В разгаре боевых действий на юге для России сложилась тяжелая военно-политическая обстановка на Балтике. Дипломатия Англии и Пруссии стремилась вовлечь в войну против России Швецию, усиленно разжигая там планы, направленные на завоевание приморских областей, перешедших к России в Северной войне. Шведский король Густав III расценивал сложившуюся обстановку как весьма выгодную для осуществления этих планов, так как основные силы России были сосредоточены против Турции, а позиция Англии и Пруссии позволяла надеяться на помощь этих европейских держав. В июне 1788 г. русскому правительству было вручено ультимативное требование Густава III, в котором шведский король требовал от России возвратить ему часть Карелии с городом Кексгольмом, разоружить Балтийский флот, отдать Турции Крым и принять его «посредничество» в русско-турецком конфликте.
В это время русский Балтийский флот готовился к дальнему походу в Средиземное море, чтобы принять участие в боевых действиях против Турции в Средиземном море, так же как в 1770—1774 гг. Эскадра Балтийского флота была полностью подготовлена к походу. Три линейных корабля и пять других судов уже вышли из Кронштадта и в конце июня достигли Копенгагена. Однако дальнейшее плавание не состоялось из-за назревавшей войны с Швецией, и враждебной позиции, занятой Англией.
В кампании следующего, 1789 г. Г.А. Потемкин наметил для своих главных сил основную цель – овладение Бендерами, Аккерманом на Днестре и другими бессарабскими крепостями турок. Корпус Н.В. Репнина должен был прикрывать действие главных сил со стороны Дуная. Дивизия А.В. Суворова – около 10 тысяч человек – была выдвинута в район Бырлада на стык с австрийскими войсками, которые занимали растянутое кордоном расположение от Адриатического моря до реки Серет. Рядом с русскими войсками находился корпус принца Кобургского численностью около 18 тысяч.
Турки воспользовались инициативой боевых действий, которая была им предоставлена. Турецкий 30‑тысячный отряд во главе с Осман-пашой попытался прорваться на стыке расположения союзных русской и австрийской армий. Получив сведения о движении противника, Суворов во главе 7‑тысячного отряда пришел на помощь австрийскому корпусу (18 тысяч человек). 19 июля русско-австрийские войска перешли в контрнаступление. Отбросив османский авангард, Суворов и Кобург 21 июля 1789 г. с ходу атаковали противника на укрепленных позициях при Фокшанах. Бой длился 10 часов и закончился крупным поражением турок.
Между Суворовым и австрийским командующим принцем Кобургским установилось тесное сотрудничество. Вскоре это сыграло свою роль. В сентябре великий визирь Юсуф-паша предпринял попытку переломить неудачный для Турции ход военных действий. Он выдвинул 30‑тысячный отряд в сторону Измаила, заставив Потемкина сосредоточить в этом районе свои главные силы. Узнав об успехе своего плана, Юсуф-паша со 100‑тысячной армией двинулся против 18‑тысячного корпуса Кобургского, стоявшего в районе Фокшан. Однако австрийская разведка вовремя узнала о движении противника. Кобург тут же отправил сообщение об этом Суворову.
Имея 10 тысяч солдат, Суворов выступил с 7‑тысячным отрядом на помощь союзникам. За два дня суворовские «чудо-богатыри совершили 100‑километровый марш-бросок и подошли к Фокшанам раньше турок. Тем временем Юсуф-паша, даже не предполагая о подходе русских, разместил свое войско в трех укрепленных лагерях между реками Рымна и Рымник. Об этом Суворов узнал из донесений своих разведчиков. Медлить было нельзя.
В ночь на 11 сентября 1789 г. русско-австрийские войска совершили 14‑километровый марш и атаковали врага. Удар наносился поочередно по трем лагерям. Он был настолько неожиданный и решительный, что османы в панике бежали, неся огромные потери. Было убито, по разным данным, от 6 до 20 тысяч солдат, победителям досталась вся артиллерия и обоз. Потери союзников составляли всего около 700 человек. Юсуф-паша отвел остатки своих войск за Дунай. После этой битвы Суворов получил от Екатерины титул графа Рымникского.
Победа при Рымнике – крупнейшая после Кагула победа над турецкой армией в полевом сражении за время обеих войн с Османской империей второй половины ХVIII в., могущая иметь стратегическое значение, – осталась неиспользованной. Потемкин после Рымника не начал общего наступления, обещавшего быстрое окончание войны. Турки получили возможность оправиться, и война затянулась еще более чем на полтора года.
В результате кампаний 1788—1789 гг. русские войска продвинулись на запад от Днепровско-Бугского лимана и других исходных границ, которые были у России к началу войны. Турция теперь должна была вести оборонительные действия на Дунае.
Успехи русской армии открывали возможность дальнейшего освоения Новороссии и побережья Черного моря. В июле 1789 г. при слиянии рек Южного Буга и Ингула был основан новый портовый город Николаев. Этот город был гораздо ближе к морю, чем Херсон. Здесь развернулось строительство кораблей; впоследствии сюда было перенесено из Херсона Черноморское адмиралтейство.