В декабре 1858 года Рейтерн был назначен управляющим делами Комитета железных дорог и принял активное участие в выработке основных принципов железнодорожной политики. Крымская война показала, что без современной промышленно-транспортной базы Российская империя не в состоянии сохранить статус великой державы. (В 1855 году в стране насчитывалось лишь 980 верст дорог, т.е. всего 1,5% мировой железнодорожной сети.) В экономико-географических условиях России это направление народного хозяйства стало ведущим.
В июле 1859 года Михаил Христофорович получил должность члена Совета министра финансов, а в январе 1860-го занял пост управляющего делами Комитета финансов. Многие члены комитета были слабо знакомы со спецификой финансовых вопросов, поэтому мнение его главы нередко играло решающую роль. В финансовом ведомстве при А. М. Княжевиче сгруппировались экономисты. В этот кружок, кроме Рейтерна, вошли его давние знакомые по Русскому географическому обществу: исполняющий обязанности товарища министра внутренних дел Н. А. Милютин, чиновники Министерства финансов Ю. А. Гагемейстер и Министерства государственных имуществ – Е. И. Ламанский, профессор политэкономии Киевского университета Н. X. Бунге.
Эта «пятерка» составила ядро новообразованной Комиссии по реформе банков. Кризис 1857–1859 годов завершился полным крахом старых кредитных учреждений. Комиссия подготовила и направила в Комитет финансов доклад с предложением создать систему частных банков и учредить центральный эмиссионный банк на акционерных началах по европейскому образцу. Однако комитет не пошел на столь радикальное преобразование. Основанный 31 мая 1860 года Государственный банк стал чисто казенным учреждением. Он был лишен функции денежной эмиссии и долгосрочного субсидирования промышленности и торговли; подавляющая часть его средств расходовалась на покрытие дефицитов, погашение займов и другие нужды казны.
Рейтерн и его коллеги стали также членами финансовой комиссии – структурной единицы Редакционных комиссий (1859–1860), образованных для подготовки отмены крепостного права. Им досталась наиболее трудная миссия: разработка операции по выкупу крестьянами своих наделов у помещиков. Хотя на Михаила Христофоровича не возлагалось составление самого проекта, по свидетельству члена комиссий П. П. Семенова, ни одна его статья «не была принимаема без окончательного заявления Рейтерна, что исполнение ее не представит затруднений в будущем для Министерства финансов».
Одновременно Михаил Христофорович трудился в комиссии по пересмотру системы податей и сборов. С отменой крепостного права возникла острая необходимость перехода от чисто фискального к стимулирующему порядку налогообложения. Подушная подать, введенная еще Петром I, уже не могла считаться главным источником поступлений прямых налогов. Объектом взимания податей должна была стать не личность плательщика, а его реальные доходы. В ноябре 1860 года Рейтерн вошел также в состав комиссии по подготовке питейной реформы. Усиление коррупции в торговле спиртными напитками и рост общественного недовольства заставили правительство пойти на упразднение винных откупов. Составленный комиссией проект «Положения о продаже питей» был утвержден 4 июля 1861 года. Новый закон ликвидировал откупа и провозгласил с 1 января 1863 года введение на всей территории страны единой акцизной системы.
Трехлетняя деятельность в различных комитетах и комиссиях позволила Рейтерну ознакомиться как с общими направлениями экономической политики правительства, так и с текущими делами финансового ведомства. В январе 1862 года по рекомендации Константина Николаевича император назначил М. Х. Рейтерна министром финансов. Это событие в верхах встретили благожелательно. Михаил Христофорович отличался удивительной ясностью суждений и даром воздействия на собеседника. Его называли «замечательным здравомыслом». Росту авторитета нового министра финансов весьма способствовали его обстоятельные и аргументированные выступления на заседаниях Государственного совета, Главного комитета по крестьянскому делу и других высших инстанций.
Деятельность финансового ведомства сразу же оживилась. Новый министр придерживался делового и оперативного стиля руководства, был «врагом канцеляризма и многоглаголания» и с безразличием относился к нюансам бумаготворчества. Не выносил пространных докладов и требовал от сотрудников предельной краткости. Властность сочеталась в нем с уважением к мнению подчиненных. По словам одного из чиновников министерства Ф. Г. Тернера, Рейтерн «был очень деликатен: давая служащим у него какое-либо особенное поручение, он перед тем всегда спрашивал их на то согласие».