Стоит заметить, что любовь к Церкви и к церковной жизни у молодого Храповицкого нисколько не была слепой. Он вполне сумел осознать и понять не только высокий идеал православной жизни, но и немалые затруднения в положении Церкви в современной ему России, недостатки в ее устройстве и обыденном существовании. Еще в детстве его ослепила высокая цель Патриарха Никона: поднять положение Русской Церкви до уровня, равного положению государства, добиться полной независимости и самостоятельности Церкви в решении своих внутренних проблем, вести течение церковной жизни в строгом соответствии с древними канонами и учением Отцов Церкви. А в реальной жизни он видел подчинение Синода всевластным обер-прокурорам, сохранявшееся со времен Петра I господство протестантских идей в строе духовного образования и зависимость духовенства, особенно сельского, в материальном отношении от богатых прихожан; почти прервались связи Русской Церкви с восточными патриархами; открыть новый приход или основать новый монастырь было труднее, чем основать «какой-либо игорный притон; основать какой-либо ежегодный крестный ход можно было не иначе, как накланявшись целый год по различным губернским и столичным канцеляриям»; по иерархической лестнице повышали лиц, отличавшихся не столько талантами и заслугами, сколько покорностью и молчанием (102, кн. 1, с. 77, 79).
В Духовной Академии редкого в этих стенах представителя знатной дворянской фамилии встретили с настороженностью. Алексей Храповицкий не смутился, увидев равнодушие иных студентов к вере и устремленность к канцелярским должностям, а не к монашеству или пастырству; он не разочаровался, осознав упадок богословской науки, вследствие чего любимыми предметами учащихся оказались светские науки – литература, история, философия, психология; он был уверен, что при всех недостатках академия есть лучшая в России высшая школа. К счастью, и среди студентов, и среди преподавателей Храповицкий смог обрести близких по духу людей.
Новый студент обнаружил, что академическая церковь находится в некотором забвении: она была настолько мала, что там могло поместиться менее половины учащихся; архиерейские службы там не совершались уже 17 лет, и даже митрополит Петербургский Исидор (Никольский) посещал ее крайне редко; внешнее убранство храма было скудно. Алексей Храповицкий не мог с этим смириться: и академию, и ее церковь он воспринимал как кровно
Сам Алексей в 1882 году произнес свою первую проповедь на тему о призвании духовно-учебных заведений; вторую проповедь ему довелось произнести летом 1883 года в имении родителей, в сельской церкви села Ватагино, в годовщину сибирской моровой язвы. «За что наказывает нас милосердный Господь? – вопрошал проповедник и отвечал: – Каждый из нас имеет за собой столько грехов, что он всегда достоин казни Божией… Будем заботиться о том, чтобы учить своих детей добру и вере в Бога, а также отучать их от всего худого. Будем обходиться с ними ласково, как с друзьями Христовыми, чтобы не прогневить их великого заступника Господа Иисуса. А наипаче должно стараться не возмущать чистых душ младенческих жестокостью и бранью, чтобы не озлобить незлобивых. Если воспитаете детей ваших и сделаете их праведными и добрыми людьми, то и они будут покоить вас в старости и ходить за вами в болезнях, замолят ваши грехи, когда вы умрете. Тогда люди будут благочестивее, и Господь не будет карать общими бедами, и все будем жить спокойно и счастливо