В целом Министерство финансов не проявило заметной активности в делах сельского хозяйства. Между тем правительство убеждалось, что его развитие во многом идет вразрез с расчетами авторов «Положений» 19 февраля 1861 года. Болезненный для крестьянства ход реализации реформы и неурожаи 1867 и 1871–1873 годов заставили задуматься о будущем деревни. М. Х. Рейтерн пришел к выводу о необходимости следующего этапа аграрных преобразований. На первое место он ставил облегчение перехода крестьян от общинного землевладения к частному, отмену круговой поруки и пересмотр паспортного устава. Однако эти замыслы не вышли за рамки простых пожеланий.
Существенные изменения претерпело при Рейтерне косвенное обложение. С 1 января 1863 года торговля спиртными напитками стала предметом вольного промысла. Новый способ взимания питейного налога (акциз с винокуров и патентный сбор с оптовых и розничных продавцов) способствовал систематическому приращению государственных доходов. Уничтожив крупнейший очаг злоупотреблений и одну из самых живучих сословных привилегий, реформа окончательно установила государственную монополию в налогообложении. Ликвидация откупов высвободила львиную долю частных капиталовложений и переориентировала их в наиболее продуктивные отрасли народного хозяйства: банки, железные дороги, внешнюю торговлю, нефтяные промыслы и др. Указ от 14 мая 1862 года объявил о прекращении казенной добычи и продажи соли. Государственные соляные источники передавались в частные руки, торговля солью становилась свободной, соляной доход облагался акцизом. Но очень скоро обнаружилась непомерная тяжесть этого налога для населения, и в 1880 году он был отменен. В первые пореформенные десятилетия произошло значительное повышение акцизов на сахар и табак.
М. Х. Рейтерн первым из руководителей финансового ведомства стал советоваться с предпринимателями, приглашая их для обсуждения различных законопроектов. Коммерсантов привлекали в нем деловитость, доступность, внимательность, верность данному слову. Как вспоминал известный предприниматель В. А. Кокорев, «Рейтерн всякому полезному делу, нуждающемуся в поддержке, помогал денежными ссудами, дабы не уронить движения народной промышленности». По инициативе Михаила Христофоровича были проведены всероссийские промышленные выставки в Москве (1865) и Петербурге (1870), учреждены тринадцать новых бирж, при Министерстве финансов создан Совет торговли и мануфактур (1872).
Вместе с тем торгово-промышленное законодательство 1863–1865 годов носило компромиссный характер. С одной стороны, декларировались свобода частного предпринимательства и ликвидация всех сословных стеснений; приобретение купеческого «звания» становилось доступным для каждого лица, обладающего достаточным капиталом; иностранцы уравнивались в правах с российскими подданными; отменялись свидетельства, выдававшиеся ранее крепостным крестьянам для занятия торговлей и промыслами. С другой стороны, сохранялись средневековые гильдейская и цеховая организации предпринимателей; провозглашенный принцип бессословности не был последовательно зафиксирован в законах; открытие фабрик и заводов, оптовая и розничная торговля остались преимущественным правом гильдейского купечества; почти не претерпела изменений патентная система налогообложения. Взимание налога за право торгово-промышленной деятельности по-прежнему базировалось на внешних признаках, без учета размера оборота и доходности предприятия. Лишь с целью оживления экономической жизни был снижен общий уровень обложения, а большинство сельских промыслов вообще освобождено от налога.
Промышленному развитию в особой степени должна была способствовать либерализация таможенной политики. Проведение в жизнь принципа свободы торговли фритредеры считали одним из основных условий экономического прогресса России. Для снижения таможенных пошлин в первые пореформенные десятилетия существовала объективная причина: отечественная промышленность остро нуждалась в притоке сравнительно дешевых иностранных товаров (машин и оборудования для фабрик, заводов, железных дорог). Еще в 1850 году, взамен запретительной таможенной системы, была введена не столь жесткая охранительная. Тарифы 1857 и 1868 годов еще более снизили таможенные пошлины.
В эпоху Великих реформ широкое распространение получило мнение о том, что система казенного хозяйства давно отжила свой век. Правительство продало частным владельцам принадлежащие государству угольные шахты и предприятия в Царстве Польском, золотые прииски Урала и Сибири и ряд других промышленных объектов. В 1866 году было принято решение об отчуждении ряда нерентабельных казенных горных заводов. Но в итоге из обширного перечня назначенных к продаже предприятий в частные руки перешло лишь незначительное их количество. Государственный совет рассудил: нельзя отказываться даже от убыточных заводов, обеспечивающих нужды армии и флота, поскольку казне важно сохранять независимость в производстве вооружения от собственной частной промышленности и от поставок из других стран.