Россия в Центральной Азии. Бухарский эмират и Хивинское ханство при власти императоров и большевиков. 1865–1924

Впоследствии Игнатьев пошел дальше и выступил за присоединение Западного Памира к России. Он назвал недопустимой систему двоевластия, которая стала результатом вмешательства русских военных властей во внутренние дела региона. «Обращения местных жителей к начальнику Памирского отряда за заступничеством и просьбы, чтобы их приняли в русское подданство, стали результатом не столько угнетения, которое испытывают жители этого региона, сколько совершенно ненормальных отношений, существующих с самого начала между нашими офицерами, бухарскими властями и жителями. Демонстрируя откровенную враждебность к бухарским властям, наши офицеры начали вмешиваться в управление княжествами и открыто дали понять жителям, что они всегда могут полагаться на заступничество начальника Памирского отряда перед назначенцами эмира и что ко всем их жалобам отнесутся с полным сочувствием». Вместе с тем Игнатьев утверждал, что, раз уж Россия согласилась взять на себя защиту местного населения, она не может позволить себе отступить, поэтому единственным решением вопроса является аннексия.

В марте 1899 года Министерство иностранных дел согласилось на присоединение Западного Памира к России, предложив эмиру в качестве компенсации обращение «высочество», а также либо чин полного генерала, либо членство в ордене Андрея Первозванного. Также Министерство иностранных дел настояло, чтобы передача территории была произведена путем подписания секретного договора с Бухарой, дабы избежать неприятных объяснений с Британией и Афганистаном.

На сей раз не согласился Ташкент. Духовской возражал против немедленной аннексии Западного Памира, поскольку Британия могла потребовать компенсации в форме территорий где-то в этой же области, как случилось в партии, разыгранной великими державами в Китае. Духовской считал, что вопрос следует отложить до лучших времен. В соответствии с этим Игнатьев сообщил эмиру, что решение временно откладывается. Тогда Бухара запросила официального разрешения начать сбор налогов в Шугнан-Рушане, и Игнатьев поддержал просьбу на том основании, что Россия не может отказать, если намерена оставить Западный Памир в руках Бухары. Решение было выработано в начале 1900 года и состояло в продлении неуклюжей системы двоевластия, против которой возражал Игнатьев. Эмиру и бекам Шугнан – Рушана разрешили собирать налоги под надзором генерал-губернатора Туркестана и начальника Памирского отряда. Однако голод, разразившийся в результате неурожая зерна предшествующей осенью, заставил начальника Памирского отряда в июле 1900 года рекомендовать отложить сбор налогов до следующего года, чтобы избежать широкомасштабного бегства жителей в Афганистан.

Наконец, в марте 1903 года бухарские чиновники с разрешения России начали брать налоги и сразу же столкнулись с сопротивлением жителей, которые только что пережили особенно суровую зиму, вызвавшую большой падеж скота и потери зерна. Русские власти в Хороге и Ташкенте старались придерживаться среднего курса между населением и бухарскими чиновниками, уговаривая жителей не бунтовать и не бежать из страны и одновременно с этим убеждая правительство эмира снизить налоговое бремя. Усилия русских были тщетны, и в Вахане вспыхнуло восстание. Понадобилось вмешательство русских войск с близлежащего пограничного поста, чтобы освободить сборщиков налогов и прекратить беспорядки. Русские арестовали главарей и передали их бухарским властям. Генерал-губернатор Н.А. Иванов направил дипломатического чиновника А. Половцева изучить все обстоятельства и объяснить населению, что Россия ждет от них подчинения их собственной власти и не потерпит иного. Сам Иванов тем временем отошел от политики своего предшественника и призвал к немедленной аннексии Шугнан-Рушана.

Ничуть не смутившись, жители Западного Памира продолжали бомбардировать политическое агентство и начальника Памирского отряда своими жалобами на бухарские власти. 15 июня 1904 года секретарь политического агентства барон А.А. Черкасов был отправлен в поездку по региону с целью сбора реальных фактов. Он собрал обширную информацию о нищете, царившей на этой территории, и деспотизме бухарских чиновников, а также о том, что в значительной степени причиной волнений стали религиозные преследования. Черкасов пришел к выводу, что единственным решением проблем Шугнан-Рушана является его передача под управление Россией.