Когда первые отряды добровольцев, воодушевленных любовью к свободе и отечеству, покидали Париж, разнесся слух, что заключенные в тюрьмы аристократы и неприсягнувшие священники раздобыли оружие и готовят заговор, чтобы, когда все мужчины уйдут на фронт, перебить оставшихся в столице женщин и детей. Набат, призывавший граждан встать на защиту отечества, был воспринят как сигнал к «народной мести», и толпы санкюлотов — ремесленников, мелких торговцев, кабатчиков, кухарок и жандармов — двинулись взламывать двери тюрем и убивать заключенных. Три дня — 2, 3 и 4 сентября — взволнованная, напуганная и озлобленная толпа вырезала, расстреливала и самыми варварскими способами истребляла узников парижских тюрем, не слишком заботясь о том, кого она приносит в жертву своему паническому страху — аристократа или лавочника, монахиню или фальшивомонетчика. Хотя некоторые источники сообщают, что накануне, чтобы освободить места для священников и аристократов, из тюрем выпустили всех воров и разбойников. Тревога, страх, накал страстей, отсутствие реальной власти у Собрания и попустительство Коммуны, даже не пытавшейся бороться с охватившим граждан ужасом, порожденным дурными вестями с фронта... Начавшись в Париже, зверское истребление узников тюрем кровавым колесом прокатилось по всей Франции. По словам Луи Блана, страну охватила нравственная эпидемия, и «не нашлось человека, который воскликнул бы с негодованием, что убийство не должно быть прологом к самопожертвованию».
Все знали, что убивать начнут 2 сентября, но никто из вождей революции даже не попытался остановить кровавое безумие: его считали справедливой народной местью. Но только Дантон, министр юстиции, обязанный предотвратить расправу, цинично и честно признался: «Это было необходимо», ибо «в настоящее время только крутые меры могут принести пользу, все остальное бесполезно». Бездействовал новый начальник Национальной гвардии пивовар Сантерр. Горса в своей газете писал о 2 сентября: «Этот день был ужасен, но справедлив; он был неизбежным последствием народного гнева». «Вчерашний день был таков... что его события следует предать забвению», — сказал о 2 сентября Ролан. Марата в эти кровавые дни никто не видел, но из подполья постоянно звучал его призыв: «Истреблять!» А народный трибун Робеспьер 1 сентября посоветовал Коммуне Парижа не противиться народному гневу и исчез, скрылся за стенами дома Дюпле. Он никогда открыто не порицал страшные события сентября, называя их «народным правосудием» и признавая в них закономерные последствия революции 10 августа, трагическое осуществление суверенных прав народа. Ж. Артари пишет, что в те дни Робеспьер нашел способ оправдывать любые низости и преступления, совершенные народом: он начинал доказывать, что признание этих преступлений послужит делу врагов народа. Тем не менее личный врач Робеспьера Субербьель писал, что его пациент всегда с ужасом говорил о сентябрьских днях. «Кровь! Все кровь! Несчастные! Они потопили в ней революцию», — восклицал он. Но такие признания Робеспьер делал только под защитой комфортных стен Дюпле. Пишут, что именно в сентябре Робеспьер бесповоротно порвал с Петионом, ибо тот, будучи мэром Парижа, не использовал свой авторитет, чтобы помешать разгулу бесчинств. На что Петион ответил: «Все, что я могу вам сказать, так это то, что не в силах человеческих было воспрепятствовать этим людям».
Редкие депутаты пытались спасти от разъяренной черни хотя бы нескольких узников; Дантон выписал заграничный паспорт Талейрану, прокурор Коммуны Манюэль освободил Бомарше; говорят, Робеспьер освободил своих бывших преподавателей из коллежа Людовика Великого... Точных данных о погибших в тюрьмах Парижа в те сентябрьские дни нет, большинство приводит цифру в 1500 человек; пишут также, что в монастырях, превращенных в тюрьмы, было уничтожено еще 600 священнослужителей. «10 августа обновило и завершило революцию; 2, 3, 4 и 5 сентября набросили на нее покров мрачного ужаса. О, сколь злобен человек непросвещенный!» — писал зоркий наблюдатель парижской жизни Ретиф де ла Бретон.