Более или менее удачным было назначение на пост госсекретаря Уоррена Кристофера, который был заместителем руководителя Госдепартамента при Картере. В начале второго президентского срока госсекретарем впервые была назначена женщина — Мадлен Олбрайт, которая перед этим являлась представителем США в ООН. Это, пожалуй, было самое удачное назначение, сделанное Клинтоном: Олбрайт проявила твердость в отстаивании своих намерений и решений, вступала в споры с президентом и обычно добивалась своего. На другие посты были назначены личности второстепенные, которые часто менялись.
Несмотря на все популистские заявления, Клинтону не удалось наладить надежный контакт с Конгрессом, и это при том, что в обеих палатах у демократов было большинство. Уже вскоре его постигла первая неудача — провал реформы здравоохранения, на которой особенно настаивала его жена. Хиллари не была удовлетворена положением первой леди и хотела быть самостоятельным политиком. Билл назначил ее руководителем Комиссии по подготовке изменений в области здравоохранения, где она действовала напролом, не считаясь с законодателями. Ее проект предусматривал обязательное всеобщее медицинское страхование, причем значительная часть расходов ложилась на работодателей. И республиканцы, и демократы в Конгрессе в основном встретили проект недоброжелательно. Против выступила могущественная Американская медицинская ассоциация, посчитавшая, что он приведет к финансовым потерям частных клиник и врачей. Проект похоронили на уровне комитетов. Клинтоны рассчитывали, что протащат закон о реформе после промежуточных выборов 1994 г., но на них демократы потерпели поражение.
Тем временем после кризисного застоя начался значительный рост производства. Это позволило Клинтону поставить себе в заслугу сокращение безработицы, внутреннего и внешнего долга США, а во время второго президентского срока — профицит бюджета.
Вместе с тем уже с первых месяцев пребывания Клинтона в Белом доме начались разного рода мелкие скандалы, связанные с тем, что он использовал власть, чтобы облагодетельствовать связанных с ним лиц — друзей, деловых партнеров и др.
В мае 1993 г. в прессе появились сообщения, что Клинтон без каких-либо объяснений уволил семь сотрудников Белого дома, занимавшихся организацией поездок президента. Отдел был техническим, и его сотрудники работали при любой администрации, независимо от партийной принадлежности. На вопросы прессы последовал ответ, что меры приняты по соображениям безопасности и рекомендации ФБР. Вскоре руководство ФБР заявило, что не имеет к этому никакого отношения. Выяснилось, что просто освобождались хорошо оплачиваемые места для лиц, рекомендованных друзьями Билла и Хиллари. Прежние сотрудники были восстановлены, а репутация Клинтона в очередной раз была подмочена. В прессе даже появился термин «Травелгейт» (от слова
Считая себя «прогрессистом», хотя и стоявшим на центристских позициях, Клинтон посчитал, что может заработать очки в молодежной среде и среди либерально настроенной части общества, выступив с косвенной поддержкой гомосексуалистов, которые в то время все еще считались людьми второго сорта. В качестве объекта нового отношения к геям и лесбиянкам были избраны вооруженные силы. В декабре 1993 г. Клинтон отдал распоряжение о подготовке президентского исполнительного акта о свободном принятии во все роды войск лиц с нетрадиционной сексуальной ориентацией. Когда сведения об этом вышли за пределы Белого дома, генералы всполошились. Председатель Объединенного комитета начальников штабов К. Пауэлл заявил, что это подорвет воинскую дисциплину, а возможно, даже приведет к беспорядкам в войсках. Президенту разъяснили, что Армия США традиционно рассматривала себя свободной от гомосексуалистов, которых в случае обнаружения увольняли, причем с официальным указанием причины, что лишало их пособий и создавало затруднения при поиске работы. Пауэлл также напомнил, что во время войны во Вьетнаме некоторые молодые люди, пытавшиеся уклониться от службы, объявляли себя гомосексуалистами и тем самым обеспечивали себе освобождение от призыва. Чтобы сохранить лицо, Клинтон согласился на компромисс: лица нетрадиционной ориентации могут служить в вооруженных силах, если не будут открыто признавать эту свою особенность. Командирам запрещалось задавать подчиненным вопросы на эту тему. Компромисс получил название «не спрашивай — не говори» и действовал до 2010-х годов, когда запрет на службу гомосексуалистов в армии был полностью отменен.