Алексей Михайлович вставал рано — в четыре-пять часов утра, одевался при помощи постельничего и спальника, шёл в Крестовую палату на молитву и направлялся в покои царицы, откуда они вместе шествовали в дворцовую церковь слушать заутреню.
В Передней палате царского выхода ждали бояре и другие думные чины. Кое у кого в руках были челобитные, которые царь мог разбирать лично. Затем, уже с боярами, государь отправлялся к обедне. Стольники или бояре поддерживали монарха под руки, так как его наряд был порой слишком тяжёл; его окружали телохранители-рынды, а замыкал шествие отряд московских дворян-«жильцов». Вернувшись с обедни, царь «сидел со бояры», обсуждая государственные дела, либо уезжал на охоту, либо принимал послов.
Церемония представления иностранных дипломатов заключалась в целовании монаршей руки, преподнесении и принятии подарков и взаимных расспросах о здоровье. Далее послов приглашали на государево «столовое кушание». В обычные дни подавалось до семидесяти блюд, на посольских и праздничных обедах устраивались настоящие пиршества. Царь раздавал блюда боярам, сидевшим с ним за столом, в знак особой милости.
Алексей Михайлович мог отправиться на охоту — «тешитца на поле», или «в поход в своё государево село в Семёновское на потешный двор», или в другие подмосковные вотчины — Черкизово, Покровское, Измайлово, любимое Коломенское. Нередко он вместе с приближёнными посещал монастыри — Троице-Сергиев или Новодевичий. Покидая столицу, царь оставлял «на Москве» доверенных бояр. Если он никуда не ездил, то время после «столового кушания» посвящал семье. После скромного ужина государь опять молился в Крестовой палате, прежде чем отправиться спать.
Современники отмечали мягкий характер царя Алексея, его склонность к созерцательности — но и вспыльчивость: в гневе он мог дать волю рукам. Он любил представать гостеприимным хозяином и бывал порой даже чересчур щедр. Так, в 1674 году царь «жаловал духовника, бояр и дьяков думных, напоил их всех пьяными».
Царь был примерным семьянином, отцом шестнадцати детей от двух браков. Первая жена, Мария Ильинична Милославская, родила ему Дмитрия (1649—1651), Евдокию (1650—1712), Марфу (1652—1707), Алексея (1654—1670), Анну (1655—1659), Софью (1657—1704), Екатерину (1658—1718), Марию (1660—1723), Фёдора (1661—1682), Феодосию (1662—1713), Симеона (1665—1669), Ивана (1666—1696), Евдокию (1669—1669). Во втором браке с Натальей Кирилловной Нарышкиной родились Пётр (1672—1725), Наталья (1673—1716), Феодора (1674—1678).
Правда, вдова стольника Ирина Мусина-Пушкина тоже не была обойдена высочайшим вниманием; её сына Ивана Пётр I впоследствии называл по-немецки
В мае 1658 года Алексей Михайлович пожаловал вдову стольника Мусина-Пушкина и её сына Ивана — подарил им купленный на чужое имя дом на Арбате, за который заплатил из казны немалые деньги — 300 рублей. Возможно, умница и красавица Ирина Михайловна привлекла царя как раз теми качествами, которые отсутствовали у его жены. Марии Ильиничне блистать умом было недосуг — она была занята исполнением государственной миссии: каждые полтора-два года рожала; ее роль и влияние на мужа никак не отражены в источниках.
Но царская милость могла смениться «грозой». В последний год жизни Алексея Михайловича Ирина была удалена от двора. В её село Угодичи Ростовского уезда отправились «для великого государя тайного дела и для сыска» бояре Яков Одоевский и Артамон Матвеев и думный дьяк Ларион Иванов — «роспросить Алексеевскую жену Мусина-Пушкина Арину, и велено пытать её накрепко». Сын же её на время «пропал безвестно». Возможно, Ирина позволяла себе «непристойные речи», затрагивавшие честь царя и его молодой второй жены Натальи Кирилловны. Но после смерти царя Алексея Иван Мусин-Пушкин был пожалован в стольники и занял достойное место при дворе.
Отдохнуть от забот и неприятностей Алексей Михайлович стремился в Измайлове — этакой образцовой «ферме»: там находились его зверинец и стекольный завод, там он разводил виноград, дыни и даже выращивал тутовые деревья, желая производить собственный шёлк. Кроме того, в его дворцовом хозяйстве имелись четыре винокуренных завода, две стекольные мануфактуры — в Измайлове и подмосковной Черноголовской волости (там производилась неплохая посуда, которую государь порой преподносил в подарок гостям) — и «сафьянный двор».