В июне того же года «благоверный и благородный и Богом преукрашенный, святыя православныя и непорочныя христианския благочестивыя веры крепкий поборник, великий государь, царь и великий князь Феодор Алексеевич, всея Великия и Малыя и Белыя России самодержец, и многих государств и земель восточных и западных и северных отчич и дедич, и наследник, и государь, и обладатель, изволил венчатися царским венцем и диадимою, еже есть святыми бармами, по древнему своему царскому чину, и восприяти в руку свою прародителей своих, прежних великих государей, царей и великих князей Российских, и отца своего государева, блаженныя памяти великаго государя, царя и великаго князя Алексея Михайловича, всея Великия и Малыя и Бельм России самодержца, скипетр и царский чин и яблоко самодержавное держати во смотрение и во одержание, на великом и превысочайшем, пресветлом и прекрасном, дражайшем царском степени Московскаго царствия». После миропомазания Фёдор первым из российских государей был введён через Царские врата в алтарь и приобщён Святых Таин по священническому чину.
Торжественная церемония, призванная возвысить власть утвердившейся династии, не могла скрыть от искушённых придворных зрителей болезненной слабости третьего из Романовых на российском престоле. Сохранилось не слишком достоверное польское известие о том, что боярин Артамон Матвеев сделал попытку подговорить стрельцов в обход старших братьев сделать царём маленького Петра Алексеевича, поскольку «Фёдор лежит больной, так что мало надежды на его жизнь». Но бояре во главе с влиятельным князем Юрием Алексеевичем Долгоруковым при поддержке патриарха Иоакима посадили на престол Фёдора. Возможно, это сообщение отражает лишь ходившие в кругу московских иноземцев толки; но датский резидент Магнус Гэ уже в феврале 1676 года сообщил в Копенгаген, что новый царь долго не проживёт и его двор «разделился на несколько партий».
Действительно, за спиной юного государя началась борьба придворных группировок — Милославских и Нарышкиных. Скоро Матвеев был отправлен в ссылку в Пустозёрск, а брат вдовы Алексея Михайловича Иван Нарышкин по доносу лекаря обвинён в подстрекательстве своего слуги к убийству царя из пищали. Крёстной матерью Фёдора была его старшая сестра, несостоявшаяся супруга датского принца Ирина Михайловна, ставшая теперь убеждённой последовательницей старой веры. Она и её сторонники склоняли государя к возвращению дониконовского обряда — готовился его «поход» к мощам святой Анны Кашинской (в гробу пальцы её правой руки были сложены в двоеперстие). Однако сопротивление патриарха не позволило придворным староверам осуществить этот замысел. Вместе с Иоакимом действовали «ближние люди» нового царя — постельничий Иван Языков; учитель Фёдора Симеон Полоцкий, окольничий Алексей Лихачёв и его брат думный дворянин Михаил Лихачёв. В итоге юный царь сделал свой первый серьёзный выбор — поддержал церковную реформу и отказался вернуть «старую веру».
Фёдор интересовался польскими «конституциями» (постановлениями сейма Речи Посполитой); в его покоях висели портреты польского и французского королей. Монах и придворный историк царевны Софьи Сильвестр Медведев писал, что советники царя вводили «всякие новые дела в государстве... иноземским обычаям подражающе». Одним из таких советников оказался польский шляхтич Павел Негребецкий, которому молодой государь поручил разработать проект учреждения в России академии и составить первую гербовную книгу русской знати. Ещё одного придворного, стольника С. Ф. Николева (сына француза-протестанта полковника Никола де Манора), Фёдор уполномочил ведать «церковное и дворовое, и хоромное, и садовое строение на Москве». В сентябре 1679 года молодой царь впервые показался на людях в польской одежде — нижнем кафтане с узкими рукавами и верхнем с широкими; окружавшая его свита щеголяла в модных в Польше «турских» (турецких) кафтанах с серебряными нашивками. В 1680 году царь своим указом повелел носить при дворе вместо старых московских охабней и однорядок более практичное «служилое платье ферезеи и кафтаны долгополые», но в то же время запретил надевать короткое иноземное платье. Но эти новшества в целом не выходили за рамки дворца и круга придворной знати.