лишь с большим трудом был найден компромисс, без которого просто прекратилось бы функционирование федеральных учреждений, включая президентскую администрацию. В полемике с Клинтоном и его супругой, а также другими ведущими демократами Гингрич, следуя республиканской традиции, отстаивал максимальную свободу частного бизнеса от вмешательства государства, отвергал повышение налогов, указывая, что средства, полученные от высоких налогов, расходуются на необоснованные социальные пособия и тем самым «создают спрос на нищету».
По некоторым социальным вопросам все же удавалось добиться относительного согласия. В 1997 г. по совместной инициативе демократов и республиканцев была принята программа медицинского страхования детей, которая охватывала примерно 7 млн человек. Через два года удалось провести закон о помощи молодежи в приобретении независимого положения, который предусматривал создание ряда программ в области образования, профессионального обучения, здравоохранения, жилья, которые способствовали приобретению молодежью, достигшей 18 лет, независимого статуса и соответствующего положения в обществе.
Хотя Клинтон стал президентом, когда уже распался СССР и завершилась продолжавшаяся более 40 лет холодная война, «конца истории», который в 1992 г. пророчил американский историк и политолог Фрэнсис Фукуяма, не предвиделось. Время от времени в различных концах земного шара возникали военные конфликты на территориальной, этнической, династической и прочей почве. В период правления Клинтона США участвовали в нескольких военных операциях, причем при их подготовке и принятии решений президент консультировался с Госдепартаментом в лице его руководителей У. Кристофером, а затем М. Олбрайт.
Наиболее крупной и противоречивой была операция в Югославии, способствовавшая уничтожению крупнейшего балканского государства. Распад Югославии начался в 1992 г., незадолго до прихода Клинтона к власти: была провозглашена независимость Словении и Хорватии, затем Боснии и Герцеговины. Одновременно между всеми этими государствами, а также внутри них возникли территориальные и национальные конфликты, причем особенно агрессивно действовали мусульманские организации на территории Сербии, требуя отделения от нее и создания самостоятельного мусульманского государства на территории Косово. Военный конфликт между сербами-христианами и сербами-мусульманами (последние отрицают свою сербскую идентичность) разгорелся и в Боснии. Конфликты на территории бывшей Югославии носили такой ожесточенный характер, что действия ни одной стороны нельзя было признать справедливыми. Однако факт, что во главе союза Сербии и Черногории оставались бывшие коммунисты во главе со Слободаном Милошевичем, предопределил симпатии правительства Клинтона.