В начале 90-х годов паломники иногда еще приплывали кораблями, как и в дореволюционные времена. Только уже в Хайфу, а не в Яффу. Но большинство все-таки прилетали – в аэропорт имени Бен-Гуриона вблизи Тель-Авива. Мало кто останавливался в Русской миссии, так как к этому времени никаких русских гостиниц уже не осталось, а монастыри принимали в первую очередь тех, кто приезжал именно для того, чтобы пожить и помолиться в монастыре. Поначалу паломничество 90-х годов было устроено почти как туризм, и группы водили по святым местам нехристианские гиды. Со временем ситуация изменилась, и большая часть паломнических групп уже путешествовала по Святой Земле с монахинями русских монастырей или с православными сопровождающими, постоянно живущими в Израиле. Конечно, благодаря этому группа из туристической превращалась в паломническую. Наличие в группе священника также этому помогало. В первую очередь паломники старались приезжать на праздники – в основном на Пасху и Рождество. Когда в эти торжественные дни паломников стало собираться совсем много, для более познавательного и менее суетного посещения Святой Земли многие решили приезжать как раз не в праздники. Чаще всего современные паломники приезжают на неделю: за это время они успевают объехать основные святые места в Иерусалиме, Иудее, Галилее и отчасти на берегу Средиземного моря. А ведь еще сто лет назад на пешее паломничество по тем же самым местам уходил год! Иногда к паломничеству по Святой Земле прибавляется посещение Синая с его древнейшим в мире сохранившимся православным монастырем ев. Екатерины и горой Моисея. Реже паломники посещают еще и Иорданию.
Русские храмы на Святой Земле, особенно находящиеся вблизи святых мест, со временем превратились в паломнические храмы. В праздники большинство молящихся – обязательно из паломников. Договоренности между Советским Союзом и Израилем, предшествовавшие возникновению в стране миссии Московского патриархата, конечно, не предполагали для нее никакой миссионерской деятельности. И хотя понятно, что поддержка православия на Святой Земле всегда была одним из важнейших служений Русской миссии (даже в те времена, когда в стране не было миллиона людей, говорящих на русском языке), сила инерции велика. Однако со временем ситуация менялась, и при русских храмах стали появляться свои общины: в первую очередь в Яффе (вблизи Тель-Авива) и в Хайфе. В Иерусалиме во всех трех русских монастырях есть свои прихожане, и в Троицком соборе Русской миссии – также.
Горненский монастырь, который находится в Западном Иерусалиме, является «приходским храмом» для многих живущих там русскоговорящих израильтян. Там (как и в храме в Яффе) действует воскресная школа для молодых прихожан.
В 2007 году в жизни русской церкви произошло очень важное событие – восстановление евхаристического общения между Русской Зарубежной Церковью и Церковью в Отечестве. Административно обе части русской церкви (как и обе русские миссии в Иерусалиме) сохраняют полную независимость, однако теперь находятся друг с другом в молитвенном и евхаристическом общении.
Московские патриархи, как покойный Алексий, так и Кирилл, неоднократно посещали Святую Землю. В 2012 году патриарх Кирилл освятил достроенный храм всех Русских святых в Горненском монастыре.
В наше время Горненский – самый большой монастырь на Святой Земле – замечателен своей игуменьей, матушкой Георгией (Щукиной, род. в 1931 г.). Матушка Георгия, почти ровесница покойного патриарха Алексия, родилась в Ленинграде, девочкой пережила блокаду. Монашество приняла в юном возрасте по благословению св. Серафима Вырицкого, у которого побывала в 1948 году. Старец указал ей на Пюхтицы, как на ее будущий монастырь. Там матушка Георгия и провела большую часть своей монашеской жизни. Пюхтицы – православный монастырь под Таллином – был одним из немногих монастырей, сохранившихся в Советском Союзе. Более того, этот монастырь никогда не закрывался, поскольку до войны находился на территории свободной Эстонии, и монашеская традиция там сохранилась непрерывной. В годы хрущевских гонений на Церковь его отстоял от закрытия будущий патриарх Алексий (Ридигер), который вырос в Эстонии и был в то время Таллинским епископом.