Самой удобной целью паломников была Португалия. Там уже проживало большое количество евреев, и некоторые из них достигли богатства и политического положения при дружественных королях. Но Иоанн II был напуган количеством испанских евреев — возможно, 80 000, - которые хлынули в страну. Он разрешил им остаться на восемь месяцев, после чего они должны были уехать. Среди них начался мор, который перекинулся на христиан, требовавших их немедленного изгнания. Иоанн облегчил отъезд евреев-иммигрантов, предоставив им недорогие корабли; но те, кто доверился этим судам, подверглись грабежам и изнасилованиям; многие были выброшены на пустынные берега и оставлены умирать от голода или быть захваченными и обращенными в рабство маврами.44 Один корабль с 250 евреями, которому отказывали в порту за портом, потому что среди них все еще свирепствовал мор, четыре месяца скитался по морю. Бискайские пираты захватили одно судно, разграбили пассажиров, а затем пригнали корабли в Малагу, где священники и магистраты поставили евреев перед выбором: крещение или голодная смерть.
После того как пятьдесят из них умерли, власти снабдили оставшихся в живых хлебом и водой и велели им отплыть в Африку.45
По истечении восьми месяцев Иоанн II продал в рабство тех еврейских иммигрантов, которые еще оставались в Португалии. Детей до пятнадцати лет забирали у родителей и отправляли на острова Святого Фомы, чтобы воспитать их как христиан. Поскольку никакие апелляции не могли сдвинуть с места исполнителей указа, некоторые матери утопили себя и своих детей, чтобы не страдать от разлуки.46 Преемник Иоанна, Мануил, дал евреям передышку: он освободил тех, кого Иоанн поработил, запретил проповедникам подстрекать население против евреев и приказал своим судам отклонять как злонамеренные выдумки все обвинения в убийстве евреями христианских детей.47 Тем временем Мануэль ухаживал за Изабеллой, дочерью и наследницей Изабеллы и Фердинанда, и мечтал объединить оба престола под одной кроватью. Католические государи согласились, но при условии, что Мануэл изгонит из Португалии всех некрещеных евреев, как местных, так и иммигрантов. Любя честь превыше чести, Мануэл согласился и приказал всем евреям и маврам в своем королевстве принять крещение или быть изгнанными (1496). Обнаружив, что лишь немногие предпочли крещение, и не желая нарушать ремесла, в которых евреи преуспели, он приказал отделить всех еврейских детей младше пятнадцати лет от родителей и насильно крестить. Католическое духовенство воспротивилось этой мере, но она была приведена в исполнение. «Я видел, — рассказывал один епископ, — как многих детей тащили к купели за волосы».48 Некоторые евреи в знак протеста убивали своих детей, а затем и себя. Мануил пришел в ярость; он препятствовал уходу евреев, а затем приказал крестить их силой. Их тащили к церквям за бороды мужчин и волосы женщин, и многие убивали себя по дороге. Португальские конверсо отправили депешу папе Александру VI с просьбой о заступничестве; ответ его неизвестен; вероятно, он был благоприятным, поскольку Мануэл теперь (в мае 1497 года) даровал всем насильно крещенным евреям мораторий на двадцать лет, в течение которых они не должны были представать ни перед каким судом по обвинению в приверженности к иудаизму. Но христиане Португалии были возмущены экономической конкуренцией евреев, крещеных или нет; когда один еврей поставил под сомнение чудо, якобы произошедшее в лиссабонской церкви, народ разорвал его на куски (1506); в течение трех дней шла резня; 2000 евреев были убиты, сотни из них были похоронены заживо. Католические прелаты осудили это безобразие, а два монаха-доминиканца, подстрекавшие к бунту, были преданы смерти.49 В остальном на протяжении целого поколения царил почти мир.