Вопрос о том, как «вписываются» национальные епископские конференции и сопутствующие им бюрократии в теологию Церкви, не был простым. Коллегии епископов не могли передать кому-либо свою учительскую власть. С другой стороны, Собор призывал к формированию национальных епископских конференций таким образом, чтобы епископы страны или региона могли поддерживать друг друга в своей пастырской работе. Вопрос в том, какой вид назидательной власти имели эти национальные конференции в придачу к их роли пастырских источников для отдельных епископов.
«Apostolos Suos» учит, что национальные конференции епископов не могут подменять собой индивидуальной власти местных епископов и что их власть как корпоративное право может осуществляться только тогда, когда то, чему они учат, согласуется с учением епископа Рима. Это нельзя расценивать как попытку «держать в узде» епископские конференции. Это было выражение основной теологической истины, которой учил Второй Ватиканский Собор, что коллегия епископов проявляет свою власть под властью ее главы, Папы. Если Церковь, как учит Собор, является communio, или «общностью», то вопрос об отношениях национальных конференций епископов к епископу Рима не может быть понят как отношение, когда увеличение епископских прав ведет к потере прав папских. В понимании Собора Папа и епископы являются коллегами. Тщательное прочтение «Apostolos Suos» предполагает, что национальные конференции должны активно искать одобрения и ратификации Святым Престолом своих наиболее важных актов. Это, в соответствии с теологией Ватикана II, подтверждало участие во власти, по праву принадлежащей Папе и корпорации епископов.
В Догматической конституции Церкви Второй Ватиканский Собор учил, что харизматический дар, «особая благодать», данная через Святой Дух личностям или группам, служит источником святости Церкви. Экспансии обновительных движений по всему католическому миру в годы после Собора казались Иоанну Павлу подтверждающими это учение и обеспечивали эмпирическое свидетельство того, что Собор воодушевлен Святым Духом, чтобы подготовить Церковь для решительной евангелизации третьего тысячелетия.
Как и в прошлые века, стремительный рост движений, вдохновляемых харизматическими личностями, приводил к трениям с институциональной Церковью. Приходы и епархии пытались найти место для новых групп, которые иногда не слишком вписывались в установленные способы ведения церковных дел. Каролю Войтыле приходилось сталкиваться с этой проблемой как архиепископу Краковскому, и воодушевление обновительных движений стало одним из лейтмотивов его понтификата. Папа пригласил членов этих движений со всего мира приехать в Рим на канун Пятидесятницы, чтобы отметить новое движение «духовной зрелости», собравшееся вокруг Петра, символа единства Церкви. 30 мая 1998 г. полмиллиона прибывших вылились с площади Святого Петра, вниз по виа делла Кончилиационе к Тибру и в закоулки около Ватикана в самом крупном в римской истории праздновании Церковью харизматического движения.
Слов благодарности удостоились Чара Лабих, основатель движения «Фоколаре», сторонники которого считают своей миссией объединение человеческой расы, Кико Аргуэлло, лидер «Новообращенных», посвятивших себя евангелизации тех, кто не принадлежит к Церкви, и реевангелизации тех, кто слаб в вере, Джин Ванье, основатель общины, в которой на равных работают и живут страдающие умственными отклонениями люди, монсеньор Луиджи Джуссани, основатель итальянского обновительного движения «Причастие и освобождение», которое распространилось по всему миру. Обращаясь к участникам встречи, Иоанн Павел провел аналог с евангельскими событиями. Это подобно тому, сказал он, «что случилось в Иерусалиме 2000 лет назад. То же самое повторилось сегодня вечером на этой площади… Святой Дух был здесь, с нами! Он является душой этого чудесного проявления духовной общности».
Напряжение между движениями и институциональной Церковью, существующее последние тридцать лет, вполне естественно. «Неожиданная новизна… является иногда раскалывающей», ведущей к «предрассудкам и порицанию» некоторыми традиционными лидерами и «самонадеянности и эксцессам» в новых движениях. Все это, заявил Папа, должно быть понято как «пробный этап», в котором истина того, что виделось воодушевленным Святым Духом харизматикам, была проверена указующей властью Церкви, епископами в общности с епископом Рима. Теперь, заключил Иоанн Павел, «начинается новый этап», в котором обновительные движения могут принести «зрелые плоды общности». Традиционная Церковь может быть обновлена через живую христианскую жизнь, прожитую в движении, что не могло бы проявиться вне Церкви. «И законность, и харизматичность» важны для устройства Церкви, и если харизматический элемент был объектом пастырского суждения епископов, законная Церковь всегда помнила, что, «чего бы ни коснулся Святой Дух, Он изумляет людей. Он вызывает события удивительной новизны, радикально изменяет людей и историю».