Получив должность командующего второго российского флота, Федор Федорович столкнулся с громадными трудностями, оставленными в наследство его предшественниками. На кораблях и в базах был большой некомплект команд, много матросов болело из-за плохого питания и жестокого обращения офицеров. В Черноморском адмиралтействе был «хаос неописуемый, крайняя неизвестность во всех наличностях». Ощущался большой недостаток парусов, мачт, такелажа, якорей. Не хватало артиллерийского вооружения. «Здесь во многом находятся великие недостатки», – докладывал Ушаков князю Потемкину. «Разных припасов и материалов, тож и лесов, особливо жидкой и густой смолы, здесь совсем нет, также медикаментов не только на судах, но и в госпитале не имеется», – писал он главному интенданту флота. Адмирал Ушаков деятельно приступил к повышению боеспособности флота. Ему даже приходилось вкладывать в строительство флота личные средства. «Дохожу до такой крайности, – писал он летом 1790 г., – что вынужден заложить собственный дом».
Ушаков большое внимание уделял обучению личного состава. Боевая подготовка строилась на наиболее рациональных приемах. Он разрабатывал инструкции и руководства, в которых излагал свои требования к обучению моряков, прежде всего – учить в сложных условиях. Корабли в любую погоду выходили в море, проводили там парусные, артиллерийские, абордажные и другие учения. «Рекомендую командующим, – писал адмирал Ушаков в одном из приказов, – приучать служителей (матросов) к скорым беганьям по снастям. Отдачу и прибавку парусов приказать делать с отменной скоростью». Мастерство черноморских моряков неуклонно росло, что повышало боеспособность флота не меньше, чем пополнение его новыми боевыми кораблями.
Когда большинство кораблей Севастопольской эскадры было подготовлено к дальнему плаванию, Ушаков вышел в поход с целью разведать силы неприятеля и нарушить его коммуникации в юго-восточном районе Черноморского театра. Русские корабли пересекли Черное море, достигли Синопа, оттуда пошли на восток вдоль турецких берегов к крепости Самсун, далее на север – к Анапе и затем возвратились в Севастополь.
Поход русской эскадры вдоль побережья Османской империи вызвал у султанского правительства «великий страх и беспокойство». Моряки Ушакова захватили более 10 турецких судов. В результате Ушаков узнал, что в Стамбуле ведется усиленная подготовка к выходу в Черное море многочисленного флота с десантными войсками.
В начале июля 1790 г. русская эскадра вышла в море «для поисков неприятельского флота и охранения таврических берегов». Оценив обстановку и предугадывая замыслы противника в отношении высадки десанта на Керченский полуостров со стороны Анапы, Ушаков избрал курс на восток. 6 июля эскадра пришла на рейд Феодосии, где было получено сообщение о том, что незадолго до того здесь находилась турецкая эскадра. О противнике было известно лишь то, что он «пошел прямо в открытое море».
Утром 8 июля русская эскадра находилась против Керченского пролива – «между Крымским берегом и Таманью на открытом море в довольной дистанции от всех берегов». Этот район Ушаков считал наилучшим для наблюдения за противником и для защиты Крымского полуострова. И действительно, одно из крейсерских судов, высланное на разведку, сигналом дало знать, что видит «посторонние суда». Через полчаса на эскадре увидели большой неприятельский флот, шедший со стороны Анапы по направлению к Крыму.
Турецкий адмирал Гусейн-паша имел превосходство в силах. Важным являлось превосходство его в артиллерийском вооружении кораблей (более 1100 турецких орудий против 850 русских), а также занятие им наветренного положения.
Заметив эскадру Ушакова, Гусейн-паша сразу же дал сигнал своим кораблям атаковать ее. Все турецкие корабли, отмечал адмирал Ушаков, пошли «прямо по ветру на наш флот». Началось сражение у Керченского пролива.
В полдень неприятельский флот подошел к русской эскадре на расстояние пушечного выстрела и открыл огонь. К этому времени Ушаков построил свою эскадру в боевой порядок, полностью подготовился к решительной встрече с врагом и, «будучи во всем готов в лучшем порядке, с поспешностью шел ему навстречу».
Гусейн-паша обрушил главный удар по авангарду русской эскадры, в который входили два линейных корабля и один фрегат. Русские корабли начали ответный огонь по неприятелю. Особенно сильная перестрелка велась между авангардными кораблями обеих эскадр. «Авангард нашего флота, – говорил Ушаков, – усиливающееся нападение неприятеля выдерживал с отличной храбростью и жестокостью огня приводил его в замешательство и расстройку, так что оный пальбу свою весьма уменьшил». Видя, что турецкие авангардные корабли не могут нанести решительного поражения русским передовым кораблям, Гусейн-паша направил против них огонь других своих судов.