Русская Православная Церковь прошла через это страшное время вместе со всем народом. Как совесть его и душа, подверглась она особо лютым гонениям. В ту пору необычайно усилились гонения на священнослужителей и мирян, сохранивших свою верность Христу и Его животворящему учению.
Не стал исключением и град святого апостола Петра. Именно с начала 30-х по Петроградской епархии и всей стране прокатилась новая волна еще более жестоких репрессий. Относительное затишье, наступившее после провала обновленческой смуты и судебных процессов 1922–1923 годов, оказалось наповерку только временной передышкой. Уже в августе 1928 года властями были закрыты Высшие Богословские курсы и Богословско-пастырское училище, созданные взамен упраздненных Духовных Академии и семинарии и подготавливавшие клириков для Петроградской и ряда ближайших епархий. Руководитель Богословско-пастырского училища архимандрит Гурий (Егоров) вскоре был арестован и осужден на пять лет. Так отец Серафим, еще будучи в Лавре, лишился одного из ближайших своих друзей и сподвижников.
В начале 1930 года в заключении оказались сразу три выдающихся петроградских пастыря, профессора-протоиереи – настоятель Николо-Богоявленского кафедрального собора Николай Кириллович Чуков, настоятель храма Михаила Архангела Михаил Павлович Чельцов и Николай Викторович Чепурин из Покровской церкви в Коломне. Вслед за ними – настоятель Князь-Владимирского собора протоиерей Павел Иоаннович Виноградов, настоятель Спасо-Преображенского собора протоиерей Михаил Владимирович Тихомиров и многие другие известные клирики Петроградской епархии.
Гонители готовили еще один удар – на этот раз по обителям. Воистину Гефсиманской стала для монашествующих ночь на 18 февраля 1932 года. В народе ее так и назвали – святой ночью. В те страшные часы гонители арестовали более пятисот иноков. Это было почти все уцелевшее к тому времени в Петрограде монашество: более 40 иноков Свято-Троицкой Александро-Невской Лавры, 25 – из Свято-Троицкой Сергиевой пустыни, 12 – из Старо-Афонского подворья, 12 – из Феодоровского подворья, 10 – из Валаамского подворья, 8 – из киновии Александро-Невской Лавры, 5 – из Киевского подворья, 40 человек братии Макариевской пустыни Тосненского района во главе с настоятелем обители схиепископом Макарием (Васильевым); более 100 инокинь Воскресенского Новодевичьего монастыря, 16 монахинь из Леушинского подворья, 6 – из Серафимо-Дивеевского подворья в Петергофе, а также множество настоятелей и монашествующих, проживавших вне обителей, по причине их упразднения. В ту же ночь были арестованы и все члены Александро-Невского братства во главе с архимандритами Варлаамом (Сацердотским) и Львом (Егоровым)[12]
, архиепископ Гавриил (Воеводин), а также многие из белого духовенства и мирян, связанных с братством и монастырями [117, с. 151; 164, с. 466]. Все арестованные были приговорены к различным срокам лишения свободы по статье Уголовного Кодекса 58–10, дополнительный срок в десять лет получил архимандрит Гурий (Егоров), осужденный прежде, в 1928 году. Большинство из них уже не вернулось из лагерей и ссылок, но легли в землю в безымянных могилах… Да помянет Господь Бог во Царствии Своем отцев, братий и сестер наших, в лагерях пострадавших и убиенных…В октябре 1933 года власти запретили оставаться в городе правящему архиерею, митрополиту Серафиму (Чичагову), как «не прошедшему паспортизацию». По той же причине город на Неве в скором времени были вынуждены покинуть более 200 священнослужителей во главе с епископом Сестрорецким Николаем (Клементьевым).
5 октября 1933 года на опустевшую кафедру был переведен Преосвященный Алексий (Симанский), возведенный в сан митрополита. В невыносимых условиях начинает он свое служение. От некогда крепкой, наиболее значительной в России епархии в управление ему достались лишь отдельные, истерзанные гонениями, осколки.
Число действующих храмов сократилось катастрофически. Вот лишь немногие цифры по Санкт-Петербургской епархии. Перед октябрьским мятежом 1917 года на ее территории имелось 790 храмов. Численность белого духовенства составляла около 1700 человек. В самом Петербурге с ближайшими пригородами число православных храмов достигало 495. В 16-ти монастырях епархии подвизалось 1629 монашествующих и послушников…
К ноябрю 1933 года в городе остался 61 православный храм, число священнослужителей сократилось до 300. Монастыри были полностью разгромлены и разграблены.
К июню 1941 года на всю епархию, одну из главнейших в стране, оставалась всего лишь 21 православная церковь, в том числе в самом, почти четырехмиллионном, городе – только 8.