Из переписки Громыко и Щетиниуса, американского гос. секретаря, на конференции в Сан-Франциско в июне 1945 года видно, что США намеревались поддержать советское участие в предложенной ими системе опеки. Это давало определённые гарантии, и в Потсдаме Советы подняли вопрос о территориях, взятых под опеку под наблюдением Большой Тройки, или отдельных стран, ответственных за эти территории. Сталин и Молотов проталкивали обсуждение этих вопросов, но было согласовано рассмотрение их на первой встрече недавно созданного Совета министров иностранных дел, запланированной на сентябрь в Лондоне.
После Потсдама Москва ужесточила свою позицию по вопросам опеки и приняла решение требовать, чтобы Триполитания (западная Ливия) стала советской опекаемой территорией, что означало для Сталина возможность иметь порт в Средиземном море. Советы стремились достичь своих целей в отношении Триполитании, не останавливаясь ни перед чем, что соответствовало их намерению получить базу снабжения для торгового флота.
В Потсдаме часть поставленных вопросов была перенесена для рассмотрения на будущие переговоры министров иностранных дел Большой Тройки. Но некоторые вопросы, которые должны были быть обсуждены в дальнейшем, разрешились уже на конференции. Первым и главным было будущее Германии. Эта проблема рассматривалась на отдельном пленарном заседании совместно с министрами иностранных дел и экспертами рабочей комиссии.
Наиболее трудным пунктом стали репарации. В Ялте было принято принципиальное решение, что Советский Союз получит репарации от Германии на общую сумму 10 миллиардов долларов. Репарации должны осуществляться в виде изъятия демонтированных немецких предприятий и транспорта, и поставок товаров. Трудность составляло то, что немецкая промышленность была сосредоточена в основном в западных оккупационных зонах страны, таких, как Рур.
Британцы и американцы не были заинтересованы в получении репараций таким путём, поэтому возникли опасения, что это может помешать и получению советских репараций из их зон. Они предпочитали, чтобы советские репарации изымались только из собственно советской зоны оккупации в Германии и, если такие репарации будут осуществляться из западной зоны, то в обмен должны поступать продовольственные продукты из восточной.
В конце переговоров было согласовано, что 10% немецкой индустрии будет демонтировано из западной зоны, как часть выплаты советских репараций, и другие 15% будут демонтированы и переведены на восток в обмен на продукты питания, и сырьевые материалы. Весьма важно, с точки зрения Сталина, что соглашение предусматривало для немцев «полное разоружение и демилитаризацию», и уничтожение военного потенциала. Сталинские взгляды на опасность возрождения Германии были хорошо срежиссированы и использовались в переговорах с Трумэном по вопросу перемещения польской границы на запад так далеко, как это только возможно:
Сталин: «Конечно предложение… передвинуть границу на запад создаёт трудности для Германии. Я не ставлю цели создать трудности для Германии. Наша задача состоит в том, чтобы создать наибольшие трудности для Германии…».
Трумэн: «Но не хорошо создавать трудности также и для союзников».
Сталин: «Уменьшение промышленности в Германии улучшит сбыт ваших товаров. Германия не сможет конкурировать с вашими товарами. Это так плохо? Это выглядит очень хорошо, по моему мнению. Мы поставим на колени государство, которое угрожало миру и мирной конкуренции… Это создаст трудности Германии сейчас, но мы не должны бояться этого».
Так же, как и немецкий вопрос, проблема переноса польской западной границы с Германией вызвала продолжительные дискуссии в Потсдаме. В Ялте договорились, что Польша получит компенсации территориальных потерь в пользу Советского Союза за счёт Германии. Но не договорились о точных границах. Возникли разногласия, как далеко на запад будет отодвинута немецко-польская граница. Эти отличия заключались в том факте, что Советы контролировали всю немецкую территорию, которая подпадала под это решение, и они передали её под польский административный контроль. Поляки стали выселять немцев с этой территории не дожидаясь окончательных решений и считая её своей. Начался массовый исход немцев на запад, что создало проблемы для британцев и американцев в их зонах оккупации в Германии.
Дискуссия по этому вопросу в Потсдаме явила редкий пример дипломатического тактического отхода Сталина. Ранее, на конференции, Трумэн и Черчилль подняли вопрос, как понимать термин «Германия». Сталин заявил, что «Германия» означает либо чисто географическую концепцию, либо её нужно рассматривать по реальной ситуации, «какой она является в 1945 году». Но советский вождь сделал ошибку, согласившись, что «Германию» следует рассматривать, как государство, существовавшее до 1937 года (т. е. до гитлеровской аннексии Австрии и захвата Судетской области Чехословакии).