В выступлении В.В. Путина «О стратегии развития России до 2020 года» (8 февраля 2008 г.) президент напомнил положение, в котором находилась страна в 1999 г. Сказал он и о национальных автономиях:
«Сама Россия представляла собой "лоскутную" территорию. В большинстве субъектов Федерации действовали законы, противоречащие Конституции России. Некоторые примеры были просто вопиющими. Например, статус отдельных территорий определялся как "суверенное государство, ассоциированное с Российской Федерацией"»... Только вдумайтесь: можно было быть гражданином одного из российских регионов, не будучи гражданином России!»
В «параде суверенитетов» Якутия шла в числе первых. Поэтому Путин действовал не спеша, но настойчиво. Сначала из конституции республики удалили упоминание о суверенитете. Затем подоспели выборы президента Якутии. Николаев уже отслужил два срока, но Центризбирком Якутии, вопреки конституции республики, зарегистрировал его кандидатуру. Верховный суд Якутии не только поддержал это решение, но отменил регистрацию В. А. Штырова, главы АЛ РОСА и этнически русского, под предлогом опоздания с подачей документов. Последовала скандальнейшая борьба республиканских и федеральных судов и прокуратуры, закончившаяся победой Москвы. Николаев объявил избирателям, что снимает свою кандидатуру, и попросил голосовать за Штырова. В 2002 г. Штыров был избран президентом Якутии. Николаеву за послушание дали должность вице-спикера Совета Федерации и наградили медалью.
Следующим этапом стала ликвидация алмазной монополии Якутии. В мае 2005 г. Федеральная антимонопольная служба признала ЗАО АЛ РОСА, правительство и Государственное Собрание Якутии виновными в нарушении закона «О конкуренции и ограничении монополистической деятельности на товарных рынках». Это означало конец гранильных привилегий Якутии и «серых схем» вывоза алмазов из России. В июне 2005 г. председатель Наблюдательного совета АЛРОСА министр финансов А.Л. Кудрин сообщил, что правительство России планирует увеличить долю государства с 37 до 51 %.
Действия российского правительства вызвали сильнейшие возмущение якутской элиты. По образцу «народных фронтов» времен распада СССР был организован «Народный фронт Якутия — АЛРОСА». Он проводил митинги, где звучали требования оставить в Якутии все добываемые алмазы и призывы к отделению. Лидер «Объединенного гражданского фронта» (ОГФ) Гарри Каспаров создал в Якутии региональное отделение, самое мощное в России. Председатель Якутского регионального отделения ОГФ Л. Николаев открыто угрожал России:
«Кремль взрастил в республике очень большое недовольство среди населения. Это недовольство редко вырывается наружу, но оно зреет. Погнавший ветер взрастет бурю. Что посеешь, то и пожнешь. Кремлевские политтехнологи выпускают джинна сепаратизма. Думают, что, используя этого джинна, они расправятся с республикой, чтоб и другим неповадно было. Очередная близорукая политика Кремля будет гибельной для России».
В сентябре 2006 г. в день государственного суверенитета Якутии (вопреки изменениям в конституции, праздник суверенитета остался) в Якутске состоялся митинг объединенной оппозиции с участием «Народного фронта Якутия — АЛРОСА», «Объединенного гражданского фронта» во главе с Каспаровым и других общественных организаций. Волнения в Якутии вызвали отклики на Западе. В ноябре 2006 г. Комиссия по этническим и конфессиональным меньшинствам рекомендовала Европарламенту «призвать российское государство соблюдать права и учитывать интересы коренных народностей Саха-Якутии».
Между тем Центр сумел договориться с якутской элитой. Якутии получила компенсации за утрату преимуществ в огранке алмазов. Скупка Росимуществом акций АЛРОСЫ, достигшая намеченных 51% к началу 2008 г., проводилась очень аккуратно, у физических лиц, так что доля акций, принадлежащих Якутии, осталась прежней — 40%. Правительство России инвестировало в развитие Якутии больше 2,5 трлн. рублей. Строится Амуро-Якутская железнодорожная магистраль, которая свяжет Якутск с железнодорожной сетью Сибири. Намечено строительство каскада электростанций, необходимых для добычи урана, угольной промышленности и металлургии. На юге Якутии появятся новые города. Все это означает переезд десятков и даже сотен тысяч людей из России и соответственно уменьшает возможности этнического сепаратизма.