Талантливого выпускника академии предназначали к должности профессора кафедры философии, но иноку было уготовано иное служение. 12 июня состоялась хиротония во иеродиакона, а 30 сентября – во священника. Иеромонах Антоний был назначен на должность субинспектора академии (вторым субинспектором служил его друг, профессор иеромонах Михаил Грибановский). Вокруг них в академии образовался кружок ученых иноков, старейшим из которых был архимандрит Антоний (Вадковский). Так началось его служение в высших духовных учебных заведениях.
С искренней и самоотверженной любовью молодой иеромонах относился к студентам, видя в них своих братьев. Когда же ректор, владыка Арсений, потребовал доносить обо всех случаях формального нарушения дисциплины со стороны студентов, иеромонах Антоний отказался заниматься сыском и попросил перевести его на какую угодно иную службу. Властолюбивый ректор возмутился этим «бунтом» инока и решил примерно наказать его. Кандидата на профессорское звание перевели в провинциальный полупольский город Холм преподавателем неполной семинарии, только что преобразованной из униатской.
Это означало ссылку. Но избранным своим Господь на большие огорчения посылает немалые утешения. Во время остановки в Киеве инок Антоний встретил друга: иеромонах Михаил был отправлен служить в Иерусалим и задержался в дороге. На службе в Киево-Печерской Лавре молодых монахов утешил и ободрил сербский митрополит Михаил, который «много и одушевленно говорил о значении ученого монашества для России, славянства и всего Востока, о борьбе православной культуры с языческой европейской, о необходимости деятельного единения православных Церквей…» (102, кн. 1,с. 117). Умиленный и обрадованный, с благословением митрополита Михаила отправился молодой монах в дальнейший путь.
В Холме для него открылось большое поле приложения сил, простор для педагогической, просветительской и миссионерской деятельности, которая увлекла иеромонаха Антония. Его родные были крайне взволнованы таким назначением, но, когда Павел Павлович Храповицкий приехал навестить сына, то не только не увидел в нем никакой подавленности, а с удивлением отметил воодушевление. Когда же назначенный ректором академии архимандрит Антоний (Вадковский) поспешил вернуть в Петербург талантливого молодого соименника, тот испытал не только радость, но и некоторое огорчение. Знание проблем этого окатоличенного края позднее пригодится ему.
В 1886–1889 годах иеромонах Антоний исполнял обязанности доцента по кафедре Ветхого Завета и инспектора Санкт-Петербургской Духовной Академии. Преподавание и воспитательная работа со студентами отнимали много времени. Были подготовлены к печати статьи – «О правилах Тихония (Донатиста) и их значении для современной экзегетики» и «Толкование на книгу пророка Михея». В последней, написанной по поручению академической корпорации, иеромонах Антоний утверждал единство Ветхого и Нового Завета. Молодой инок пылко пропагандировал идею монашества среди студентов, и число иноков росло. Он часто служил в академическом храме и других петербургских церквах и быстро приобрел известность. Сил и энергии хватало для участия в деятельности общества религиозно-нравственного просвещения, и в здании Городской думы иеромонах Антоний читает доклады богословского содержания. В церковных и светских журналах появляются его статьи с подписью С. С. Б. (служитель слова Божия). Происходят важные знакомства – с великим пастырем, отцом Иоанном Кронштадтским, с видным петербургским сановником В. К. Саблером, профессорами С. А. Рачинским, О. Ф. Миллером, философом В. С. Соловьевым. Подвижническое служение кронштадтского батюшки и сама необыкновенная личность отца Иоанна оказали сильное влияние на иеромонаха Антония. Очевидно, это послужило основой для его будущего курса пастырского богословия. Правда, поначалу ревностный монах отнесся к мирянам недостаточно внимательно, но вскоре осознал свою ошибку. Постепенно иеромонах Антоний оказывается причастным к деятельности узкого слоя духовной и светской православной интеллигенции, не желающей довольствоваться существующим положением, а стремящейся к развитию духовной жизни в России.
Да, развитие необходимо, соглашался он, но тут же строго спрашивал, каковы цели развития и пути достижения поставленных высоких целей. Цели, чуждые Православию, методы, несогласные с Божиими заповедями, были не по нему. Так, несмотря на дружеские отношения с В. С. Соловьевым, отец Антоний опубликовал статьи «Подделки В. С. Соловьева» и «Ложный пророк», в которых защищал Православную Церковь от нападок знаменитого философа и обличал его отклонения от истины, склонности к полонофильству, юдофильству и космополитизму, воспевание папизма: «…имея столько действительных талантов, автор глубоко унизил их желанием представить собою и такие совершенства, коих у него не было, то есть своим постоянным ломанием, ложью и притворством…» (102, кн. 1, с. 140). Резкий тон обличений порожден столько же пылким характером автора, сколько и его искренним негодованием.