Начиная с 9 октября японцы продвигались к фортам Эрлюнь, Чикуань и Суньшу, расположенным с восточной стороны линии обороны. Вырыв множество окопов и проведя сильные бомбардировки из осадных орудий, после многих штурмов 28 октября японцы создали в траншеях опорные пункты по обеим сторонам горных позиций и приготовились к штурму. В форте Суньшу окопы три раза за день переходили из рук в руки, и наконец все передовые траншеи вокруг форта оказались заняты японцами. Утром 30 октября японцы взорвали стену форта Эрлюнь, но русские забили семифутовый пролом мешками с песком и укрылись за другой частью стены. Позже в это утро японцы бомбардировали все форты, которые они хотели атаковать в этом наступлении, и около полудня пехота начала атаку. Один японский батальон принимал участие в наступлении на Чикуаньский форт. Люди, несущие флаг Страны восходящего солнца, прокладывали себе путь в сорок ярдов до верхней траншеи, пока не упали. Многие солдаты батальона сильно пострадали, и, когда атака была отбита, живые вернулись на исходные позиции. В три пятнадцать пополудни все уже было окончено, и японцы опять стали обстреливать форт. В этот день были атакованы также и другие форты. Атака на форт Чикуань не удалась. Атака на форт Эрлюнь не удалась, то же произошло и в форте Суньшу. Два форта поменьше были взяты, но это не сильно ухудшило позиции русских защитников. Атака на форт Чикуань была, пожалуй, самой сильной. Через шесть дней боев второе генеральное наступление закончилось. Японцы потеряли около четырех тысяч офицеров и солдат, а три важнейших форта, которые они атаковали, по-прежнему оставались у русских, хотя японцы взяли второстепенные укрепления.
Русские защитники были по-прежнему сильны, но моральный дух русских войск в крепости начал ослабевать. Генерал Смирнов и генерал Кондратенко, командующие гарнизоном, были очень почитаемы в войсках. Генерала Стесселя и генерала Фока, полевых генералов, которых привело в Порт-Артур их поражение, не любили. Генерал Стессель настоял на своем собственном решении, проявив полное неповиновение высшим военным властям крепости. Он по-прежнему скрывал исполнение приказа, отсылавшего его из крепости. Гарнизонное командование разделилось на фракции: с одной стороны были Смирнов и Кондратенко, а с другой — Стессель и Фок.
Вид на Порт-Артур с Чикуаня
В ноябре несколько русских эсминцев пострадали в гавани от мин и вражеских действий. Несколько торговых судов, попытавшихся прорвать японскую блокаду, были взяты на внешнем рейде противником или подорвались на минах. Японские корабли также подрывались — и на своих собственных, и на российских минах, но японцы продолжали усиливать блокаду.
В середине ноября японское сухопутное и морское командование охватило беспокойство по поводу того, что попытка захвата Порт-Артура с суши не удалась, так же как и попытка уничтожить русский флот, находящийся в гавани, действуя со стороны моря. Стало известно, что русский Балтийский флот обогнул побережье Африки, и японская генеральная ставка убедилась, что он определенно направляется в Тихий океан. Предполагалось, что он будет в проливе Формоза к началу января. Если русский Балтийский флот сумеет прийти в Желтое море и соединиться с Тихоокеанской эскадрой в Порт-Артуре, то японцы могут потерпеть военную катастрофу. Поэтому обсуждались все доступные средства для взятия фортов вокруг Порт-Артура и уничтожения русского флота внутри гавани. Напряжение японцев возрастало, как возрастали и их усилия.
26 ноября японцы начали третий штурм восточных укреплений, которому, как обычно, предшествовала мощная бомбардировка. Русские ответили смертельным огнем, и к вечеру стало очевидно, что попытка японцев провалилась во всех пунктах. Японский командир выкликал добровольцев для ночной атаки, которую собирались провести против форта Суньшу. 2500 человек были выбраны для выполнения этой задачи. Штурм начался холодной ночью, но опять неудачно. Было много замерзших, которые не смогли вернуться на безопасные рубежи. У японцев из 2500 атакующих погибли 1500 человек. Генерал Накамура, возглавлявший эту ночную вылазку, был тяжело ранен. Некоторые японцы сумели вырыть себе небольшие укрытия у подножия сопки, но на следующее утро обнаружилось, что они рядами лежат там мертвыми. Огонь пулеметов с брустверов фортов скосил их.
В этом третьем генеральном наступлении японцы потеряли 5500 человек, а русские 1500. Усилия японцев опять не увенчались успехом.
К концу ноября положение осаждающих не улучшилось, правда, холодная погода помогла наконец справиться со многими инфекционными заболеваниями. Японская армия перешла на снабжение просом вместо риса, и просо прекратило бери-бери, обеспечив солдат необходимыми витаминами. Русские же в крепости начали болеть, эпидемия быстро распространялась, потому что в небольшом районе собралось большое количество народу. В главном госпитале на Тигровом полуострове от дизентерии и тифа умирало по десять человек в день. Голода еще не было, но питание день ото дня становилось все хуже и хуже.