В Думе Набоков – знаменитость, невольно фокусирующая на себе внимание. По прошествии десяти лет перводумец Н.А. Огородников, описывая открытие народного представительства, вспоминал: «Останавливает на себе внимание интересная, безукоризненно изящная фигура петербургского депутата В.Д. Набокова, европейца-парламентария до кончиков ногтей. Странное впечатление должен был бы производить этот талантливый молодой ученый и выдающийся общественный деятель в мундире камер-юнкера, который только в 1904 году за участие в освободительном движении был им утрачен».
В.Д. Набоков активно включился в думскую жизнь. Одним из первых подписал законопроекты «О замене ст. 55–57 Учреждения Государственной думы» (об изменении порядка внесения законопроектов депутатами), «О печати»; его подпись стояла первой под законопроектом «О неприкосновенности членов Государственной думы». И наконец, он был одним из штатных ораторов фракции: 2 июня 1906 года выступал о погроме в Белостоке, 8 июня – о погроме в Вологде, 19 июня – о необходимости отмены смертной казни. Если учесть, что именно Набоков выступил с ответным словом после речи министра юстиции И.Г. Щегловитова, то единогласную поддержку Думой законопроекта об отмене смертной казни можно считать его личным успехом. Год спустя в сборнике, посвященном кратковременному существованию первого народного представительства, Набоков опубликует статью об этой инициативе депутатов: «19 июня I Государственная дума единогласно вотировала отмену смертной казни. 9 июля она была распущена. 20 августа были учреждены военно-полевые суды. До середины декабря по их приговорам было казнено более пятисот пятидесяти лиц, в том числе и множество несовершеннолетних. Так ответило правительство первым народным представителям».
На счету В.Д. Набокова множество и менее значимых выступлений: реплик, дополнений, комментариев; всего двадцать восемь раз выходил он на трибуну I Государственной думы. Но самая известная его речь произнесена 13 мая 1906 года: сразу после зачтения декларации правительства, после того как председатель Совета министров И.Л. Горемыкин отверг мысль о компромиссе с депутатами по ключевым вопросам, которые были обозначены в думском адресе, направленном царю. «Мы усматриваем в этом вызов, и мы этот вызов принимаем, – заявил оратор. – Мы думаем, что вся страна с нами, когда мы говорим, что та политика половинчатых уступок и недоговоренных слов, которых мы были до сих пор свидетелями, что она составляет разложение начал государственности, и она подточила уже народные силы». Набоков усомнился в возможности совместной работы с правительством, если Совет министров просто не желает слышать «голос народа», заявленный депутатами. И произнес под конец хрестоматийные слова: «Мы полагаем, что выход из этого положения может быть только один: раз нас призывают к борьбе, раз нам говорят, что правительство является не исполнителем требований народного представительства, а их критиком и отрицателем, то, с точки зрения принципа народного представительства, мы можем только сказать одно: исполнительная власть да покорится власти законодательной». И, как много лет спустя вспоминала А.В. Тыркова, «бросив этот вызов, Набоков под гром аплодисментов, несмотря на некоторую раннюю грузность, сбежал по ступенькам думской трибуны, украдкой посылая очаровательные улыбки наверх, на галерею, где среди публики бывало немало хорошеньких женщин».
В.Д. Набоков – один из популярнейших членов фракции кадетов. На заседании санкт-петербургской группы партии кадетов именно за него было подано больше всего голосов как за кандидата в депутаты Государственной думы. И не случайно 28 июня 1906 года, во время беседы депутата-октябриста П.А. Гейдена с П.Н. Милюковым относительно возможного формирования кадетского правительства, Милюков назвал лишь две кандидатуры на пост министра юстиции из членов Государственной думы: И.И. Петрункевича и В.Д. Набокова. Впоследствии П.Н. Милюков вспоминал: на переговорах, которые он вел в это время с представителями власти, выяснилось, что двор скорее согласится с аграрной программой Партии народной свободы, нежели пойдет на назначение В.Д. Набокова министром юстиции. Впрочем, один из «переговорщиков» со стороны властей, дворцовый комендант Д.Ф. Трепов, соглашался на эту кандидатуру.