Петербургская судебная палата приговорила подписавших Воззвание к трехмесячному одиночному тюремному заключению с последующим лишением права быть избранным не только в Думу, но и в органы местного самоуправления. Еще до суда, 29 января 1907 года, московское дворянство исключило Кокошкина и других московских депутатов-дворян из своего состава. С 13 мая по п августа 1908 года Кокошкин вместе с другими депутатами-москвичами отбывал наказание в одиночной камере Таганской губернской тюрьмы.
Лишившись права занимать выборные должности, Кокошкин решил вплотную заняться публицистикой, вернулся к преподавательской работе. С декабря 1906 по апрель 1907 года он был фактическим редактором московской кадетской газеты «Новь», но в связи с ухудшением здоровья был вынужден оставить этот пост и уехать на несколько месяцев на лечение за границу. С сентября 1907 года он приступил к чтению курса лекций по истории русского государственного права в ряде московских учебных заведений – университете, Коммерческом институте, Народном университете им. А.Л. Шанявского, на Высших женских юридических курсах. С конца 1907 года он становится постоянным сотрудником газеты «Русские ведомости», регулярно публикуя в ней статьи по самому широкому кругу проблем – о парламентаризме, национальном вопросе, о положении старообрядцев. Одновременно он печатал статьи, фельетоны, юмористические заметки в газетах «Дума», «Путь», «Право», «Речь», в журналах «Новый путь», «Русская мысль», «Финляндия», «Юридический вестник», «Юридическая библиография». Многие его статьи публиковались во французской газете «Le Radical» и в швейцарской «Le Genevois».
Еще в период Балканских войн Ф.Ф. Кокошкин выработал последовательную патриотическую позицию, сочетавшую либеральный подход с защитой национальных интересов. В конце 1912 года на одном из кадетских совещаний он заявил: «Балканский вопрос жизненно важен… Проливы – жизненный вопрос для России. Распределение сил на Балканском полуострове также далеко не безразлично. Наши симпатии должны быть, конечно, на стороне славян. Нельзя забывать об обязанности нашей культуры…»
В годы Первой мировой войны национальные проблемы в полиэтнической стране приобрели особую остроту. «Идущие в бой инородцы, – подчеркивал Кокошкин, – должны знать, что они идут на защиту общего отечества, которое для них не чужой, а свой дом, в котором есть место для свободной жизни и развития их народности».
13 сентября 1914 года на заседании ЦК Кокошкину было дано поручение подготовить доклад о будущем государственном устройстве Польши. В течение нескольких месяцев он напряженно работал над «Проектом закона об устройстве Царства Польского», который в ЦК по праву называли «Проектом Ф.Ф.К.». По мысли Кокошкина, Польша должна и впредь оставаться «нераздельной частью государства Российского» и подчиняться действию общегосударственных законов и установлений. В своих этнографических границах Польша выделялась в особую автономную единицу с законодательным однопалатным сеймом, избранным на основе всеобщего избирательного права. Во главе управления Польши предусматривался наместник, назначаемый и увольняемый царем. В компетенцию наместника включалось назначение и увольнение министров, а за монархом оставалось право роспуска сейма и утверждения всех принимаемых им законов. Проект предусматривал отмену вероисповедных ограничений, вводил употребление «местных языков» как в делопроизводстве, так и в преподавании. После обсуждения проекта на заседаниях ЦК (апрель – май 1915 года) его было решено передать в думскую кадетскую фракцию. Фактически «Проект Ф.Ф.К.» стал для кадетов своего рода моделью для разработки других национальных вопросов, в частности финляндского и литовского.
3 января 1916 года Кокошкин выступил с программным докладом «Об общем политическом положении» на съезде кадетских комитетов подмосковных губерний. Он остановился на анализе перспектив революции в России. Считая, что революция во время войны грозит России военным поражением, он признал, что «нельзя отрицать возможность революции после войны, хотя еще нельзя считать доказанной ее неизбежность». Кокошкин предрекал, что если все же произойдет революционное разрушение старого строя, то в стране неизбежно установится «военная диктатура или реакция», поскольку «общество еще не сговорилось и не готово к созданию нового строя». Кокошкин настаивал, что в создавшейся ситуации «самая важная и настоятельная внутриполитическая задача» состоит не в подготовке революции, а в «организации и объединении всех общественных сил страны». В ходе реализации этой стратегической задачи «мы одновременно и поможем обороне, и подготовим различное участие общества во власти». В этих рассуждениях Кокошкина выражена квинтэссенция умеренно либеральной политики в условиях нарастания политического кризиса в России.