Однако стоит особо отметить, что единственным опубликованным в XVIII столетии теологическим сочинением Ньютона, посвященным онтологии тринитаризма, стало «Историческое разыскание о двух заметных искажениях Священного Писания» (англ. “An Historical Account of Two Notable Corruptions of Scripture”), изложенное в 1690 году в форме двух писем, предназначавшихся английскому философу-эмпирику Джону Локку (1632–1704). Последний переправил его в Нидерланды своим друзьям, хотя оно увидело свет лишь спустя 27 лет после смерти гениального ученого в 1754 году в Париже, а затем было переиздано в 1789 и 1841 гг. (его русского перевода до сих пор не существует, но в русскоязычных источниках оно упоминается зачастую как «Исторический разбор двух заметных искажений Священного Писания»). В своем очень кратком предуведомлении к изданию от 1841 года епископ Хорсли с неудовольствием подчеркивает: «Очень несовершенная копия этого трактата, недостоверного как в начале, так и в конце и ошибочного во многих местах, была опубликована в Лондоне в 1754 году под названием «Два письма сэра Исаака Ньютона мистеру Леклерку». Но в авторской рукописи все это представляет собой одно непрерывное рассуждение; которое, хотя и задумано в эпистолярной форме, не адресовано какому-либо конкретному человеку».
Итак, «Историческое разыскание о двух заметных искажениях Священного Писания» есть подробное рассмотрение всех доступных Ньютону древних текстов, имеющих отношение к двум спорным отрывкам из Евангелия, а именно: «Иоанновой вставке» — стихи седьмой и восьмой из пятой главы первого послания апостола Иоанна (см. 1 Иоанна, 5:7); шестнадцатый стих третьей главы первого послания апостола Павла к Тимофею (см. 1 Тимофею, 3:16). Оба эти фрагмента использовались для обоснования римско-католической концепции триединого Бога. В своем сочинении Ньютон успешно доказал, что оба фрагмента суть поздние вставки, «благочестивое мошенничество», в итоге придя к следующему обобщающему выводу: «Из этих примеров явствует, что Писания были сильно искажены в первые века и особенно в четвертом столетии во время споров вокруг арианства». И далее уже более откровенно: «То, что столь долго именовалось арианством, есть не что иное, как старое, неповрежденное христианство, а Афанасий послужил мощным, коварным и злокозненным орудием этой перемены». В то же самое время Исаак Ньютон почитал Иисуса Христа Сыном Божиим, посредником между Богом и людьми, но не равным Отцу, de facto вводя субординацию в Святую Троицу, но Дух Святой у него по-прежнему оставался связанным с Сыном, исходя из традиции западной, в том числе англиканской, антиарианской теологии, на чем и основывается терзающее его противоречие, а отсюда уже уклонение в сторону линейного, а не иерархического монархианства, представленного в вышеприведенном отрывке святителя Григория Богослова.
«Иоаннова вставка» отсутствовала в ранних русских изданиях Священного Писания и появилась в русском синодальном переводе Библии, звуча следующим образом: (5:7) «Ибо три свидетельствуют на небе: Отец, Слово и Святой Дух, и Сии три суть едино»; (5:8) «И три свидетельствуют на земле: дух, вода и кровь; и сии три об одном». В новом русском переводе Российского библейского общества фрагмент (5:7) вычеркнут, а текст восстановлен по самым древним греческим манускриптам: «… есть три свидетеля: Дух, вода и кровь»; и в комментарии сказано, что вариант Синодального перевода основан на более поздних рукописях (Новый Завет. М., РБО. 2003. С. 541). Исаак Ньютон полагал, что авторство вставки принадлежало блаженному Иерониму Стридонскому. Она впервые вошла в канон только в 1515 году благодаря великому инквизитору и главе испанской церкви кардиналу Франсиско Хименесу де Сиснеросу, доверенному лицу короля Фердинанда Католика, под влиянием позднего греческого манускрипта, исправленного, в свою очередь, по латинскому тексту. Здесь расследование Ньютона безупречно: ученый приходит к выводу, что вставка прерывает понятный до сих пор текст Священного Писания, искажая его смысл. Точку зрения гениального британца в отношении данной апокрифической вставки разделяли маститые современные текстологи-библеисты, среди которых католик Раймонд Браун (1928–1998), протестанты-пресвитериане Уильям Баркли (1907–1978) и Брюс Мецгер (1914–2007), с одной лишь оговоркой: ныне принято считать, что ее автором являлся не блаженный Иероним, а ересиарх Присциллиан, епископ испанского города Авилы.