Несмотря на централизацию и расширение деятельности царских контрразведывательных органов в 1906–1914 гг., японская военно-морская разведка имела адекватное представление о планах Санкт-Петербурга по строительству флота в межвоенный период и сделала правильный вывод об отсутствии перспектив к его восстановлению на Тихом океане и, соответственно, угрозы интересам империи в регионе. С началом Первой мировой войны российско-японские отношения достигли своего апогея, поэтому, благодаря режиму наибольшего благоприятствования, разведорганы ВМФ Японии получили доступ на ранее закрытые для них объекты – судостроительные заводы и военно-морские базы в европейской части и на Дальнем Востоке нашей страны.
Военно-морская разведка Японии не сумела спрогнозировать свержение Николая II в ходе Февральской революции 1917 г. и после прихода к власти большевиков была привлечена к разработке планов отправки императорских войск на советский Дальний Восток, в Забайкалье и Маньчжурию под предлогом защиты японских колонистов, складированного во Владивостоке военного имущества союзников и предотвращения германского проникновения в регион. После прибытия в январе 1918 г. в Приморье тактической группы 5-й эскадры при её штабе был развёрнут разведывательный орган, который в апреле трансформировался в региональный центр с подразделениями в Николаевске-на-Амуре, Хабаровске и Харбине. Кроме ведения агентурной разведки центр занимался установлением связи с антисоветскими группами и одним из первых наладил тайные контакты с правительством П.Я. Дербера и командованием Чехословацкого корпуса.
Хотя с началом интервенции в августе 1918 г. перед японской военно-морской разведкой была поставлена задача контролировать обстановку на территории Дальнего Востока, Верховное командование императорского флота зимой 1919 г. было вынуждено привлечь её к разрешению конфликта между А.В. Колчаком и Г.М. Семёновым. Посланный в Омск контр-адмирал Танака Котаро способствовал восстановлению отношений между двумя лидерами антисоветского движения, а также заложил основы последующего военно-технического сотрудничества Верховного правителя с Токио.
За время интервенции (1918–1922 гг.) разведывательные органы 5-й эскадры и 3-го отделения МГШ собрали большой объём сведений по военной географии Дальнего Востока и Дальневосточного морского театра, о тактико-технических характеристиках боевых кораблей Амурской речной и Сибирской военных флотилий, их командном составе, береговой инфраструктуре, завязали полезные контакты среди офицеров. Кроме постоянного действовавших резидентур во Владивостоке, Александровске-Сахалинском и Николаевске-на-Амуре, к сбору информации активно привлекались офицеры разведки боевых кораблей, периодически заходивших в порты Дальнего Востока. В 1920 г. впервые была применена разведывательная авиация. В то же время радиоразведка и криптоанализ как средства получения достоверных данных развития в рассматриваемый период (1875–1922 гг.) не получили.
После эвакуации военно-морского атташата при японском посольстве из Вологды в Стокгольм весной 1918 г. ему не удалось наладить разведывательную работу против Советской России в прежних масштабах из-за утраты связи с агентурой и доверенными лицами. Поэтому основным источником информации для зарубежного разведаппарата МГШ в Стокгольме, Париже и Варшаве в 1918–1922 гг. была печать. Часть сведений продолжала поступать от Разведывательного управления Морского штаба Адмиралтейства Великобритании.
С завершением вывода японской армии из Приморья в октябре 1922 г. во Владивостоке была образована легальная резидентура МГШ, которая до 1924 г. наблюдала за попытками советских властей восстановить Сибирскую военную флотилию. Однако после увода контр-адмиралом Г.К. Старком её боевого ядра в Манилу в октябре 1922 г. советское военно-морское присутствие в зоне Тихого океана фактически прекратилось до 1932 г., что обусловило свёртывание работы японской разведки против Морских сил Дальнего Востока.
Наименования военно-морской разведки
14.04.1872—31.05.1872 бюро переводов военно-морского министерства
31.05.1872—19.05.1874 документационная группа секретариата военно-морского министерства
19.05.1874—8.02.1884 отдел переводов военно-морского министерства
8.02.1884—16.12.1884 5-й отдел Военного управления военно-морского министерства
16.12.1884—18.03.1886 4-й отдел Военного управления военно-морского министерства
18.03.1886—12.05.1888 3-е бюро Управления флота Генерального штаба
12.05.1888—7.03.1889 1-е бюро Генерального штаба флота
7.03.1889—19.05.1893 3-й отдел Морского штабного управления военно-морского министерства
19.05.1893—26.03.1896 2-е бюро Морского Генерального штаба
26.03.1896—30.11.1897 разведывательный отдел Морского Генерального штаба
30.11.1897—6.01.1904 3-е бюро Морского Генерального штаба
6.01.1904—21.12.1905 3-е отделение Морского Генерального штаба
21.12.1905—1.12.1916 4-е отделение Морского Генерального штаба