В 1851 году Юзефа Дитля пригласили в Ягеллонский университет преподавать медицину и патологическую анатомию. Через 10 лет он был избран ректором и в том же году стал депутатом Галицийского сейма, включившись в борьбу за автономию Галиции и возрождение польского языка в польских школах. Доктор-депутат разработал принципы школьной реформы, открыто выразив желание, чтобы церковь как можно меньше вмешивалась в дело воспитания светского человека. В 1866–1874 годах, избранный главой муниципалитета Кракова, он поднял санитарию города на должный уровень, позаботившись о водопроводе и канализации. По его указанию были отремонтированы Сукеннице, отреставрированы многие памятники архитектуры, при нем Планты превратились в великолепно оформленное парковое кольцо. Дитля называют основателем польской бальнеологии, во многом из-за множества его научных трудов по курортологии. Памятник Юзефу Дитлю, отлитый из бронзы в 1939 году, был водружен у входа во францисканский костел.
Краковские ученые нередко становились первооткрывателями в различных областях. Например, профессора З. Врублевский и К. Ольшевский впервые в мире провели опыты по сжижению азота и кислорода. Занимая почетное место в политической жизни польского народа, Краков стал центром просвещения, здесь в 1873 году на базе Ягеллонского университета возникла Польская академия наук.
Самыми мрачными и тяжелыми для Кракова и его учебных заведений были годы гитлеровской оккупации, когда фашисты методично истребляли весь цвет науки и культуры Кракова. Гибель профессоров и студентов, как и разрушение лабораторий, не сломила свободолюбивого духа тех, кто считал Ягеллонский университет частью своей родины. Сотрудники продолжали научно-исследовательскую работу несмотря на то, что были вынуждены скрываться. Известно, что знаменитый ботаник профессор Владислав Шафер руководил подпольным университетом, где 130 профессоров занимались с 800 студентами.
В послевоенной Польше главное учебное заведение страны получило прекрасные условия для своего развития и активизации научной деятельности. Были построены новые здания, появились новые, хорошо оснащенные факультеты и кафедры, значительно пополнилась библиотека, став самой крупной в Польше. Ботанический сад, основанный еще Гуго Коллонтаем, получил дополнительные помещения и современное оборудование. Под Краковом возникла астрономическая обсерватория имени Коперника. Никогда не прекращавшая работать типография при университете благополучно действует и по сей день.
Прогуливаясь по территории Ягеллонского университета, видя новые здания Коллегиум Физикум (лат. Collegium Phisicum) и Коллегиум Хемикум (лат. Collegium Chemicum) рядом со старинным Коллегиум Маиус, где теперь располагается библиотека, легко совершить мысленный скачок во времени, почувствовав себя в Средневековье.
Готическое здание Коллегиум Маиус, целиком возведенное из красного кирпича, является одним из немногих сохранившихся университетских зданий. Его прекрасный интерьер негласно свидетельствует о том, насколько глубокое почтение, воистину благоговение испытывали люди к науке даже в те мрачные времена. На первом этаже в Зале алхимии можно увидеть старинную печь с навесом, реторты (лабораторный сосуд грушевидной формы с длинным изогнутым горлом) и многие другие инструменты алхимика. Согласно преданию, когда-то здесь слушали лекции пан Твардовский и сам доктор Фауст. В зале Лектория Сократа, украшенном портретами профессоров, преподававших в XVI веке, слушал лекции Николай Коперник. В Лектории Пифагора, где студенты изучали математику, отлично сохранились старые фрески с изображением математических знаков и символов.
На втором этаже Коллегиум Маиус находятся удивительной красоты парадные залы. Один из них занимает библиотека (лат. Libraria), по форме повторяющая очертания латинской буквы «L». Кроме формы, в ней привлекает взгляд изысканный свод с причудливым узором, созданный в пору пылающей готики. Общий зал (лат. Stuba Communis), раньше служивший местом проведения заседаний, ныне привлекает своим готическим эркером, к которому ведет деревянная лестница с резным барочным орнаментом.
Рядом с общим залом находится университетская сокровищница, состоящая из двух маленьких комнат, объединенных сводом. Периоды войн, оккупации и грабежей уменьшили ее уникальную коллекцию, но и сейчас она является лучшей в стране. До наших дней сохранились украшенные резьбой ректорские жезлы, цепи, кубки, кольца с печатями и много других старинных, исторически и художественно ценных вещей. Истинным сокровищем университета можно назвать знаменитый Ягеллонский глобус начала XVI века. Изготовленный из меди, с механическим заводом, как у часов, он имитирует движение Земли. Уникальность этого предмета в том, что на нем изображен американский материк с надписью на латыни: «Америка, земля новооткрытая». Таким образом, Ягеллонский глобус – едва ли не первый из сохранившихся глобусов, где упомянут недавно обнаруженный континент.