К сожалению, у матери Евфросинии не было такого административного таланта, как у первой настоятельницы. А вопросов и проблем в жизни новорожденного монастыря хватало. Только что заложили фундамент большого каменного храма, а денег на него не было. Насельницы (более пятисот) - в основном бедные, неимущие, да еще был основан детский приют, куда направлялись сироты, да больница. В итоге старец начал бывать в Шамордине все чаще и чаще - всюду требовались его советы. Каждый такой приезд превращался в настоящее торжество - все наперебой торопились получить его благословение, помочь поднести его вещи, чем-нибудь услужить.
Осенью 1890 года, когда он собрался было возвращаться из Шамордина в Оптину, вдруг обострилась его болезнь, причем так, что он говорил близким: «Идите помолитесь за меня - мне тяжело». Стало понятно, что дороги он не перенесет и нужно зимовать в Шамордине. В Оптиной это вызвало вполне понятное недоумение, ведь пустынь оставалась без старца, с благословения которого никаких важных решений давным-давно не принималось... Оптинский настоятель архимандрит Исаакий лично уговаривал его вернуться, но старец убедил его в том, что он остается в Шамордине по воле Божией. 4 октября он написал: «Я доселе задерживаюсь в Шамордине по особенному промыслению Божию; и почему - это должно означиться после».
Конечно, шамординские сестры такую задержку восприняли как праздник. «Мы были очень счастливы, что наш дорогой отец с нами, особенно те, которым приходилось быть ближе и чаще у него, - вспоминала одна из насельниц обители. - Мне и во сне никогда не снилось, чтобы я могла когда-нибудь прислуживать в келии у Батюшки. Помню, в один из приездов Старца, во время его отдыха, мы говорили с м. В. о том, как мы счастливы, что Господь удостоил нас послужить такому Старцу. И я ей высказала, о чем много раз сожалела, что не имела возможности всегда келейничать у Батюшки. Вдруг отворяется дверь, выходит Старец, улыбается и говорит мне: “опоздала, опоздала!”». С западной стороны настоятельского корпуса для старца спешно возвели специальную пристройку для зимовки.
Дел в Шамордине было невпроворот. Отец Амвросий лично наблюдал за всеми постройками на территории монастыря, духовно окормлял сестер и многочисленных паломников. Настоятельница мать Евфросиния заболела и ослепла, на какое-то время сильно пала духом - нужно было ее поддержать. В связи с постройкой новых зданий на монастыре повисли большие долги. К тому же год выдался голодный, нужно было думать о пропитании для монахинь. Именно с этим обстоятельством было связано появление широко почитаемой ныне иконы Божией Матери «Спорительница хлебов». Она была написана в 1890 году иеромонахом Даниилом (Болотовым, 18371907), родным братом покойной к тому времени матушки Софии (Болотовой), а идея написания принадлежала старцу. После того как по молитвам, обращенным к этой иконе, в 1891-м в окрестностях Шамордина был собран хороший урожай, икона быстро стала пользоваться почитанием, списки с нее заказывали многие монастыри и храмы России. Старец дал иконе название и установил день ее празднования - 15 (по новому стилю 28) октября.
Из Оптиной к старцу регулярно приезжали «свои» - и за духовной помощью, и отчасти в надежде склонить к скорейшему возвращению «домой»... Но в эти годы вторым, новым «домом» для батюшки стало Шамордино. И это породило многочисленные нелепые слухи. О «недолжном» пребывании монаха в женской обители начали писать даже в Петербург. И хотя у батюшки оставалось множество пламенных приверженцев (среди них был уже всероссийски известный в то время отец Иоанн Сергиев (1829-1908), известный как Иоанн Кронштадтский, - он называл отца Амвросия «великим Старцем», всякий раз передавал ему поклоны), - слухи эти ширились, набирали силу. Недовольство высказывал и новый епископ Калужский и Боровский Виталий (Иосифов, 1831-1892), надеявшийся увидеть старца в Оптиной. Пошли разговоры о том, чтобы немедленно вернуть его в пустынь - хотя бы и против его воли, силой. В июле 1891 года одна посетительница, приехав в Шамордино, рассказала отцу Амвросию об этом намерении владыки Виталия.
«Батюшка был в это время страшно слаб, - вспоминала она. - Народ совсем задавил его. Голос у него совсем упал, что стало часто у него являться в последнее время. Хибарка его для приема народа только отделывалась, а сам он помещался в летнем помещении покойной настоятельницы, матушки Софии. Батюшка мне ответил: “Жив Господь Бог мой, и жива будет душа моя, а ты знай, что над всеми владыками есть Вышний Владыка; ехать в Оптину я не собираюсь, да и куда я теперь поеду?”
И Батюшка развел руками около себя. Затем продолжал: “Разве только...” Голосок у Батюшки так при этом упал, что я только расслышала: “Конец сентября или начало октября”». Собеседница решила, что старец говорит о своем грядущем уходе в затвор, и страшно расстроилась. Между тем отец Амвросий уже не раз иносказательно говорил о приближающейся кончине.