Перед лицом продолжающихся волнений, подозрений относительно интриг Британии и возможной массовой эмиграции из Бахана через Гиндукуш, Россия наконец решила взять Западный Памир под свой контроль. Преемник Иванова генерал Н.Н. Тевяшёв одобрил этот курс, а Абдул-Ахад подтвердил свое согласие. На специальном совещании, состоявшемся в 1905 году в Ташкенте, на котором присутствовал Черкасов и начальник Памирского отряда, было принято решение де-факто взять на себя контроль над регионом, формально сохранив над ним суверенитет Бухары, чтобы не восстанавливать против себя Британию. Начальник Памирского отряда должен был управлять Шугнаном, Рушаном и Ваханом через чиновника, назначенного эмиром, или его наместника в Центральной и Восточной Бухаре, находившегося в Хороге, где располагалась штаб-квартира русских войск. Все налоги были отменены, кроме одного, который оставили как знак бухарского суверенитета.
Таким образом, плохое администрирование и недовольство населения в конце концов вылились в переход части бухарской территории под контроль России. Правда и то, что этот регион никогда не был составной частью ханства, и эмир расстался с ним абсолютно добровольно, поскольку регион не приносил ему никакой прибыли. Тем не менее факт принятия Россией бремени управления частью территории эмира в целях сохранения политической стабильности в стратегически важной зоне стал признанием того, что политика невмешательства больше не дает желаемых результатов.
Беспорядки в январе 1910 г
В 1910 году Россия была вынуждена вмешаться ради сохранения политической стабильности не в какой-то отдаленной провинции ханства, а в самой его столице. Идя по стопам своего деда Мухаммад-бия, Астанакул, с 1888 года занимавший должность закятчи-калана Абдул-Ахада, в 1906 или 1907 году получил пост кушбеги. Он сразу начал назначать своих единоверцев-шиитов на многие важные посты в администрации и в армии, которые традиционно отдавались суннитам. В 1908 году он пошел дальше, даровав шиитам право открыто праздновать самый важный для них праздник в память мученической смерти Хусейна, второго сына двоюродного брата и зятя Мухаммада Али, которого шииты считают законным преемником пророка. (Имеется в виду праздник Ашура. –
На следующий день, 10 января, толпа суннитов ворвалась в шиитский квартал, но встретила вооруженное сопротивление. Пошли слухи о нападениях шиитов на мечети и медресе. К вечеру на город опустилась тревожная тишина. Небольшой отряд русских, который обычно стоял в Новой Бухаре, занял позиции у железной дороги и Каршинских ворот. Они получили приказ не предпринимать в отношении толпы никаких наступательных действий, если только их не попросит об этом бухарское правительство. Кушбеги с самого начала придерживался той точки зрения, что беспорядки – это чисто внутреннее дело Бухары. Политический агент Лютш согласился с этим, но по приказу Министерства иностранных дел отправил некоего Шульца в Кермине к Абдул-Ахаду, чтобы потребовать от бухарского правительства принять меры для восстановления порядка. Вместе с тем Лютш настаивал, что русские войска не должны вмешиваться.
За исключением нескольких спорадических столкновений между суннитами и шиитами 11 января прошло относительно спокойно, поскольку обе стороны занимались тем, что собирали оружие и пытались организовать свои силы. В Новую Бухару прибыли русские подкрепления из Каттакургана, но бухарское правительство по-прежнему бездействовало. Наутро 12-го прибыл генерал-майор Лилиенталь, чтобы принять командование русскими войсками и потребовать, чтобы кушбеги предпринял шаги для умиротворения населения. Около 11 утра начались крупные беспорядки. Лилиенталь повторил Астанакулу свои требования и предложил ему помощь русских войск, стоявших в Новой Бухаре. К вечеру беспорядки утихли, но Лилиенталь предупредил Астанакула и Лютша, что, если на следующий день они возобновятся, он оккупирует город. Получив известия, что из окрестных деревень в столицу направляются несколько тысяч суннитов и шиитов, готовых поддержать своих единоверцев, кушбеги не выдержал и, видимо, по собственной инициативе письменно попросил Лютша отдать приказ русским войскам оккупировать город утром 13-го.