Капитан фон Эссен был другого мнения. На «Севастополе» подвели к пробоинам пластыри и помпами откачали воду из затопленных отделений, чтобы корабль смог подняться из воды, и крен был устранен. Команда начала помещать деревянные заплаты на пробоину в корме.
8 декабря, в день, когда «Севастополь» вышел из внутренней гавани, чтобы уйти от огня японских осадных орудий, русское военное командование созвало военный совет для решения будущего Порт-Артура. Было совершенно очевидно, что большинство резонов защиты Порт-Артура исчезли с разгромом флота в гавани. Как долго можно удерживать крепость? Как долго ее стоит удерживать?
В этот день вопрос не был поставлен. Было решено, что любые разговоры о капитуляции преждевременны.
Между тем трения между группой генерала Стесселя и генерала Смирнова продолжались. Генерал Кондратенко был назначен командующим сухопутными защитниками Порт-Артура, и вечером 15 декабря он посетил форт Чикуань, где японцы концентрировали свои бомбардировки из больших осадных орудий. Он пришел посмотреть, что нужно предпринять для усиления защиты форта против штурма. Когда Кондратенко был в форте, туда попал одиннадцатидюймовый снаряд. Он ударил в смежную комнату, где солдаты наполняли ручные гранаты. Мощный взрыв обрушил часть форта, и генерал был убит упавшим куском бетона. Вместе с ним погиб командир инженерных войск Восточного фронта Рашевский, который отлично показал себя в нескольких сражениях.
Не спрашивая генерала Смирнова, генерал Стессель назначил своего человека, генерала Фока, командующим сухопутной обороной. Это было недопустимо, поскольку генерал Смирнов возражал против некоторых прежних действий Фока и освободил его от всех обязанностей, после чего должен был последовать его арест. Старшие офицеры крепости выражали недоумение, ставшее предметом разбирательства.
Осаждающие крепость японцы, получившие усиленные резервные формирования и более тяжелые орудия, начали сжимать кольцо осады, а защитники были разъединены. Орудия их одно за другим были разбиты. 18 декабря форт Чикуань был взят. Этот форт был первым долговременным укреплением, которое пало. Спустя два дня генерал Смирнов послал генералу Куропаткину протест по поводу действий генерала Стесселя и генерала Фока, которые сдали форт Чикуань без согласования с ним.
Теперь, когда не было генерала Кондратенко, к концу месяца в среде старших командиров активно стали циркулировать разговоры о сдаче крепости. Японцы рвались вперед. Сразу после Рождества они взяли форт Эрлунь и форт Суньшу. Следующей линией атаки будет Китайская стенка, защищавшая периметр, установленный много лет назад китайской армией, когда она держала город. Если Китайская стенка падет, японцы тогда будут штурмовать форт Вантай. Взяв его и имея высоту 203 в своих руках, они будут контролировать любую точку внутри русской крепости и с помощью осадных орудий смогут уничтожить крепость до основания и убить всех ее защитников.
Теперь стало очевидным, что генерал Стессель склоняется к тому, чтобы сдать крепость, и каждое предпринимаемое им и генералом Фоком действие только подтверждало это. 31 декабря генералу Горбатовскому, командовавшему защитой Китайской стенки, было приказано отвести войска на внутренние позиции, когда он сочтет нужным. Он не просил на это разрешения. С генералом Смирновым даже не посоветовались, и генерал Стессель не обращал внимания на его протесты.
Теперь японцы побеждали небольшими усилиями или малой потерей людей там, где раньше им приходилось тратить больше усилий и платить более дорогую цену, чтобы взять менее укрепленные позиции. Оборона слабела с каждым часом.
Фронтовые командиры получали приказы генералов Фока и Стесселя отходить даже в случаях, когда, по их мнению, была возможность удержать позицию. Действительно, генерал Стессель, не говоря ничего генералу Смирнову, обратился к генералу Ноги с предложениями о капитуляции. Адмирал Вирен был проинформирован, капитан фон Эссен был отослан назад из защищаемого периметра крепости на «Севастополь», и ему было приказано взорвать корабль. Он взорвал «Отважный» и отвел «Севастополь» в море, где глубина достигала двадцати пяти саженей. Там были открыты кингстоны и герметические заслонки с одного борта, чтобы судно опрокинулось. Оно накренилось на правый борт и затонуло за пятнадцать минут. Таким был конец русского Тихоокеанского флота в Порт-Артуре.
К рассвету 2 января 1905 года сражение почти закончилось. Как только стало известно о переговорах, русские войска уже не могли сопротивляться. Генерал Стессель уполномочил полковника Райса, чтобы тот действовал от его имени, а генерал Ноги послал генерала Идичи, начальника штаба, говорить от имени японской стороны. Японцы настаивали, чтобы все русские стали военнопленными. Генерал Стессель не соглашался. Но поскольку он сам перестал сопротивляться, японцы получили то, что хотели. 2 января в девять сорок пять капитуляция была подписана и сражение прекратилось.