Кроме того, в силу своей малочисленности военно-морская разведка Японии активно взаимодействовала с министерством иностранных дел и транспортными компаниями «Мицуи буссан» и «Нихон юсэн кайся», которые имели представительства во многих странах Европы, Америки и Азии.
Начало разведывательной деятельности японского флота против России датируется 1875 г., когда во Владивосток был направлен лейтенанта Куроока Татэваки. Однако резидентура МГШ действовала здесь только в период обострения российско-японских отношений, как в силу нехватки подготовленных офицеров-русистов, так и ввиду относительной слабости Сибирской военной флотилии, а также сезонного базирования русских боевых кораблей на Хакодатэ, Нагасаки, Йокогама и Шанхай. Поэтому по соглашению между военно-морским министерством и МИД с мая 1892 г. сбор информации в интересах японского флота стало вести коммерческое агентство (с 1910 г. генеральное консульство) во Владивостоке. Это сотрудничество не прекращалось до сентября 1945 г.
После перехода Ляодунского полуострова под российский контроль и начала базирования на Порт-Артур Тихоокеанской эскадры в 1897 г. японская военно-морская разведка усилила свою деятельность против нашей страны. В Санкт-Петербург на помощь военно-морскому атташе был направлен офицер разведки под видом языкового стажёра, в китайском Чифу начала действовать легальная резидентура МГШ, нацеленная на Ляодунский полуостров. В то же время командование японского флота продолжало рассматривать Россию только как одного из потенциальных противников, поэтому РУ МГШ вело равноценный сбор информации по флотам всех ведущих держав.
После обострения российско-японских отношений весной 1903 г. в Чифу и Владивосток была направлена группа оперативных сотрудников флотской разведки. С помощью владивостокского коммерческого агентства и консульства в Чифу они наладили систему оперативного наблюдения за передвижениями эскадры Тихого океана и изменениями в её боевом составе. Часть информации о русском флоте РУ МГШ получало от военно-морского атташата в Санкт-Пе-тер бурге. Несмотря на предпринимаемые усилия, царская контрразведка не сумела парализовать деятельность военно-морской разведки Японии. Собранная разведорганами японского флота информация легла в основу стратегического планирования боевых действий Вооружённых сил империи зимой 1903/04 г.
С началом войны РУ МГШ столкнулось с проблемой оперативного получения достоверных сведений о планах русского командования, передвижениях и состоянии Тихоокеанской эскадры и владивостокского отряда крейсеров. Поскольку ядро агентурного аппарата составляли японские колонисты, компактно проживавшие в пунктах базирования ТОЭ в Порт-Артуре, Дальнем и Владивостоке, после их депортации флотская разведка не смогла опереться на оставшихся там агентов из числа русских граждан и иностранных подданных. Поэтому значительный объём информации по Порт-Артуру командование Объединённого флота получало от своих боевых кораблей, нёсших патрульную службу у внешнего рейда. Выходы в море владивостокского отряда на крейсерские операции оставались, как правило, незамеченными.
В то же время несомненным успехом военно-морской разведки Японии стало отслеживание передвижения 2-й Тихоокеанской эскадры из Кронштадта во Владивосток в октябре 1904 – мае 1905 г. Значительный вклад в это внесли военно-морские атташе в Великобритании, Германии и Франции и тесно сотрудничавшие с РУ МГШ японские дипломатические миссии в Западной Европе и Юго-Восточной Азии. Ряд ценных сведений японская разведка получила от англичан в рамках заключённого в 1903 г. двустороннего военного соглашения между Лондоном и Токио.
После окончания Русско-японской войны и принятия в 1907 г. «Курса национальной обороны империи» Россия осталась в числе главных противников, однако по настоянию флота в этот перечень также попали США. По мере нормализации двусторонних отношений с Санкт-Петербургом в 1907–1912 гг. японская военно-морская разведка постепенно восстановила свои оперативные позиции в нашей стране, вернувшись к сбору информации в европейской части силами военно-морского атташата и языковых стажёров в российской столице, а также периодически командируемых военно-технических миссий, на Дальнем Востоке – через генеральное консульство во Владивостоке, вице-консульство в Николаевске-на-Амуре и экипажи грузо-пассажирских судов, посещавших порты Приморья. Значительный объём данных РУ МГШ черпало из открытой печати.