Все эти переговоры шли, когда прежний оптимизм и воодушевление сменились уже усталостью и апатией. Два года спустя Владимир Дмитриевич писал: «Да, то было тяжелое, мучительное время. Припоминаю, как нередко в ранние утренние часы после продолжительного вечернего заседания фракции, дневного бурного и напряженного думского заседания и утренней кропотливой работы в комиссии я выходил из дворца (Таврического. – К.С.), чтобы через несколько часов в него возвратиться. Май и июнь в тот год были исключительно прекрасны, и в ранние утренние часы садик перед дворцом сладко и приятно благоухал. Проезжая по светлым, пустым и сонным улицам, по набережной царственной Невы, особенно грандиозной в это время, я, помню, постоянно терзался одной мыслью: все наши труды напрасны, вся эта уйма усилий и работы пропадет даром, враждебные силы только притаились, ждут благоприятного момента, и когда они его выберут, нам нечего будет противопоставить им, кроме сознания своей правоты и исполненного долга».
9 июля 1906 года… На дверях Таврического дворца – замок. Столь будничный роспуск Думы не предполагал трагических интонаций из времен Французской революции. «Думая предотвратить грозу, они разбили барометр» – так в письме к брату Константину В.Д. Набоков охарактеризовал действия правительства в связи с роспуском Думы. Следовало решить, куда направить стихию, грозившую стать неуправляемой. Депутаты кадетской фракции собрались на квартире И.И. Петрункевича. Среди участников совещания – Набоков. Именно на этом собрании и была разработана концепция будущего Выборгского воззвания. Примечательно, что бывший камер-юнкер после роспуска Думы выступал с крайне радикальных позиций. Так, на заседании ЦК 5 сентября 1906 года он настаивал на последовательном осуществлении мер, предложенных в Выборгском воззвании; призывал не бояться репрессий, так как ореол мученичества лишь придаст силу партии; отрицал возможность диалога с правительством. 7 сентября В.Д. Набоков поставил перед партией задачу: возглавить национальное движение и для этого энергично действовать, а не ограничиваться лозунгами.
За подписание Выборгского воззвания суд приговорил В.Д. Набокова к трехмесячному заключению. 14 мая 1908 года за ним захлопнулись ворота «Крестов». На противоположном берегу Невы остались семья, родной дом, Таврический дворец. Купол дворца можно было увидеть из камеры, если встать на табурет. «Теперь там „торжество победителей“, а здесь, на правом берегу Невы, уготовано место для побежденных, – рассуждал заключенный, – и все же я, по совести говоря, не поменялся бы с этими „победителями“ ролями». В.В. Набоков так описывал эти дни: «Спустя года полтора после Выборгского воззвания (1906) отец провел три месяца в Крестах, в удобной камере, со своими книгами, мюллеровской гимнастикой и складной резиновой ванной, изучая итальянский язык и поддерживая с моей матерью беззаконную корреспонденцию (на узких свиточках туалетной бумаги), которую переносил преданный друг семьи А.И. Каминка».
За время заточения В.Д. Набоков разработал ряд рекомендаций для будущих сидельцев «одиночек». Во-первых, в отведенном пространстве следует «создать уют». Оказавшись в камере, он прежде всего аккуратно разложил вещи, расставил книги, письменные принадлежности, накрыл салфетками и полотенцами стол, табурет, отхожее место. Во-вторых, нельзя находиться в праздности. Поэтому он немедленно приступил к составлению расписания своих работ, которому жестко следовал: в 5 утра вставал, умывался, одевался, читал прежде мало знакомую ему Библию. В 6 часов в тюрьме раздавался звонок, и начиналась «процедура парашечников». Около 6:30 – разнос кипятка. С 7 до 9 часов Набоков занимался итальянской грамматикой. В 9:00 – завтрак (обычно молоко и хлеб). С 9 до 12 – чтение литературы по уголовному праву. При этом с 7 до го утра в разное время (в зависимости от смены) имела место непродолжительная прогулка. С 12:00 можно было уже ждать обеда. В 13:30 Набоков садился писать. А в 16:00 наступало время мюллеровской гимнастики, обливаний в резиновой ванне. После этого заключенный приступал к серьезному чтению по истории или философии. В 18:00 – ужин, а потом до 21:00 – опять чтение, но уже легкое, преимущественно по-итальянски. В 21:00 Владимир Дмитриевич прибирал постель, отмечал на стене прошедший день и в 21:30 шел спать. И так три месяца…