В середине августа Главное командование решило подводную лодку С-101 Краснознаменного Балтийского флота перевести через Беломорско-Балтийский канал на север. В соответствии с этим решением С-101 30 августа вышла из Ленинграда и 7 сентября прибыла в Беломорск.
7 октября 1941 года. Подводная лодка С-101 в 2 часа 00 минут вышла из Архангельска в Полярное. На переходе она была ошибочно атакована нашими самолетами при следующих обстоятельствах. В 9 часов 15 минут на подходе к маяку Зимнегорский были обнаружены два самолета МБР-2 49 АЭ. Вахтенный офицер лодки, несмотря на дважды данные самолетами опознавательные, принял их за самолеты противника и произвёл срочное погружение. Ведущий самолёт, не получив ответа на опознавательные, в 9 часов 28 минут сбросил четыре глубинные бомбы (ПЛАБ-100), из которых взорвалась только одна. От взрыва подводную лодку подбросило с сильным сотрясением корпуса, в отсеках погас свет, выключились батарейные автоматы.
С-101 потеряла ход и легла на грунт на глубине 45 м. Через 45 минут подводная лодка всплыла в позиционное положение и обнаружила над собой МБР-2. Обменявшись с самолетом опознавательными, лодка под одним дизелем возвратилась в Архангельск для ремонта. Как выяснилось, самолеты перед их вылетом не были оповещены о переходе С-101, и она не была оповещена о вылете самолетов.
17 ноября 1941 года подводная лодка С-101 закончила ремонт в Архангельске и 13 декабря 1941 года прибыла в г. Полярный, где она была включена в состав 2 дивизиона бригады подводных лодок Северного флота.
31.01. – вышли из базы. 3 февраля успешно высадили группу разведчиков на вражеский берег. 6 февраля в районе Конгс-фьорда был обнаружен транспорт. Подводная лодка С-101 начала выходить в атаку носовыми торпедными аппаратами, а когда установила, что он стоит на якоре, начала маневрировать для атаки с кормовых торпедных аппаратов. В 16 часов 34 минуты с дистанции 12 кабельтовых произвела залп двумя торпедами, обе торпеды взорвались. Вражеский транспорт водоизмещением 5000 тонн был потоплен. Командир лодки наблюдал потопление транспорта до полного его исчезновения с поверхности моря.
В 23 часа 30 минут 10 апреля С-101 вышла на позицию в район 150 миль на север от острова Фулей для прикрытия союзных конвоев. 11 апреля в 11 часов 10 минут, находясь в Лоппском море в надводном положении при переходе в район боевых действий на дистанции 50–60 кабельтовых, был обнаружен миноносец противника, шедший переменным курсом. Лодка погрузилась на перископную глубину, а затем на 30 метров. В 13 часов 50 минут всплыла на перископную глубину и сразу услышала четыре последовательных взрыва глубинных бомб. Она ушла на глубину 20 метров. Через 15 минут последовало еще несколько взрывов. В 15 часов 45 минут справа по носу был слышен шум винтов. В 17 часов 30 минут отмечено еще два взрыва. В 21 час 30 минут шум прекратился. В 22 часа 10 минут С-101 всплыла в надводное положение и последовала к месту своего назначения.
12 апреля в 20 часов 08 минут по пеленгу 20° лодка обнаружила мачты двух кораблей и погрузилась на перископную глубину. В 20 часов 20 минут мачты кораблей исчезли и в 22 часа 00 минут, всплыв в надводное положение, лодка обнаружила в 40–45 кабельтовых два корабля. С-101 вновь погрузилась на перископную глубину и наблюдала еще один корабль, шедший в её сторону. Вскоре обнаружилось, что это английский крейсер. В 22 часа 15 минут лодка ушла на глубину 30 м и с 22 часов 22 минут до 23 часов 15 минут по левому борту слышала серию взрывов глубинных бомб.
21 апреля в 17 часов 32 минуты С-101 получила приказание возвратиться в базу. 22 апреля, следуя в базу, в 8 часов 21 минуту обнаружила самолет Ю-87 на высоте 300 м и произвела срочное погружение. В 9 часов 44 минуты за кормой лодки был слышен взрыв глубинной бомбы. Взрывы продолжались до 13 часов 00 минут. Всего было отмечено 35 взрывов.
В 20 часов 30 минут С-101 получила приказание занять позицию в районе Вардё. Она изменила курс и начала следовать в новый район боевых действий. Через два дня С-101 возвратилась на базу.
В 23 часа 58 минут 24 мая С-101, получив оповещение о выходе вражеского конвоя, пошла на его перехват. В 5 часов 40 минут 25 мая она обнаружила по пеленгу 186° две мачты и дым и начала маневрировать для выхода в атаку. В 5 часов 49 минут был обнаружен транспорт, а в 6 часов 09 минут – второй, шедший в кильватер первому, и четыре сторожевых корабля в охранении, причем два из них шли впереди транспортов строем кильватера и два по корме транспортов параллельными курсами. В 6 часов 17 минут командир С-101 решил атаковать второй транспорт, поскольку первый в строю проходил на пеленг залпа на дистанции около 20 кабельтовых.