Совершенно иной была тональность второго совещания, проходившего в Ташкенте 10–11 августа того же года под председательством нового генерал-губернатора А.В. Самсонова. Позиция Самсонова состояла в том, что на Бухару не следует оказывать давление в отношении проведения реформ и что Ташкент должен просто ждать, пока Петербург примет решение об аннексии ханства. На совещании он откровенно заявил: «Наша главная цель – поглощение Бухары». Губернатор Самаркандской области генерал Галкин разделял взгляды Самсонова, но Лютш и В.Ф. Минорский, дипломат и специалист по Персии и Центральной Азии, представляли точку зрения Министерства иностранных дел, что немедленная аннексия была бы преждевременной. Губаревич-Радобыльский, который тоже присутствовал на совещании, согласился с ними. Самсонов настаивал на одном изменении в Бухаре в период, предшествующий аннексии, а именно на ликвидации армии эмира и использовании сэкономленных денег на содержание дополнительных русских войск и проведение общественных работ в ханстве. Минорский выступал за альтернативное предложение, основанное на идеях Грулева и Логофета, предлагавших реорганизовать бухарскую армию, превратив ее во вспомогательные войска под командованием русских офицеров и разместив эти войска небольшими группами по территории всего ханства, чтобы России проще было контролировать ситуацию. Самсонов отверг этот план, как слишком опасный в случае войны с Афганистаном, и совещание официально высказалось за ликвидацию бухарской армии. Галкин выступил за колонизацию русскими Центральной Бухары, но Самсонов отложил обсуждение этого вопроса, сославшись, что, пока ханство сохраняет автономию, это вызвало бы слишком много сложностей. Передавая протоколы совещания военному министру и министру иностранных дел, генерал-губернатор настаивал, что наилучшим решением проблем протекторатов была бы аннексия и Бухары, и Хивы.
28 января 1910 года, сразу же вслед за русским вторжением для восстановления порядка в Бухаре, Совет министров в Петербурге занялся вопросами, обсуждавшимися в Ташкенте. Приглашенный по такому случаю генерал-губернатор Самсонов представил доклад, вывод которого сводился к тому, что существенное улучшение политической и экономической ситуации в Бухаре невозможно без аннексии. Председатель Совета министров П.А. Столыпин согласился, что в долговременной перспективе аннексия неизбежна, но возразил, что в обозримом будущем она преждевременна. Аннексия повлекла бы за собой большие и ненужные расходы, в то время когда «все нервы империи напряжены для решения задач внутреннего развития». Таким образом, в 1910 году русский премьер предвидел, что в конце концов Бухара будет аннексирована. В основе его поведения, несомненно, лежала неспособность политики невмешательства обеспечить желаемую политическую стабильность и усиливающиеся нападки ее русских критиков. Вместе с тем в отсутствие насущной необходимости немедленных действий Совет министров не пошел дальше одобрения плана Министерства иностранных дел, предлагавшего надавить на эмира для проведения при содействии России реформ бюджета, армии и системы налогообложения.