Сам Пётр искренне верил в то, что его жизни угрожала опасность; он сообщал брату, как Шакловитый и его друзья «умышляли с иными ворами об убивстве над нашим и матери нашей здоровьем и в том по розыску и с пытки винились». Сподвижники Петра Б. И. Куракин и А. А. Матвеев также приводили в своих записках версию о заговоре: «Царевна София Алексеевна, собрав той ночи полки стрелецкие некоторые в Кремль, с которыми хотела послать Щегловитого в Преображенское, дабы оное шато зажечь и царя Петра Алексеевича I и мать его убить, и весь двор побить и себя деклеровать на царство». В дальнейшем такая оценка событий стала общепринятой.
Но еще в XIX веке некоторые исследователи высказывали сомнения в существовании заговора. Сохранившееся с некоторыми утратами следственное дело Шакловитого позволяет говорить об отсутствии организованных действий сторонников Софьи. Все попытки поднять стрельцов на активные шаги в защиту правительницы успеха не принесли. Царевна не дала на них санкций, а её окружение само боялось нападения со стороны Преображенского — не случайно 25 июля, в день празднования именин царской тётки Анны Михайловны, Шакловитый поставил в Кремле усиленные караулы по случаю приезда Петра.
Седьмого августа в распоряжении Софьи вообще не было собранных войск, и её действия выглядят скорее как ответная мера. Вечером того же дня в Кремле было найдено подмётное письмо, «а в том письме написано, что потешные конюхи, собрався в селе Преображенском, хотели приходить августа против 7 числа на их государский дом в ночи и их, государей, побить всех». Шакловитый отправил на разведку в Преображенское трёх стрельцов — они-то и поспешили к Петру с доносом. Срочно поднятые в Кремле и на Лубянке стрельцы не имели конкретного плана выступления, что подтвердили и сами доносчики, не приведшие никаких доказательств угрозы жизни царя.
На первом допросе Дмитрий Мельнов и Яков Ладыгин выдали пославших их товарищей и единомышленников во главе с пятисотенным Стремянного полка Ларионом Елизарьевым — доверенным лицом Шакловитого, а те, прибыв к Троице через два дня, подали подробные изветы о планах убийства «ближних людей» царя Б. А. Голицына и Нарышкиных и предполагаемом смещении патриарха.
Показания Л. Елизарьева, И. Ульфова, Д. Мельнова, Я. Ладыгина, Ф. Турки, М. Феоктистова и И. Троицкого стали основанием для розыска, через месяц приведшего Шакловитого и его приближённых на плаху. Именно эта семёрка получила не только огромную награду — по тысяче рублей, но и право «быть в иных чинех, в каких они похотят».
Спустя несколько лет, осенью 1697 года, стрелец находившегося в только что завоеванном Азове Стремянного полка Мишка Сырохватов, объявив «государево дело», рассказал воеводе, что именно Ларион Елизарьев и его друзья были в 1689 году самыми активными сторонниками Шакловитого: раздавали от его имени деньги и руководили сходками. По словам Сырохватова и представленных им свидетелей, Елизарьев и Феоктистов собирали в памятную августовскую ночь стрельцов у съезжей избы, посылали трёх человек в Преображенское «для проведывания про великого государя» и, получив известие об отъезде Петра, «отправились в троицкой поход». Однако доносчик не дождался награды — по указаниям из Москвы он был «бит кнутом на козле нещадно» и оставлен на вечное житьё в Азове, а его извет нисколько не повредил карьере обвинённых им.
Похоже, что настоящей попытки переворота не было. В атмосфере взаимного подозрения действия стрельцов во главе с Елизарьевым стали той пружиной, которая привела в движение механизм всех дальнейших событий, — если, конечно, они являлись наивными служаками, по ошибке принявшими ночной сбор стрельцов за подготовку покушения на Петра I, а не провокаторами, подтолкнувшими царя к ответным шагам. Приведённые выше факты добавляют штрихи к данной версии, но пока не позволяют сделать окончательный вывод.
Призрачный шанс вернуться к власти и активной жизни появился у свергнутой правительницы на исходе века. Высланные из Москвы на литовскую границу стрелецкие полки в 1698 году были недовольны своим положением. Их гонцы теперь сами стремились снестись с опальной царевной и якобы получили письма (хотя до сих пор неясно, писала их сама Софья или стрелецкие вожаки от её имени) с призывом освободить её из заточения, «бить челом» — просить её «иттить к Москве против прежнего на державство» и не пускать в город Петра.