Слово Игумена Мисаила имеет следующий смысл: духовный отец, когда его спрашивают, молитвой ищет вразумление от Бога, но как человек он отвечает в меру своей веры, по слову апостола Павла:
Знание этого очень ярко выражалось в жизни игумена Мисаила. Однажды он вызвал к себе новоначального монаха отца С. и возложил на него сложное и трудное послушание. Послушник с готовностью принял его и, сделав положенный поклон, направился к двери. Вдруг игумен позвал его. Послушник остановился. Наклонив голову на грудь, игумен спокойно, но значительно сказал: „Отец С., помни: Бог дважды не судит, поэтому когда ты что-нибудь делаешь за послушание мне, то я буду судим от Бога, а ты свободен от ответа“.
Когда кто либо на поручение или наставление игумена Мисаила возражал хотя бы в малой мере, то этот мужественный вообще подвижник, несмотря на занимаемый им пост администратора, обычно отвечал: „Ну что же, делайте, как хотите“, – и после не повторял своего слова.
Почему же это так? Потому что, с одной стороны, Дух Божий не терпит ни насилия, ни спора, с другой – слишком великое дело – воля Божия. В слове духовного отца, которое всегда несет на себе печать относительности, она не может вместиться, не может получить совершенного выражения, и только тот, кто воспринимает слово как угодное Богу, не подвергая его своему суду или, как часто говорят, „без рассуждения“, только тот нашел верный путь, ибо он действительно верует, что
Заслуги отца Мисаила перед монастырем нельзя оценить. Вся братия с огромной благодарностью отмечала важность и размеры его стараний и забот. Но самым большим испытанием, как было выше сказано, стало для отца Мисаила противостояние насельников обители друг против друга из-за споров вокруг имени Божия. Отец Мисаил, желая примирить противодействующие стороны, сначала определенно уступил сторонникам нового учения, так как они были агрессивно настроены. Он думал, уступка умиротворит их и спор не перерастет за рамки дискуссии о методах Иисусовой молитвы. С этой целью он отправился в скит Новая Фиваида, где жило большинство имябожников, и согласился принять их воззвание с формулировками, предложенными имяславцами. Но впоследствии, когда в процесс включился отец Антоний (Булатович) и простой спор перерос в догматическое противостояние, то отец Мисаил занял решительную позицию – встал на защиту чистоты Православной веры. На Пасху 1912 года игумен Мисаил направил в Фиваидский скит послание, в котором призывал иноков: «...оставить душепагубные пререкания между собою и спор о Сладчайшем и спасительном Имени Господа нашего Иисуса Христа».
«Если кто дерзнет возбуждать после сего спор и пререкание, делать сходки, собирать подписи, то таковые – аще монах – да отлучится от причащения Святых Христовых Таин на три года, а если священнослужитель – от священнодействия на три года, – писал игумен Мисаил. – А если кто дерзнет произнести на кого либо слово „еретик“, тот отлучается от приобщения Святых Христовых Таин на год... Духовникам строго наказываю не входить в суждения о догматических вопросах со своими духовными чадами».
20 августа 1912 года противники имяславия в Пантелеимоновом монастыре во главе с игуменом Мисаилом составили «Акт о недостопоклоняемости имени „Иисус“», в котором содержался неприемлемый для имяславцев пункт о том, что имени Божию нельзя поклоняться: «Мы веруем и исповедуем, что Господь наш Иисус Христос есть истинный Бог... в двух естествах не слитно, нераздельно, неизменно, неразлучно соединенных. Поэтому, когда произносим Его Пресвятое и Божественное Имя, т. е. Иисус Христос, то представляем себе невидимое присутствие Самого Господа и Бога и Спаса нашего Иисуса Христа – Второго Лица Пресвятой Троицы, не отделяя Его Имени от существа и не сливая, о Нем же, по Апостолу, подобает нам спастись, но чествуем Его и поклоняемся Ему – Самому Господу Богу».