Хозяйкой вулкана считается богиня горы Конохане Сакуя-химэ, почитаемая японцами как символ чистоты, супружеской верности и мимолётности жизни, подобной цветку сакуры. Легенды относят в незапамятные времена, когда Конохане вышла замуж за бога Нинигино и на другой день после свадьбы сообщила супругу, что забеременела, но тот заподозрил ее в неверности, чем страшно обидел и возмутил – ведь их брак был по взаимной любви! Богиня замуровала себя в хижине и поклялась во время родов поджечь жилище. «Если разрешусь от родов благополучно и не сгорю – я невинна», – заявила она супругу. Так и вышло. В день родов Конохана подожгла дом, но огонь не причинил ей вреда. Богиня родила троих сыновей и простила пристыженного ревнивца мужа. Сохранились сведения, что «один из их детей стал дедушкой первого императора Японии, потомки которого царствуют в Японии по сей день». Одно печально: сбылось пророчество отца Коноханы, которое он изрек перед свадьбой: «Священная жизнь потомка небесных богов недолговечной будет, подобно цветам на деревьях». В честь Коноханы на Фудзи ежегодно проводят «огненный праздник» Химацури, во время которого вся гора пылает кострами и освещается фейерверками.
В народном сознании Фудзи более 2000 лет является святыней, горой даосских бессмертных; обителью горных ками (божеств), спустившихся с небес, местом средоточия духов умерших, уединившихся с целью очищения и превращения в ками. Синтоисты, возведшие первый синтоистский храм для умилостивления разгневанных богов на горе в начале IХ в., верят, что Фудзи связывает небо и землю, а буддисты убеждены, что древняя тропа на ней на высоте 2500 м ведет в другой мир. Молва твердит о том, что из жерла вулкана исходит дым от костра, подожженного эликсиром бессмертия. На самом деле в жерле ничего не горит и дым не идет, это людская память о былых извержениях, предание, согласно которому всякий, кто покорит вершину, становится героем и обретает бессмертие. Так, героем стал знаменитый проповедник буддизма принц Сётоку, который на божественном коне перепрыгнул через Фудзи. Об эликсире бессмертия знал первый китайский император Цинь Шихуанди (III в. до н. э.). Он дважды направлял за ним к таинственной горе Пэнлай (предположительно Фудзи) своего придворного мага и гадателя Сюй Фу и даже сам перед кончиной предпринял морскую экспедицию, также закончившуюся неудачей.
Первым человеком, взошедшим в 663 г. на Фудзи, был безымянный японский монах. На гору паломники поднимались редко, поскольку императорский двор с 794 г. находился в Хэйане (Киото) и императоры с подданными совершали паломничества к расположенным рядом со столицей «Трем священным горам Кумано». Фудзи оставалась отдаленной святыней. С тех пор как сёгун Токугава Иэясу – в отличие от императора реальный владыка Японии – перенёс свою резиденцию в близкий к горе город Эдо, последующие сёгуны и члены их правительств стали поклоняться Фудзи. К святыне переместилась и вся культурная жизнь Японии. С XVIII в. число паломников на Фудзи значительно возросло. Богомольцы взбирались на гору, запасались в храмах святой водой, купались под водопадами.
В 1872 г. доступ на гору был открыт всем желающим, в том числе и женщинам. С 1890 х гг. на Фудзи потянулись альпинисты, а вскоре и туристы.
«Первым русским, который забрался на Фудзи, был географ, путешественник и ботаник А.Н. Краснов. Он трижды был в Японии и в 1895 г. взошел на Фудзи… Он тоже написал про усеченный конус, «как будто бы сделанный рукою токаря». Он лучше всего уловил, что близко европейскому человеку. Этот природный объект прекрасен потому, что он как бы сделан человеком, что в природе такого не бывает и не должно быть» (А.Н. Мещеряков). Иностранцы создали эстетский культ Фудзи и «заразили» японцев своим восхищением горой. Сегодня весь мир признал, что это самый красивый вулкан на планете, с которым никак не вяжутся беды, вызываемые извержениями. Турагентства наперебой предлагают туристам «сногсшибательные фото великой горы» – «Перевёрнутую Фудзи», отражённую в глади одного из Пяти озёр; «Красную Фудзи» на рассвете в конце лета – начале осени; «Бриллиантовую Фудзи» с середины октября до конца февраля; «Жемчужную Фудзи» в полнолуние в чистом воздухе весны или осени (rtournews.ru).
Начиная с VIII в. о Фудзи создавались стихи и истории, гравюры и рисунки, но небывалый размах поэтического воспевания Фудзи пришелся уже на Новое время. Знатоки уверяют, что ни в одном произведении нет описания «разгневанной» Фудзи, нет «Последнего дня Помпеи». Фудзи предстает в любой вещи воплощением гармонии и чистоты.
Художники Хиросигэ Андо и Хокусай Кацусика создали серии гравюр разного состояния Фудзи, экспонировавшиеся в Европе и вызвавшие у европейцев неподдельный интерес к горе.