«Скедж» отправился в Сиракузы 5 сентября, сопровождая снабженческий транспорт. Флот в Триполи временно уменьшился до кораблей «Конститьюшн», «Аргус» и «Виксен». Но вскоре его численность была восстановлена прибытием 9-го Бэррона на фрегате «Президент» 44 в компании с «Констеллейшн» 36. Бэррон привел в Гибралтар четыре фрегата 12 августа, но посчитал необходимым оставить там Роджерса с фрегатами «Конгресс» 36 и «Эссекс» 32 из-за угроз императора Марокко, который снова требовал разрешения отправлять суда в Триполи, несмотря на блокаду. Выйдя в море 15-го, он двигался очень медленно и прибыл на Мальту только 5 сентября.
Первые несколько дней его командирской деятельности были отмечены захватом трех судов с пшеницей для Триполи. Их взяли 11 и 12 сентября «Конститьюшн» и «Аргус». Рано утром 12-го «Конститьюшн» и «Президент» столкнулись, и «Конститьюшн» получил серьезные повреждения, лишившись большой части форштевня, утлегаря и рея шпринтового паруса. Корабль ушел с двумя призами на Мальту 13-го, а на следующий день за ним последовал «Аргус» с третьим. «Виксен» отбыл на Мальту 11-го – ему предстояло переоборудование в бриг.
Достигнув Мальты 16 сентября, Пребл 22-го отправился на «Аргусе» в Сиракузы. 24-го на подходе к порту он встретил выходящие оттуда «Энтерпрайз» и «Сирену» и вернул их обратно. Они снова вышли в море 26-го, и на этот раз их вернул Бэррон на «Президенте». Он ушел из Триполи 23-го, всего через несколько часов после прибытия Роджерса на «Конгрессе». Этот офицер решил, что со стороны императора Марокко опасаться нечего и он будет полезнее на востоке. По пути он зашел в Алжир за консулом Леаром.
«Конгресс» и «Констеллейшн» остались у Триполи, но «Наутилус» почти сразу сменил «Констеллейшн», который прибыл в Сиракузы 29 сентября, как раз когда «Аргус» и «Энтерпрайз» направлялись с канонерками в Мессину. «Сирена» ушла на Мальту днем раньше.
В течение следующих месяцев поддерживалась лишенная каких-либо событий блокада Триполи. Как правило, в ней участвовал один фрегат и одно судно меньших размеров. «Конгресс» и «Наутилус» находились здесь до 23 октября, когда из Сиракуз вернулся «Констеллейшн». Тогда «Конгресс» ушел на Мальту и оставался там или в Сиракузах до конца года. «Констеллейшн», в свою очередь, сменил «Президент» 16 ноября, а «Наутилус» – «Виксен», примерно в это же время.
Бэррона уже не было на борту «Президента». Он некоторое время болел и жил на берегу – в Сиракузах или на Мальте. И когда «Президент» 12 ноября вышел в море из Сиракуз, он находился под командованием мастер-комманданта Джона Кокса. В это время имели место и другие перемены. «Сирена» ушла с Мальты в Гибралтар 12 октября, чтобы сменить «Эссекс», и этот корабль прибыл 29-го. Декатур принял командование «Конститьюшн» 28 октября, но 9 ноября поменялся кораблями с Роджерсом с «Конгресса», так чтобы офицер более высокого ранга командовал более мощным кораблем. Пребл, который технически командовал «Конститьюшн», пока его не сменил Декатур, 4 ноября поднялся на борт «Джона Адамса» на Мальте и направился через Сиракузы, Мессину и Палермо в Неаполь, куда прибыл 6 декабря. Совершив безуспешную попытку позаимствовать еще канонерок для операций следующего года, он 23-го отплыл домой и 25 февраля 1805 года добрался до Нью-Йорка.
«Скедж» отплыл в Америку примерно в это время, а еще три корабля – «Конститьюшн», «Энтерпрайз» и «Аргус» – были посланы в порты, расположенные на некотором удалении от театра военных действий. «Конститьюшн» ушел в Лиссабон, чтобы нанять людей и пополнить запасы. Корабль отправился из Сиракуз 27 ноября и вернулся на Мальту только 24 февраля 1805 года, в то же время, когда «Президент», «Эссекс» и «Виксен» прибыли туда из Сиракуз. «Президент» и «Виксен» ушли из Триполи в начале декабря. «Энтерпрайз» был отправлен в Триест на ремонт и прибыл туда в конце ноября, но после некоторой задержки из-за карантина перешел в Венецию, где было больше возможностей для ремонта. Корабль пришлось почти полностью перестраивать, и он был готов к выходу в море только в мае следующего года.
Что касается «Аргуса», его рейс в Александрию был связан с возрождением плана использования Хамета, законного паши Триполи. Итон, активный сторонник этой политики, был в Америке с мая 1803 года и теперь вернулся на Средиземное море как «военно-морской агент государств Варварского берега», располагая официальной поддержкой своих планов, хотя они стали менее обещающими из-за изменения положения самого Хамета. Он, как уже говорилось, в августе 1802 года принял пост губернатора в Дерне, но уже следующим летом активно поддержал арабов, выступивших против его брата. Те потерпели неудачу, и он был вынужден бежать в Египет.