Японцев сильно беспокоил существовавший до сих пор в Порт-Артуре флот. Недостаточно было вывести из строя один корабль или повредить несколько кораблей, позволяя им вернуться в гавань для ремонта. Для японцев было бы лучше сразиться со всем флотом противника и победить его, даже ценой больших потерь. Но пока это было невозможно, поэтому необходимо было убедиться, что порт блокирован. Адмирал прилагал огромные усилия для выполнения своего плана. Теперь он должен быть выполнен. Почти весь японский торговый флот был поставлен под контроль армии и использовался для высадки 2-й армии в Маньчжурии, но около дюжины судов были оставлены для блокирования гавани. В это время японской базой были острова Эллиот, находившиеся ближе к Порт-Артуру, чем корейская база. Двенадцать кораблей с 244 добровольцами должны были попробовать блокировать гавань Порт-Артура. Наконец ночью 3 мая восемь кораблей предприняли попытку это сделать. Между тем русские успели провести новые мероприятия по защите гавани и установили два плавучих заграждения на внешнем входе, вдали от «горловины». Японцы подошли к этим заграждениям и прошли вокруг них, ошибочно полагая, что сумели войти в «горловину», о чем доложили адмиралу Того, который решил, что он достигнет успеха в выполнении своего замысла, но это было далеко не так. Третья экспедиция не сумела подойти так близко к «горловине», как вторая. Прошло некоторое время, пока японцы поняли, что в этом случае их усилия не увенчались успехом. Если бы русский флот был заперт в Порт-Артуре, он мог бы быть нейтрализован основными силами японского флота.
Эти усилия предпринимались в то время, когда 2-я японская армия готовилась высадиться на маньчжурской земле. 3 мая, когда японские блокирующие корабли отправились на свое безнадежное предприятие, флот из первых шестнадцати транспортов вышел из небольшой бухты Пхеньяна, в Корее, под защитой военных кораблей. Их целью был участок на Маньчжурском берегу в шестидесяти милях от Порт-Артура в устье реки Шахэ. Утром 5 мая началась высадка, поддерживаемая морскими силами в тысячу человек.
Русские предполагали, что японцы собираются высадиться. В этот день они узнали, что сорок японских транспортов прибыли в этот район и что высадка началась. Русские понимали, что это означает осаду Порт-Артура с суши, что через три или четыре дня железнодорожная линия будет перерезана и Порт-Артур окажется в изоляции. Первой проблемой, с которой они столкнулись, было обеспечение безопасности адмирала Алексеева, наместника на Дальнем Востоке. Ему невозможно было оставаться в осажденной крепости. Но морские силы до сих пор не имели командующего. Судно адмирала Скруйдлова вышло из Европы, но еще не прибыло. Наместник на поезде выехал из Порт-Артура через несколько часов, после того как стало известно о высадке японцев. Он оставил во главе морских сил адмирала Витгефта, надежного, но лишенного воображения офицера. Кроме того, адмирал Алексеев попросил приложить все силы, чтобы затруднить высадку японцев, и несколько русских эсминцев приготовились к действиям, но не были высланы в этот вечер, когда они еще могли сорвать японский план. Однако боевые корабли держались неподалеку от Порт-Артура, патрулируя в одиночку или маленькими группами.
На суше японцы занимали теперь сильную, даже угрожающую позицию. После битвы при Ялу русские под командованием генерала Засулича отступили в Фынхуанчен и дальше на северо-запад. С русской военной базы в Ляояне подошли переформированные силы для помощи в боях против 1-й японской армии генерала Куроки, которая наступала к Ляояну и железной дороге.
Другие русские подразделения располагались вдоль побережья между Тагушанем и Бицзыво, где высадились японцы, чтобы сдерживать противника и не дать ему соединиться. Железная дорога, которая шла от Порт-Артура на север к Мукдену, охранялась войсками на всем протяжении. В Порт-Артуре русские имели около тридцати тысяч солдат под командованием генерал-лейтенанта Стесселя. Генерал Куропаткин и резерв его армии находились в центральной точке Ляояна. Генерал хотел сконцентрировать силы в Харбине, пока не появится возможность улучшить положение русских в отношении численности войск и продовольствия. Но адмирал Алексеев сказал «нет». Адмирал и не представлял, что японцы будут продвигаться так быстро. Теперь, после поражения при Ялу и второй высадки, генерал Куропаткин опять требовал перемещения главной русской базы и резервов армии в Харбин, пока русские силы не будут увеличены. Он зашел так далеко, что отдал приказ об эвакуации Ляояна. Тогда адмирал Алексеев приехал из Порт-Артура и план был изменен.