Ставка на частный капитал рассматривалась Рейтерном и его окружением как важнейшее условие модернизации. Но при этом они стремились использовать развитие предпринимательства прежде всего в интересах государства. Их программа основывалась на принципе «смешанной» экономики и предусматривала партнерство государства и частного капитала в развитии народного хозяйства. Казна должна была инициировать участие предпринимателей в той или иной приоритетной отрасли и вкладывать часть необходимых средств. В своей политике министерство стремилось решить две взаимосвязанные задачи: упорядочить расстроенные финансы и обеспечить экономический подъем с помощью поддержки частной инициативы.
В борьбе с экономическими трудностями Рейтерн имел опору в лице государственного контролера В. А. Татаринова и председателя Департамента государственной экономии Госсовета К. В. Чевкина. Но решающее значение имело покровительство самого Александра II. Император не раз защищал Михаила Христофоровича от критики со стороны руководителей других ведомств. Все записки и проекты по экономическим вопросам, поступавшие на Высочайшее имя, обязательно передавались на заключение министра финансов. С симпатией относился к нему и цесаревич Александр Александрович (будущий Александр III).
С целью преодолеть хронический бюджетный дефицит министр финансов попытался ввести режим строгой экономии государственных средств. По его настоянию правительство ужесточило порядок выдачи сверхсметных ассигнований, которые наносили казне значительный ущерб. Указом от 6 октября 1866 года всем министрам предписывалось испрашивать дополнительные кредиты в особых случаях и только в форме всеподданнейшего доклада. Однако, несмотря на требования закона, сумма сверхсметных ассигнований в пореформенные десятилетия продолжала возрастать. Требования Рейтерна сократить расходы на армию и флот заставили Военное министерство умерить требования о новых кредитах, и тем не менее его расходы в 1865–1875 годах составляли почти треть государственного бюджета.
В бюджетно-сметном деле стараниями министра финансов и государственного контролера Татаринова был осуществлен настоящий переворот. В декабре 1861 года Комитет финансов принял решение о публикации со следующего года государственной росписи доходов и расходов. Это подняло престиж российских финансов за границей и укрепило кредит страны на мировом рынке. С 1866-го в газетах стали печататься также отчеты государственного контролера. 22 мая 1862 года Александр II утвердил новые «Правила», которые устанавливали принципы бюджетного и кассового единства. В стране вводилась общая система бюджетного учета и отчетности. Отныне каждое министерство должно было представлять подробные сметы с указанием отдельных статей и после их утверждения строго соблюдать данную номенклатуру расходов. Ведомственные кассы упразднялись, а особые капиталы и доходы передавались Министерству финансов. Все финансовые средства государства сосредоточивались в кассах Казначейства. Государственный контроль превращался в единый ревизионный орган с правом документальной проверки всех государственных учреждений. Реформа способствовала стабилизации российских финансов и частичному смягчению произвола и расточительности в расходовании казенных сумм.
Забота о бюджетной экономии сопровождалась мерами по увеличению государственных доходов. Рейтерн не пошел на отмену подушной подати, так как опасался в трудной экономической ситуации лишиться традиционного источника налоговых поступлений. Более того, для пополнения казны Министерство финансов в 1860-х годах неоднократно повышало этот налог; подушная подать продолжала тяготеть над крестьянством вплоть до середины 1880-х. Министр предпочел даровать льготы отдельным категориям налогоплательщиков, не затрагивая основ старой податной системы. В этой области сделано немногое: подушная подать с мещан заменена налогом на городскую недвижимость (1863), государственный земский сбор – поземельным налогом (1875), изданы правила о земских повинностях, изъявшие их из ведения местной администрации и передавшие в распоряжение земских учреждений (1864).
С большими трудностями финансовое ведомство столкнулось при осуществлении выкупной операции. В первые же годы после отмены крепостного права обнаружилось несоответствие между выкупными платежами и материальными возможностями крестьянства, о чем свидетельствовал постоянный рост недоимок. Министерство старалось смягчать участь крестьян тех или иных местностей, предоставляя длительные рассрочки в платежах, понижая оклады на несколько лет, слагая недоимки и проч. Однако частные меры не решали проблемы. По распоряжению Рейтерна в губерниях начали исследовать соразмерность платежей с доходностью наделов. Общее понижение взимаемых с крестьянства выкупных сумм состоялось только в начале 1880-х годов.