В течение двух с половиной недель после отправки проекта манифеста в Петроград для одобрения Временным правительством Миллер с волнением ожидал от Министерства иностранных дел разрешения на то, чтобы Алим обнародовал объявление реформ. С каждым днем ситуация в столице Бухары становилась все более напряженной, поскольку муллы, узнав о грядущих переменах, начали выражать беспокойство о сохранении веры и установленного порядка. Их опасения усилились, когда Алим по наущению Миллера сменил Бурхан ад-Дина, крайне консервативного кази-калана и исхан-раиса, на людей более приемлемых для джадидов и в большей степени симпатизирующих делу реформирования страны. Убеждая Петроград в необходимости действовать быстро, чтобы избежать проблем в Бухаре, Миллер тем временем старался через правительство эмира успокоить духовенство и лично пытался держать в узде джадидов.
Созданное меньше месяца назад Временное правительство было занято более насущными делами, чем вопрос о реформах в Бухаре. Речь шла о таких общедемократических реформах, как отмена всех законодательных запретов, основанных на вероисповедании или национальности; о первых проявлениях крестьянских волнений середины марта; об острой проблеме снабжения городов и армии продовольствием; о проблеме поддержания дисциплины в армии и продолжении войны, чьи захватнические цели были отвергнуты Петроградским Советом и народными массами. Тем не менее к концу марта Временное правительство нашло время рассмотреть бухарский вопрос и отправить Миллеру предложение о включении в манифест своего рода представительного законодательного органа – меджлиса. Используя в качестве аргумента против введения представительного правления отсталость Бухары, резидент предсказывал, что «большинство в меджлисе будут составлять фанатичные реакционеры», и предупредил, что «создание меджлиса и предоставление самоуправления местным группам, которые по большей части, я повторюсь, являются противниками реформ, приведет к анархии, свержению эмира как отступника и к возникновению антирусского движения на панисламистской основе».
Пока проект манифеста Миллера все еще находился на стадии рассмотрения, бывший генерал-губернатор Куропаткин дал свой совет по бухарскому вопросу. Куропаткин, которого Миллер держал в курсе происходящего в ханстве, одобрил проект резидента, но посоветовал Милюкову, что для России было бы лучше избежать необходимости аннексии Бухары и оставить ее «автономным регионом, подчиняющимся России и управляемым эмиром», предоставив резиденту официальное право надзора за бухарским правительством. Вкратце, Куропаткин предлагал применить в Бухаре «систему, которую я разработал для военного комиссариата в Хиве, внеся в нее необходимые изменения». Миллер был так же категорически против предложения Куропаткина, как и против предложения Петрограда об учреждении меджлиса. С учетом присутствия в Бухаре «организованной либеральной группы», хотя и небольшой, но громогласной, влияние которой непрерывно росло, Миллер чувствовал, что для России было бы ошибкой напрямую присвоить себе проведение реформ. Подобный курс восстановил бы против России и сторонников, и противников перемен в ханстве. Куда более разумным было поработать с чиновниками эмира и попытаться примирить и либералов, и консерваторов с реформами, проводимым их собственным правительством.