Советская власть вновь перешла в наступление на Церковь, но действовала уже не так грубо и нахраписто, как в 1954 году, а хитрее. Исходя из иллюзорной задачи «построения коммунистического общества к 1980 году», было решено, наряду с усилением атеистической пропаганды, ослабить Церковь экономическими и правовыми мерами. Патриарху Алексию было предложено сократить число действующих монастырей и скитов, прекратить финансовую поддержку «слабых» приходов и монастырей, запретить священникам критику атеистов в проповедях. Решениями власти предусматривалось уменьшение земельных участков монастырей и запрещение использования на них наемного и добровольного труда немонашествующих, повышение ставок налога с земельных участков; одновременно резко увеличивалась отпускная цена на свечи, а церквам было запрещено делать наценки для получения дохода. Десятки приходов и монастырей оказались не в состоянии уплачивать налоги, что порождало угрозу местных властей об их закрытии. Закрытие церквей приняло массовый характер по всей стране, были закрыты десятки монашеских обителей и пять духовных семинарий, увольнялись на покой неугодные властям архиереи, несколько сот священников было арестовано, епархиями стали фактически управлять уполномоченные Совета по делам религий (см. 198, с. 383–393).
Трудно переоценить значение деятельности Святейшего Патриарха Алексия в те тяжелейшие для Церкви годы. Твердо и мужественно маститый старец пытался сопротивляться. Он настойчиво обращался в Совет по делам Православной Церкви, передавал туда коллективные обращения верующих с мест, направил личное письмо на имя Хрущева и просил о встрече с ним, но все было напрасно. В этом был тяжкий крест Патриарха Алексия, о котором он сам говорил при вхождении на патриарший престол: не только не сметь ничего делать без позволения Совета по делам РПЦ, но и молчать, не сметь сказать даже слово об очевидном пленении Церкви. Быть может, это было тяжелее, чем открытое гонение, тюрьма и лагерь.
Единственный раз он нарушил молчание. В феврале 1960 года на заседании Конференции за разоружение Патриарх произнес речь, в которой сильно и смело сказал о роли Церкви. Напомнив о значении Русской Церкви в истории Российского государства, о ее вкладе в утверждение в народе нравственных основ семейной и гражданской жизни, в развитие просвещения и культуры, в укрепление государственности, Патриарх сказал: «Моими устами говорит с вами Русская Православная Церковь, объединяющая миллионы православных христиан – граждан нашего государства… Это та самая Церковь, которая создала замечательные памятники, обогатившие русскую культуру и доныне являющиеся национальной гордостью нашего народа… Это она, наша Церковь, укрепляла тогда дух народа верой… Это она служила опорой русскому государству… И она же оставалась вместе с народом во время последней мировой войны, всеми мерами способствуя нашей победе и достижению мира. Словом, это та самая Русская Православная Церковь, которая на протяжении веков служила прежде всего нравственному становлению нашего народа, а в прошлом – и его государственному устройству… Правда, несмотря на все это, Церковь
Христова, полагающая своей целью благо людей, от людей же испытывает нападки и порицания, тем не менее выполняет свой долг, призывая людей к миру и любви… ибо что могут значить все усилия человеческого разума против христианства, если двухтысячелетняя история его говорит сама за себя, если все враждебные против него выпады предвидел Сам Христос, сказав, что и
Власть, и прежде всего лично Хрущев, восприняла речь Патриарха как прямой выпад против нее. В качестве карательной меры был отправлен на пенсию глава Совета по делам Русской Православной Церкви Г. Г. Карпов, занимавший, по мнению цековских идеологов, слишком «примиренческую позицию» в отношении РПЦ; он, например, рекомендовал в 1957 году «обеспечить стойкие нормальные отношения между государством и церковью…», а в марте 1959 года в письме секретарю ЦК КПСС Е. А. Фурцевой прямо осуждал «грубое администрирование по отношению к церкви», «извращения в научно-атеистической пропаганде» и «взрывы церковных зданий» (цит. по: 206, с. 358; 6, с. 111).
Также был устранен от активной церковной деятельности митрополит Николай (Ярушевич), последовательный и решительный защитник прав Церкви. Это было предпринято по прямому указанию Хрущева, причем проведено – по отработанной властью методике – руками самого Патриарха, согласившегося на удаление своего ближайшего соратника и друга, на его фактическую изоляцию и запрет на служение.