Именно в это время молодой монах начинает разрабатывать вопрос, озадачивший его еще в детские годы, – вопрос о патриаршестве. Он быстро пришел к убеждению, что упразднение Петром I патриаршества есть тяжкая рана Русской Церкви, что необходимо восстановление канонического строя церковной жизни, которое должно положительно отразиться и на развитии русского народа. В этом его решительно поддерживал архимандрит Михаил (Грибановский), и оба друга решили сделать все возможное для восстановления в России патриаршества.
В 1889–1890 годах отец Антоний в сане архимандрита исполнял обязанности ректора Петербургской семинарии, а осенью 1890 года был назначен ректором Московской Духовной Академии. Удивление вызывал возраст ректора, но не его признанные достоинства. К 27 годам отец Антоний стал одним из лучших знатоков церковного и богослужебного устава, внимание привлекли его научные статьи и блестящие проповеди, немалый авторитет он получил своей церковно-общественной деятельностью, а степень его иноческого влияния далеко превосходила влияние его старших собратьев. По его инициативе в 1892 году начинает выходить академический «Богословский вестник». Правда, авторитет столь молодого ректора иные подвергали сомнению, но отца Антония решительно поддерживал митрополит Московский Леонтий (Лебединский), узнавший его еще в Петербурге мальчиком-жезлоносцем. Управление молодого ректора многие в профессорской корпорации МДА считали жестко авторитарным, но сам архимандрит Антоний руководствовался новым академическим уставом 1884 года, который значительно ограничивал внутреннюю свободу духовных академий.
По мнению протоиерея Георгия Флоровского, «он не был исследователем, не был ученым. Но у него всегда были
Ректор не ограничивался обязательными часами лекций, он не жалел своего времени и стремился передать учащимся все, почитаемое им важным и полезным. Так, в октябре 1893 года архимандрит Антоний произнес перед студентами внеклассную лекцию «Пастырское изучение людей и жизни по сочинениям Ф. М. Достоевского». С литературной, философской, но прежде всего с нравственной точки зрения он анализировал перед студентами глубины творчества великого писателя: «Достоевский раскрывает в своих сочинениях стройное и весьма полное миросозерцание: все разнообразнейшие частности жизни и мысли, нескончаемой вереницей проходящие пред его читателем, проникнуты одною нравственною идеею. В начертаниях бесчисленных типов из самых разнообразных областей общественного быта – от схимника до социалиста, от младенцев и философов до преклонных старцев, от богомолок до блудниц – Достоевский не пропускает ни одной картины… не привязанной так или иначе к своей идее… чтобы успеть высказать миру желаемые слова. Томимый жаждою этой идеи, он не успевает усовершать свои повести с внешне-художественной стороны… Читать Достоевского – это хотя сладостная, но утомительная, тяжелая работа…» (11, с. 249). В то же время нельзя не отметить чрезмерной страстности владыки Антония в признании безусловно великого писателя истинным выразителем христианских идей и учения Церкви: «Прежде всего Библия, потом церковный устав, а на третьем месте Достоевский», – даже утверждал он (13, с. LXII).
Пылкая ревность ректора академии к утверждению идеалов Христа привела его к активной пропаганде среди студентов академии иноческого пути. В монашестве отец Антоний видел не столько особый вид христианского подвижничества, сколько своего рода передовой отряд «Церкви воинствующей». Он был искренне убежден, что молодое ученое монашество должно совершенно изменить к лучшему жизнь общества в России. По ироническому отзыву протопресвитера Георгия Шавельского, отец Антоний «давным-давно усвоил положение, что “самый худший чернец лучше самого лучшего бельца” и что “пострижение в монашество – таинство, творящее сверхчудеса”», и поэтому он «принялся стричь направо и налево, не считаясь ни с возрастом, ни с дарованиями, ни с настроением, ни с прошлым, ни с настоящим студента. Скороспелость пострижений часто давала о себе знать» (203, т. 2, с. 162). Всего за время ректорства пламенного владыки Антония в трех духовных академиях им было пострижено около 60 человек, большинство из которых стали архиереями. Правда, некоторые основания для иронии у отца Георгия имелись: у иных пострижеников, решившихся на постриг под влиянием мгновенного увлечения, монашеская жизнь сложилась неудачно.