Катализатором ареста стал первый в истории Советской России процесс над инженерами-вредителями, получивший название «Шахтинское дело». Тогда власть впервые применила печально известную 58-ю статью УК РСФСР, вступившую в силу годом раньше – 25 февраля 1927 г. В практику судопроизводства были введены такие понятия как «вредитель» и «враг народа». По приговору суда несколько «злостных вредителей» по «Шахтинскому делу» были приговорены к высшей мере, а остальных направили на стройки социализма. В это время наиболее квалифицированных из числа осужденных решено было использовать по специальности для работы в закрытых учреждениях и под охраной ОГПУ Опыта использования рабского умственного труда в стране и в мире ещё не существовало. Следовательно, целесообразность организации подобных заведений только предстояло оценить. Д. П. Григорович становится главным конструктором ЦКБ-39 ОГПУ, его заместителем – Η. Н. Поликарпов, оказавшийся в ГУЛАГе годом позже.
Вскоре после Д. П. Григоровича в ноябре были день за днём арестованы ещё пять человек. В Ленинграде задержали бывших конструкторов ОМОС: А. Н. Седельникова, с которым Григорович ещё в царской России на заводе «Гамаюн» создавал первые летающие лодки, В. Л. Корвин-Кербера, бывшего морского летчика, воевавшего на самолетах Григоровича, а с 1922 года вошедшего в его конструкторскую группу в Москве на заводе «Дуке». Затем был арестован летчик-испытатель ОМОС – А. Д. Мельницкий, а в Москве был взят под стражу моторист завода «Дуке» Д. В. Днепров, который пострадал только за то, что приходился братом жене Д. П. Григоровича. На удивление в этой компании оказался помощник командующего ВВС Забайкальского ВО Μ. Н. Шалимо. Правда, спустя несколько недель дело в отношении Μ. Н. Шалимо было прекращено, но уже октябре 1938 г. он будет расстрелян как руководитель антисоветской организации, агент японской разведки и организатор диверсии.
В том же году будет расстрелян начальник ЭКУ ОГПУ СССР Миронов Л. Г., деятельность которого была направлена на создание тюрем-шарашек в большинстве крупных промышленных центров России. Его чрезмерное рвение в работе привело к тому, что в правительство стало поступать много жалоб от ученых и специалистов на необоснованность их ареста и помещения в тюрьмы-шарашки. Возможно, что в работе начальника ЭКУ Миронова Л. Г. по созданию таких тюрем были определенные перегибы. Аналогичная судьба постигла его фанатичного первого заместителя Бенковича А. Г. Это ему удалось организовать центральное конструкторское бюро в Бутырской тюрьме, где он оборудовал несколько камер чертежными досками и другими необходимыми чертежными принадлежностями, создав около 200 рабочих мест для конструкторов. Чтобы заполнить «вакансии» создаваемой шарашки (ОКБ № 39), было арестовано более 200 ученых, полтора десятка академиков и членов-корреспондентов Академии наук, более двух десятков докторов наук и профессоров, а также значительное количество рабочих с авиастроительных заводов.
Теперь мы видим, что в «светлые» головы руководителей Экономического Управления ГПУ пришла прекрасная мысль: почему бы, вместо того чтобы отправлять арестованных «за вредительство» специалистов в лагеря на повал леса, не заставить их строить самолеты и двигатели в тюремных условиях под стражей органов государственной безопасности? «…Только условия работы в военизированной обстановке способны обеспечить секретность и эффективную деятельность специалистов в противовес разлагающей обстановке гражданских учреждений», – писал позднее в письме Молотову заместитель председателя ОГПУ Ягода.
Первое в истории авиации тюремное конструкторское бюро было организовано в декабре 1929 г. Оно находилось в Бутырской тюрьме, где пара комнат для работы заключённых были оборудованы чертежными досками и чертежными принадлежностями. Новой организации присвоили громкий титул – Особое конструкторское бюро (ОКБ). Вскоре заключенных посетил заместитель начальника ВВС РККА Алкснис Я. И., который выдал им задание: к марту 1930 г. спроектировать истребитель с двигателем воздушного охлаждения, не уступающий по характеристикам лучшим зарубежным образцам. Главным конструктором назначили Григоровича, его заместителем – недавно арестованного Поликарпова.