Фёдору было трудно крепко держать бразды правления. Документы рассказывают о том, как государь ездил на богомолья, но его участие в повседневном управлении оставило мало следов в источниках. Больной цингой Фёдор неделями не выходил из палат; от его имени страной правили несколько влиятельных бояр: князь Ю. А. Долгоруков, Б. М. Хитрово, князь Н. И. Одоевский и др. «Старые бояре» запретили театральные представления при дворе, пытались даже отменить крайне необходимое стране почтовое сообщение и выслать из России всех иностранных резидентов. В декабре 1677 года были ликвидированы Монастырский и Челобитный приказы, которые помогали государю контролировать Церковь и держать под надзором систему управления. И. М. Милославский в 1680 году объединил было под своей властью четыре финансовых приказа, но через полгода управление двумя из них было отобрано у боярина.
По словам датского резидента, разногласия в царском окружении касались и внешней политики. Датчане были заинтересованы в союзе с Москвой для борьбы против Швеции, и в 1677 году кое-кто из окружения царя склонял его к войне с северным соседом за возвращение выхода к Балтике. Но «старые бояре» их не поддержали, тем более что на Украине шла первая в нашей истории Русско-турецкая война. Московские войска и полки гетмана Ивана Самойловича нанесли турецко-татарской армии поражение под Чигирином, но в следующем году гарнизон был вынужден покинуть крепость. Московские вооружённые силы находились ещё в процессе перестройки: среди частей, участвовавших в боях под Чигирином, регулярными являлись лишь два солдатских полка; рейтарские полки не успели получить оружия и, по словам современника, «от рейтар и городовых дворян только крик был». Воеводы же придерживались пассивной тактики, ожидая, что противник из-за тяжести осады крепости уйдёт восвояси.
Когда в 1679 году в Москву прибыли польские дипломаты, голландский резидент сообщал: «...его царское величество объявил своим министрам, что этот посол привезёт окончательное решение короля и Польской республики не только порвать с турками и татарами, но и присоединить свои силы к отдельным войскам его царского величества». Однако поляки предложили отправить русские полки для защиты границ Речи Посполитой да к тому же просили денег на содержание польско-литовских войск. Такие условия Москву не устроили, и русско-польский союз так и не состоялся. Военные действия на Украине завершились заключением Бахчисарайского мирного договора (1681), по которому крымский хан признал за Россией право на Киев и Левобережье.
Военные расходы потребовали увеличения налогового бремени. В августе 1677 года государство отменило все церковные «тарханы» — освобождения вотчин духовных землевладельцев от налогов. Затем последовал сбор с духовенства «запросных денег» на жалованье ратным людям. Архиереи и монастырское начальство бросились в ноги боярам-«милостивцам», тесно связанным со своими родовыми обителями. Стоило руководившему финансовыми делами И. М. Милославскому заболеть, как его преемник Р. М. Стрешнев решил переложить тяжесть дополнительных налогов на всё податное население — брать «десятую деньгу» с горожан, а с сельского населения — по полтине с двора. С 1679 года началось восстановление налоговых привилегий монастырей.
Перепись населения стала основанием введения подворного обложения. В ходе военно-окружной реформы (1680) ратные люди полковой службы распределялись по девяти разрядам-округам. Наиболее обеспеченных и исправных в службе дворян и детей боярских разрешалось оставлять в старых сотнях и записывать вновь в рейтары и копейщики, а всех остальных верстать в солдатскую службу, как и всех рейтар и копейщиков недворянского происхождения. Однако по финансовым соображениям правительство так и не решилось ликвидировать старую поместную конницу.
Не удалась и реформа местного управления: в 1679 году были отменены должности губных старост под предлогом освобождения налогоплательщиков от обязанности «кормить» этих должностных лиц, но воевода без них не имел возможности контролировать территорию уезда.