Но тем, кто уповал на Тэнно, судьба уготовила тяжелый удар: в 1866 году Божественный Император Комэй приложился к роду отцов своих. Именно с ним самурайское сословие связывало надежды на восстановление в стране прежних порядков. Смерть императора Комэя, на авторитете которого держался договор между Императором и «сёгуном», разрушила обязательства Императорского двора перед слабеющим сёгунатом. Противники сёгуната Токугава выдвинули требование вернуть власть законному правителю Японии – малолетнему преемнику усопшего Императора Комэя – Муцухито. Видя решительность глав оппозиции и военную силу противника, «сёгун» Кэйки, последний правитель Страны Восходящего Солнца из дома Токугава, согласился с предъявленными требованиями. Но формальный отказ «сёгуна» от власти над Японией был всего лишь тактическим маневром. Сохранив реальную власть в Центральной и Северной Японии, Кэйки думал таким образом выиграть время, необходимое для концентрации достаточного количества вооруженных сил, чтобы дать отпор войскам противников. Пятнадцатилетний сын Комэя Муцухито (1852–1912) унаследовал Императорский престол, но еще не мог продолжить дело отца. Под давлением иностранных держав «бакуфу» вскоре после смерти Императора Комэя согласилось снизить пошлину на ввозимые в страну импортные товары и открыть порты Хёго и Осаку для иностранных кораблей. Эта новая уступка европейцам и американцам стала последней каплей, переполнившей чашу терпения противников реформ. Армия верных Императору южных «даймё» собралась на юге страны и выступила в военный поход на столицу. В этот критический момент отчаявшийся в перспективах сопротивления Кэйки Токугава признал свое дело проигранным. 14 октября 1867 года он реально отказался от своего поста и передал всю полноту власти молодому Императору Муцухито. Так наступил конец почти семивековому периоду господства «боевых холопов» над Страной Восходящего Солнца.
Правда, лишившийся власти «сёгун» на следующий год еще раз попытался изменить положение в свою пользу. Ему удалось созвать под свои знамена до ста тысяч верных «боевых холопов», с которыми они двинулся на древний Киото. Однако первое же столкновение самураев с новой Императорской армией ясно показало, что это боролось новое время со старым: войска бывшего «сёгуна», как и столетия назад, устремились в атаку с луками, стрелами, нагинатами, копьями, мечами и фитильными аркебузами, а сторонники Императора, хотя и уступавшие им числом, встретили отчаянный натиск самураев сокрушительными залпами из многозарядных европейских винтовок и шквальным огнем митральез (предшественниц пулеметов). Мечта о возвращении прошлого рассеялась вместе с пороховым дымом. Потерпев поражение в битвах с силами антисёгунской коалиции при Фуёими и Тоба в окрестностях Киото в январе 1868 года, Кэйки бежал в свою резиденцию, которую тоже был вынужден сдать под натиском преследователей.
Об изменениях, наступивших в «эпоху Мэйдзи» в Стране восходящего солнца