Вечером 8 декабря, когда на палубы затонувших кораблей лег снег, фон Эссен начал выводить «Севастополь» из «глотки» гавани. Это была наиболее сложная задача: русские буксиры были так сильно повреждены снарядами, что были бесполезны. У капитана фон Эссена осталось только сто человек из экипажа в 620 человек, другие были либо убиты, либо ранены при защите фортов или были взяты на постоянную службу в крепость. Но все равно в эту ночь он вышел из гавани через плавучие бумы, заграждающие проход, и встал на якорь около затонувших японских грузовых судов, использовавшихся для блокирования фарватера. На следующий день фон Эссен передвинулся к южной оконечности Тигрового полуострова, где присоединился к нескольким эсминцам и бронированному миноносцу «Отважный». Здесь его нельзя было заметить с высоты 203, и береговыми батареями он был защищен от японского флота. Но теперь «Севастополь» был открыт для торпедных атак.
Адмирал Того не терял времени, когда он узнал, где стоит «Севастополь». Он отправил против корабля две флотилии японских торпедных катеров. В эту же ночь подошла одна флотилия и обстреляла «Севастополь» торпедами, но на корабле даже не заметили, что подошли японцы. А из-за немалого расстояния все торпеды прошли мимо.
Команда «Севастополя» использовала противолодочные сети с нескольких затонувших линкоров. Ими корабль окружили со всех сторон, кроме кормы, смотревшей на берег. Это было наиболее защищенное от торпедной атаки направление. Большинство орудий с «Севастополя» было снято и перевезено на берег для обороны крепости, и теперь линкору не хватало орудий, чтобы отбивать атаки торпедных лодок. Однако имелись торпедный катер, линкор и эсминцы, сумевшие сохранить достаточно орудий, чтобы создать береговую батарею на юге бухты Белого Волка для защиты своего тыла. Теперь флот, в который входили линкор, большая канонерская лодка, семь эсминцев и портовое судно «Силач», был собран в этой части гавани.
Каждую ночь японцы пытались торпедировать «Севастополь». Ночью 11 декабря они дважды атаковали, но оба раза неудачно. Ночью 12 декабря японский лейтенант-командор лейтенант Чуго Аракава привел еще одну флотилию, чтобы повторить попытку торпедирования. Три торпеды пробили сеть у носа корабля «Отважный», но взрывов не последовало. Две из них затонули, а одна была найдена на следующее утро в сети. Перед рассветом подошла другая флотилия, а на рассвете — третья, состоящая из двух сторожевых лодок, и попыталась торпедировать линкор. Эти два маленьких судна оказались наиболее удачливыми. Они сумели подойти на расстояние в сотню ярдов к линкору до того, как были замечены, выпустили торпеды и скрылись. Каждое судно было подожжено огнем русских орудий, но они все равно сумели уйти. Одна торпеда была остановлена сетью. Другая ударила в сеть у носа, прорвала ее и взорвалась около корабля, затопив торпедный отсек «Севастополя». Это повреждение было ликвидировано на следующий день.
В ночь на 13 декабря японцы опять атаковали, но не сумели нанести линкору никаких повреждений. В ночь на 14 декабря японцы послали двадцать пять торпедных лодок, чтобы атаковать «Севастополь». Несколько десятков торпед были выпущены в эту ночь, но большинство из них били на короткие дистанции, и только четыре прошли около линкора. Одна из них задела носовую сеть, прорвала ее и взорвалась около кормы корабля, нанеся некоторые повреждения. По оценкам русских, тогда было выпущено порядка шестидесяти торпед, а на следующее утро шестнадцать из них были найдены неразорвавшимися на отмели.
Днем 15 декабря, несмотря на холод, матросы «Севастополя» ремонтировали буи и противоторпедные сети. Позже ночью, точнее, рано утром, началась новая атака под командованием лейтетанта-командора Секи из 14-й флотилии. Он привел свои небольшие корабли в гавань в три часа утра во время слепящей снежной бури. Капитан главного судна подошел в темноте так близко, что прошел мимо линкора незамеченным, и тот не сумел открыть огонь, но японцы выпустили торпеду, попавшую в эсминец «Сторожевой». Она наделала такие разрушения, что позже корабль пришлось вытащить на берег, чтобы он не затонул.
Оставшиеся торпедные суда разного типа достаточно близко подошли к линкору и обстреляли его. Первые торпеды пробили сети и взорвались, проделав в сетях дыры, и следующая группа торпед попала в корабль. Одна торпеда разорвалась в сети около борта, повредила борт и вызвала затопление четырех угольных бункеров. Вторая ударилась в винт у правого борта и сделала большую пробоину в корпусе корабля. Рулевой механизм и румпель были сорваны и затоплены, а «Севастополь» получил десятиградусный крен на правый борт.
На следующий день адмирал Того приказал прекратить торпедные атаки. Они отнимали у нападавших слишком много человеческих жизней и кораблей, поскольку русские открывали смертельный огонь и несколько торпедных лодок были разбиты, а другие искорежены. Японцы решили, что «Севастополь» получил такие тяжелые повреждения, что он уже будет неопасен для них.