В либеральных кругах авторитет Кокошкина был настолько велик, что его единодушно избрали в состав Организационного бюро земских съездов, руководившего работой земско-городских съездов 1905 года. По поручению Оргбюро на апрельском земском съезде 1905 года Кокошкин выступил с программным докладом «Об основаниях желательной организации народного представительства в России», который летом был напечатан в газете «Русские ведомости», а в 1906 году издан отдельной брошюрой. Исходная мысль доклада – «нормальная политическая жизнь государства должна быть основана не на борьбе классов, а на борьбе политических партий». В нем доказывалась необходимость создания в России двухпалатного народного представительства с законодательными функциями, введения всеобщего избирательного права, отмены имущественного или податного ценза («нужно привлечь весь народ к государственной жизни, войти на общий суд, чтобы узнать, что будет осуждено и что оправдано»).
Одновременно Кокошкин предложил на рассмотрение делегатов съезда конкретную программу практических действий: i) преобразование земских и городских учреждений на демократических началах;
На сентябрьском земско-городском съезде 1905 года Кокошкин по поручению Оргбюро выступил с основным докладом «О правах национальностей и децентрализации». Он был твердым сторонником того, что общественная демократизация должна предшествовать государственной децентрализации. Именно поэтому он до поры отстаивал принцип унитарного устройства Российского государства, решительно высказываясь против леворадикальных требований скорейшего политического самоопределения наций и федерализации, что, по его мнению, открывало прямой путь к распаду государства и анархии. Вопросы о пределах и формах автономии и в особенности о границах автономных областей следовало разрешать лишь после «установления прав гражданской свободы и правильного народного представительства с конституционными правами для всей империи». Преждевременная постановка вопроса о предоставлении автономии отдельным областям грозила, как предостерегал Кокошкин, «серьезной опасностью самому делу политической и гражданской свободы в нашем обществе». Но и после политического освобождения страны автономия должна вводиться постепенно, по мере «выяснения потребностей в ней местного населения и естественных границ автономных областей», путем издания особых имперских указов. Общегосударственный закон должен был определить как пределы автономии, так и разграничительные функции между общеимперским и местным законодательным собраниями, причем принятые местными представительными органами законы получали юридическую силу только в случае утверждения их центральной властью. По существу, речь шла о распространении на автономную область прав местного самоуправления (автономия – «высшая ступень развития местного самоуправления»). Исключение из общего правила, с точки зрения Кокошкина, представляла только Польша; предполагалось, что она будет выделена «в особую автономную единицу с сеймом, избираемым на основании всеобщего, прямого, равного и тайного голосования, при условии сохранения государственного единства империи». Основные положения доклада стали основой разрабатываемой в то время программы Конституционно-демократической партии. Кокошкина можно считать автором национального раздела программы.
Кокошкин являлся одним из основателей и лидеров партии кадетов, бессменным членом ее ЦК, а также членом Московского городского и губернского комитетов. На протяжении двенадцати лет существования партии он участвовал в разработке основополагающих партийных документов, законодательных проектов и предложений, избирательных платформ. ЦК поручал Кокошкину подготовку наиболее важных и ответственных докладов и выступлений на партийных форумах, особенно в тех случаях, когда предстояло корректировать ее программу и круто менять тактический курс.