Контр-адмирал Ухтомский принял командование и вывел линкор «Пересвет» во главу флотилии, поменяв с линкором «Победа». Это корабли были гордостью русского императорского флота. «Пересвет» был построен шесть лет назад на Балтийских верфях Петербурга. На нем было четыре трехдюймовых орудия, одиннадцать шестидюймовых и много артиллерийских боевых средств и 776 человек команды. «Победа» была еще более новая и современная по конструкции. Ей было четыре года, она была также вооружена и имела команду в 778 человек.
Эти два превосходных корабля вели русский флот вдоль береговой линии, бросив вызов превосходящим силам противника и завязав сражение, находясь под защитой орудий береговых укреплений. Японцы вызов не приняли.
Через полчаса после катастрофы «Петропавловска» адмирал Ухтомский приказал «Пересвету» повернуть на восток на привычный для маневров флота путь на внешний рейд гавани. Когда флот повернул, раздался мощный взрыв. На этот раз гордость флота, линкор «Победа», резко накренился. Началась паника. Где этот невидимый враг? Легкие корабли начали стрелять без разбору по гребням волн, решив, что на российский флот напала группа подводных лодок. «Победа» наткнулась на еще одну японскую мину. К счастью для нее, взрыв произошел прямо под угольным бункером, который был в этот момент полон и, таким образом, поглотил взрыв. Корабль сохранил способность двигаться и медленно продвигался к Порт-Артуру. Оставшиеся в беспорядке последовали за ним.
Японский план успешно был выполнен. В условиях темноты, открытого моря и плохой видимости из-за тумана и дымки минные заградители вышли из гавани и поставили мины в тех местах, где русский флот обычно проводил свои маневры. В каждом из этих районов русский корабль нарвался на мину. Японцы без потерь вывели из строя русский броненосец и серьезно повредили другой. Это был болезненный удар по самолюбию русских. Гибель адмирала Макарова подорвала моральный уровень русских в тот момент, когда он как раз стал подниматься. Адмирал прибыл в Порт-Артур, где нашел обломки русского флота, где процветала некомпетентность офицеров, где недостойным образом вел себя командующий, а корабли были либо разбиты, либо требовали серьезного снаряжения. В этой неразберихе он начал постепенно восстанавливать морские силы. И внезапно, когда стало казаться, что наконец можно дать достойный отпор японцам, он погиб. Победа японцев 13 апреля была наиболее значительной в это время.
Теперь, в апреле, японцы постоянно изводили Порт-Артур минными атаками и бомбардировкой внутренней гавани с дальних дистанций. Адмирал Алексеев принял командование морскими силами в дополнение к своим обязанностям наместника на Дальнем Востоке. Адмирал Камимура продолжал вести поиск крейсерской эскадры Владивостока вдоль побережья восточной части России. Эта эскадра вышла из гавани 8 апреля, когда во Владивостоке вскрылся лед. Японская и русская эскадры разошлись ночью, одна — направляясь на север, а другая — на юг. Они были в двадцати милях, но в густом тумане не заметили друг друга. Русские вошли в японские воды, где затопили несколько японских грузовых судов, перевозящих войска и снаряжение для армии в Корее. Однажды они напали на японское грузовое судно «Кинсу Мару», которое перевозило войска. Оно ошибочно приняло русскую эскадру за японский флот и просигналило русским. Те ответили, дав войскам час, чтобы высадиться с судна, и объявив, что они затопят его. Большинство японских солдат отказалось покинуть корабль; когда русские через час открыли огонь, они отвечали ружейными выстрелами, пока торпеда не попала в борт. Многие японцы считали позором покидать корабль и пошли на дно вместе с ним.
Адмирал Камимура повернул свои силы опять на север к Владивостоку, надеясь встретиться с русскими крейсерами. Японцы подошли к укрепленной гавани и стали устанавливать минные поля на внешнем рейде в надежде, что русские нарвутся на них, как это произошло с их братьями в Порт-Артуре.
Всеобщий японский морской план теперь требовал тщательного взаимодействия с армией. По плану нужно было высадить еще две японские военные экспедиции на сушу, занимаемую русскими. 2-я армия должна была высадиться в бухте Чифу, попытаться занять Ляодунский полуостров и захватить Порт-Артур. 3-я армия должна была также высадиться в Маньчжурии.