Деятельность Собора не ограничивалась вопросами организации. Идея регулярного проведения Соборов также предполагала активную роль церкви в обществе. Собор стал не только административной, но и религиозной кульминацией движения за реформацию, начавшегося несколькими годами ранее. Несмотря на сложную обстановку, в которой проходил Собор, на нем действительно были выработаны определенные доктринальные новшества. В 1905 году Собор задумывался как административная реформа церкви. Тогда Булгаков рассматривал его в качестве необходимого, но второстепенного мероприятия, сопровождающего политические перемены, как часть ожидаемой реформы российского общества. Однако минувшие годы заставили его более серьезно отнестись к самой институции Собора и увидеть в нем потенциальное решение проблемы ереси и сектантства, которыми были отмечены первые два десятилетия XX века. Большинство участников Собора были убеждены в его собственно религиозной значимости: проходившие во время собора дискуссии опирались на Писание, канонический закон и церковную практику.
Вероятно, чисто религиозное значение Собора получило крайне недостаточное отражение в его документах по двум причинам. Во-первых, исходные механизмы проведения Собора, выработанные Предсоборными комиссиями, носили бюрократически-административный оттенок и концентрировались скорее на церковной организации, чем на вопросах догматики. Эти механизмы проявили себя на созванном Соборе. Во-вторых, что более важно, Собор состоялся в разгар революции. Постепенно неспешные обсуждения учения о Святой Троице и канонического права вытеснялись непосредственной реакцией на деморализацию на фронте, захват церковных типографий революционными кадрами и экспроприацию церковного имущества большевиками.